Резко критиковали демократы «Духовный регламент», составленный Феофаном. По словам протоиерея Георгия Флоровского, этот «регламент» лишил Церковь независимости, «ибо государство чувствует и считает себя абсолютным. Именно в этом и состоит замысел того «полицейского государства», которое заводит и утверждает в России Петр».
Церкви определялась роль департамента по делам религии, подчиненного верховной власти. Ослабление влияния Церкви на жизнь общества вряд ли создавало «полицейское государство». И почему речь идет только о России? Будто в других странах власть не основывалась (да и ныне так) на подавлении внутренних врагов.
Нередко Церковь усугубляла репрессии, как это ярко — в свете костров инквизиции! — видно на примере Западной Европы. При всех жестокостях, а то и самодурстве некоторых установлений Петра I быстрый подъем русской науки, философии, культуры в целом доказал верность избранного Феофаном пути. Без этого не было бы на Руси такого великого явления, как творчество Ломоносова, да и общий ход развития науки был бы чрезвычайно замедлен.
Завершилось средневековое господство религиозной мысли. В обществе все более важную роль стали играть наука, техника, образование. Хотя философия оставалась в загоне: государство не было заинтересовано в «вольнодумстве», которое, как представлялось власть имущим, содействует бунтовщикам.
Взгляды Феофана Прокоповича отличались свободомыслием. Каким он представлял себе Бога? «Есть некая невидимая всемогущая сила, ее же Богом называем». В других случаях Всевышний у него предстает как совершеннейший разум, вечная истина, первопричина бытия или даже как порядок природы, неотделимый от нее.
Порой Феофан определенно говорит: «Под природой понимают самого Бога». «Полное определение природы совпадает с Богом относительно природных вещей, в которых Он с необходимостью существует и которые Он движет». По-видимому, материальную природу философ понимал как тело (по примеру человеческого), а Бога — как душу этого тела, определяющую его энергию, жизнь…
Идея Бога у него толкуется в зависимости от контекста и авторской задачи. Одно бесспорно: он не считал разумным отказ от этой идеи. То, что к этому он пришел путем сомнений, говорит его «Рассуждение о безбожии», где обсуждаются шесть разновидностей атеизма, в том числе пантеизм Спинозы. Сам факт изложения атеистических учений подчеркивает свободомыслие Феофана, а их классификация свидетельствует о том, что подход к проблеме бытия или небытия Бога у него был философский.
Он полагал, что материя во Вселенной одинакова. Постоянно идет «взаимный переход подлунных тел», круговорот веществ. Считал смешной и абсурдной идею Платона о Вселенной как живом организме. В этом Феофан был материалистом. Ведь у Платона косный материальный мир одушевлен духом — Богом (Космос — мегачеловек). Но если Мироздание не обладает признаками жизни, то в нем не остается места для Вселенского Разума. Так Феофан Прокопович сближался с атеистами, чем подтверждал справедливость тех, кто обвинял его в ереси.
Интересны догадки Прокоповича, относящиеся к делению корпускул, атомов. «Все… тела равно состоят из бесконечно делимых телец». Он переходит от физики к математике, демонстрируя парадокс бесконечно малых величин: если бы два ангела стали делить на бесконечно малые части один — земной шар, а другой — маковое зернышко, то второй не завершил бы свою работу раньше, чем первый.
Воззрения Феофана Прокоповича были созвучны переходному периоду в духовном развитии России: избавление от господства богословия. Происходило стремительное изменение структуры духовной культуры, где на равных присутствовали наука, религия, философия, открывая новые горизонты для интеллектуальных дерзаний.
Доминиканский монах Рибейра, встречавшийся с Феофаном, особо подчеркнул его роль как просветителя: «Науки в России вообще не процветают, впрочем, я знаю несколько человек отступников, воспитанных для России католическими школами. Между ними первое место занимает Феофан… Он первенствующий член Синода, при дворе имеет едва ли не решающее влияние… он искусный церковный администратор, хотя я заметил, что духовенство его скорее боится, чем любит. Он устроил в своем доме замечательную школу для юношества. В храме он важен, в алтаре внушает к себе почтение, в проповеди красноречив, в беседе о божественных и мирских предметах учен и изящен; он одинаково хорошо владеет греческим, латинским и славянским языками; в домашней жизни он великолепен… Если его следует порицать за что-либо, так это за его религиозные убеждения, если он их вообще имеет. Его библиотека, открытая для ученых, значительно превосходит императорскую библиотеку Троицкого монастыря; по своему богатству она не имеет равных в России, стране бедной книгами».