Конфликт, возникший в обители, имел давние корни. При Василии III в Москву был приглашен ученый афонский монах Максим Грек, в миру Михаил Триволис. В молодости Михаил провел десять лет в Италии и получил в итальянских университетах превосходное образование в области богословия и светских наук. В Россию его пригласили для исправления книг. Несколько лет Максим Философ работал в Москве, пользуясь покровительством государя и кня-зя-инока Вассиана Патрикеева. Вооруженный самыми совершенными для своего времени приемами филологической критики, Максим Философ успел обнаружить много ошибок и искажений в московских рукописных книгах, представлявших древние переводы с греческого на славянский. Тотчас посыпались доносы. Противниками Максима выступили начетчики — митрополит Даниил и другие иосифляне — ученики Иосифа Санина.
После завоевания Константинополя турками в России стали говорить, что красота греческой церкви порушилась под властью «поганых» и после падения Второго Рима — Константинополя Москве суждено сыграть роль'Третьего Рима, последнего оплота вселенской православной церкви.
Противники Максима Грека отвергли его правку книг и осудили на Священном соборе. В глазах ревнителей веры именно старинные московские книги, а не греческие наилучшим образом сохранили священные тексты, соответствующие канону. Осуждение Максима Грека ограничило пределы византийского влияния на русскую религиозную мысль.
Максим провел двадцать лет в заточении в тверском От-роче монастыре, после чего Грозный перевел его в Троице-Сергиев монастырь. Там инок получил возможность продолжать работу. К его слову прислушивались. Князь Андрей Курбский считал себя его учеником.
Ко времени Смуты традиция, связанная с пребыванием Философа в Троице-Сергиевом монастыре и его деятельностью там, была основательно забыта. Как говорили современники, после кончины Максима у Троицы «в дому Сергия Чудотворца мало любили Максима Грека книг». И только Дионисий стал давать их для чтения братии монастыря наряду с лучшими творениями греческих отцов церкви.
Будучи приглашен для правки книг Печатного двора, Дионисий замыслил возродить в меру сил забытые приемы исправления богослужебных книг. Критерием достоверности текста московских богослужебных книг могли быть в конечном счете только тексты древних греческих книг, проверенные текстовыми сопоставлениями.
Дионисий не останавливался перед сокращением текстов и исправлением непонятных или лишенных смысла мест.
Главным пунктом обвинения, выдвинутого против Дионисия и его товарищей, было исключение ими слов «и огнем» из молитвы на освящение воды: «Приди, Господи, и освяти воду сию духом твоим святым и огнем!» Архимандрит доказывал неправильность обряда погружения горящей свечи в освященную воду и предлагал исключить две молитвы к литургии, в которых священник «сам себя прощает».
Обнаружив отступления от буквы в исправлениях Дионисия и Арсения, их противники подали донос царю.
У Троице-Сергиева монастыря во все времена были особые отношения с царствующими особами. Царь Михаил с матерью не раз ездили в обитель на богомолье, в 1614—1616 годах сделали несколько богатых пожертвований в пользу монастыря.
Получив донос, власти распорядились арестовать Дионисия и его товарищей. Архимандрита допрашивали сначала у митрополита Ионы на Патриаршем дворе, а затем в кельях инокини Марфы в Вознесенском монастыре.
Судьбу Дионисия решал не царь Михаил, а лица из окружения его матери. Марфа была инокиней и не могла остаться в стороне от решения церковных дел. Именно в ее кельях исправления Дионисия были признаны еретическими, и ему предложили заплатить штраф в пятьсот рублей. В ответ Дионисий объявил, что денег у него нет.
Характерно, что после этого Арсений подал челобитную — фактически просьбу о помиловании — не кому иному, как боярину Борису Михайловичу Салтыкову, правителю и любимцу царицы Марфы.
В Москве был созван Священный собор, осудивший Дионисия как еретика. Архимандрит и Арсений были взяты под стражу. Дионисия решено было заточить в Кирилло-Белозерский монастырь. Но в стране было неспокойно, и его оставили в московском Новоспасском монастыре. На архимандрита наложили епитимью — тысячу поклонов.
Дело Дионисия могло иметь печальный для него исход, если бы в Россию не вернулся Филарет.
Филарет отличал лиц, участвовавших в освободительном движении. В истории земских ополчений Дионисий сыграл еще большую роль, чем Гермоген. По возвращении в Москву патриарх Филарет созвал новый собор. Много часов подряд архимандрит Дионисий «стоял в ответе» перед Филаретом и собором. В прениях участвовал иерусалимский патриарх Феофан, бывший в то время в Москве. Дионисий искусно защищался. На его стороне выступил грек, объявивший, что в доводах и исправлениях архимандрита нет ничего еретического. Патриарх Феофан посетил Троице-Сергиев монастырь и преподнес архимандриту почетный дар — белый клобук.
Обвинения в ереси пугали даже людей неробкого десятка. Филарет просил иерусалимского патриарха по возвращении в Иерусалим держать совет со вселенскими патриархами и «выписать из греческих книг древних переводов, как там написано». Грек исполнил просьбу и прислал в Москву нужную отписку.
Ревнители московской старины потерпели поражение. В 1633 году Филарет велел конфисковать Уставы, напечатанные при Шуйском, потому что эти Уставы печатал «вор и бражник» старец Логин. Таким был приговор духовному предтече церковного раскола.
Дионисий не был в полном смысле грекофилом. Он ставил исключительно высоко авторитет греческой книжной традиции и богословия. Во всем остальном он был предан московской старине, считал свой народ богоизбранным и мечтал о возрождении поколебленного Смутой московского благочестия.
Решение в пользу исправления московских книг по греческим книгам, вынесенное Филаретом, готовило почву для церковной реформы патриарха Никона.
Дионисий — священник Давид Зобниновский, родом изо Ржева, был одним из самых видных церковных деятелей своего времени. Он принял постриг в Старицком монастыре, настоятелем которого он стал. Позже Гермоген вызвал Дионисия в Москву и оставил при Патриаршем дворе.
Назревало столкновение с Семибоярщиной, и патриарх поставил Ржевитина во главе Троице-Сергиева монастыря, самой почитаемой обители России.
Когда поляки сожгли Москву, поток погорельцев наводнил Троицу. Дионисий никому не отказывал в пропитании и крове. Его благотворительная деятельность спасла много жизней. Архимандрит оправдал надежды Гермогена, брошенного «литвой» в темницу. Когда Первое земское ополчение осадило Кремль, Дионисий употребил все монастырские богатства на помощь освободительному движению.
Ученики, составившие Житие Дионисия, нарисовали образ, в котором угадывались черты блаженного. Инока отличали мягкий характер, смирение и добросердечие. Он никогда не старался взять верх в споре, не употреблял власть против тех, кто отказывал ему в должном почтении. Недоброжелатели могли назвать архимандрита «неученым сельским попом» или даже «дураком», не опасаясь наказания. Оскорбления соответствовали грубым нравам, царившим в монашеской среде.
Дионисий высоко ставил книжное учение. Его келья стала школой для таких знаменитых людей XVII века, как Иван Наседка, Иван Неронов, писатель Симон Азарьин.
Священник Иван Шевелев по прозвищу Наседка явился в Троице-Сергиев монастырь в нищем образе и был выделен Дионисием. Благодаря Дионисию он овладел книжной премудростью. Наседка досконально знал Ветхий и Новый заветы и толкования на них, знал творения Василия Великого, Иоанна Дамаскина, Дионисия Ареопагита, многих других отцов церкви, был большим знатоком житийной литературы.