Когда Микельанджело вернулся в Рим, мрамор, который он заготовил в Карраре и партиями отправлял к месту своей будущей работы, частью уже ждал его. Он велел сложить все на площади св. Петра около церкви св. Катерины. Мрамора было так много, что он занял чуть не половину площади. Люди дивились, а папа был очень доволен. Тут же Микельанджело нанял себе помещение для мастерской, вблизи коридора, соединявшего Ватикан с Замком св. Ангела. Работа началась, и папа так был ею заинтересован, что для более удобного посещения мастерской приказал соединить коридор с мастерской подъемным мостиком.
Но тут зазмеилась интрига, главным заводилой которой был Браманте, великий архитектор. Кондиви, вероятно, со слов самого Микельанджело, объясняет интриги Браманте двумя мотивами. Во-первых, завистью, то есть боязнью, что Микельанджело затмит его своим искусством и лишит великолепного положения: ведь у папы могло не хватить средств, чтобы одновременно вести постройку памятника и постройку нового собора св. Петра, порученную Браманте. А во-вторых, опасением, что Микельанджело раскроет его неблаговидные махинации с постройками, на которых он во вред делу экономил расходы и утаивал из отпускаемых ему денег очень много на свои развлечения, ибо Браманте был человек, «предававшийся всякого рода удовольствиям, и любил тратить широко».
Папу Браманте обошел самым простым способом: он шепнул ему, что делать гробницу себе при жизни считается дурным предзнаменованием. И папа немедленно охладел и к гробнице и, к художнику, ее сооружавшему. Кондиви рассказывает дальнейшие события так: «Микельанджело понял, что в мыслях папы произошла перемена, благодаря следующему случаю. Папа поручил Микельанджело, в случае надобности в деньгах, обращаться только к нему и ни к кому другому, чтобы не терять даром времени в беготне из одного места в другое. Вскоре после этого прибыла последняя партия мрамора из Каррары. Велев его выгрузить и перевезти к св. Петру и желая заплатить согласно договору за перевозку и выгрузку, Микельанджело явился к папе за деньгами; но попасть к папе на этот раз было гораздо труднее, чем обыкновенно, так как папа был занят. Вернувшись домой и не желая огорчать бедных людей, которые должны были получить свои заработанные деньги, он заплатил им из своего кармана, думая, что потом легко получит обратно выданную им сумму от папы. Придя опять однажды утром, Микельанджело, желая видеть папу, вошел в переднюю, но был остановлен гайдуком, который сказал: «Простите, но мне дан приказ не впускать вас». Эта было сказано в присутствии одного епископа, который, услышав слова гайдука, остановил его, говоря: «Ты верно не знаешь, кто этот человек?» — «Я его очень хорошо знаю, — ответил тот, — но я должен, не рассуждая, делать то, что мне приказано моим господином». Микельанджело (перед которым до сих пор не была закрыта ни одна дверь), видя свое унижение, с негодованием ответил: «А вы передайте папе, что впредь, если он захочет видеть меня, то может искать меня, где ему угодно». После этого, вернувшись домой, он велел своим двум слугам продать все, что имелось в доме, и с деньгами следовать за ним во Флоренцию. Сам же отправился на почтовых и в два часа ночи прибыл в Поджибонси, местечко, находящееся на территории Флоренции, в восемнадцати или двадцати милях от города, и там остановился, считая себя в безопасности».
Это произошло 17 апреля 1506 года. На другой день в Риме был заложен фундамент нового собора св. Петра.
Сам Микельанджело в письме, написанном Джулиано да Сан Галло 2 мая того же года, следующими взволнованными словами дополняет то, что рассказал позднее его ученик: «В страстную субботу я сам слышал, как папа разговаривал за столом с одним ювелиром и со своим церемониймейстером, сказав, что не желает больше тратить ни гроша на камни — ни на маленькие, ни на большие. Я был очень удивлен, и, прежде чем уйти, я спросил у папы, как будет с деньгами, необходимыми мне для дальнейшей работы. Его святейшество ответил мне, чтобы я зашел в понедельник. Я приходил в понедельник, и во вторник, и в среду, и в четверг. Он об этом знает. Наконец, в пятницу мне было предложено уйти, то есть меня выгнали. И человек, объявивший мне это, сказал, что он меня знает, но что у него есть такой приказ. Вспоминая слова, слышанные мною в ту субботу, и видя их следствия, я пришел в великое отчаяние. Но не это одно было целиком причиною моего отъезда. Было и другое, о чем мне не хочется писать. Достаточно сказать вот что: я был уверен, что если бы я остался в Риме, то раньше пришлось бы сделать мою гробницу, чем папскую».
Из последних слов ясно, что Микельанджело и в этот момент, так же как в Болонье десятью годами раньше, был напуган какой-то угрозой физического насилия, быть может смерти: кинжал и яд были в те времена бытовыми явлениями. Но возможно, что то были и пустые страхи: такие внезапные припадки паники у него бывали и раньше и, как увидим, позже.
Когда папа получил письмо Микельанджело, о котором говорится у Кондиви, он послал за ним целых пять гонцов, чтобы его вернуть. Они нагнали его в Поджибонси, но могли только вручить ему послание папы, где тот приказывал ему немедленно вернуться под страхом немилости. Просьбы гонцов побудили его «коротко, — как говорит Вазари, — написать папе, что он просит прощения, но возвращаться не собирается, ибо папа прогнал его, как последнего негодяя, что его верная служба заслуживала иного и что пусть папа ищет себе другого слугу». Папа явно раскаивался, что обидел художника, и пытался, не очень роняя свое достоинство, загладить свою вину. Но нашла коса на камень. Микельанджело был упорен. Тогда папа начал действовать средствами дипломатии. Во Флоренции Синьория в короткое время получила три папских послания, «полные угроз», в которых ей предлагалось немедленно отправить в Рим Микельанджело, «добром или силой». На первое послание Содерини не обратил внимания, предполагая, что папский гнев скоро уляжется. Но когда пришло второе, а за ним третье, он встревожился не на шутку и, призвав к себе Микельанджело, сказал ему — передача Кондиви — следующие слова: «Ты поступил с папою так, как не решился бы и король Франции. Но теперь уже нельзя больше заставлять просить себя. Мы не желаем из-за тебя воевать с ним и подвергать риску республику. Изволь собираться назад».
Тем не менее, Микельанджело пробыл во Флоренции около семи месяцев. У него было дело — он кончал свой картон.
«Он заполнил его нагими солдатами, из-за жары купающимися в реке Арно как раз в то время, когда в лагере забили тревогу ввиду нападения неприятеля; и было показано божественными руками Микельанджело, как выбегают из воды солдаты и торопятся: одни — вооружиться, спеша на помощь товарищам, другие — пристегнуть панцырь, третьи — схватиться за оружие, а многие уже завязали стычку на конях. Среди прочих была здесь фигура старика, укрывшего голову для защиты от солнца венком из плюща. Он уселся, чтобы надеть вязаные кальсоны, которые не лезли ему на ноги, так как после купания те были еще мокры; слыша шум битвы, крики и бой барабанов, спешил он изо всех сил натянуть хотя бы одну штанину; помимо того, что выступали мускулы и жилы на теле, он скорчил рот, хорошо показывая этим, как он мучается и как весь напрягся до кончиков ног. Были еще здесь барабанщики и солдаты, которые, связав одежду в узел, нагишом спешили к бою. Бросаются в глаза необычайные позы: кто стоит прямо, кто на коленях, кто согнулся, кто полулежит, кто прыгает кверху, и изображены они в труднейших ракурсах. Разные группы нарисованы были разными способами: то контур углем, то рисунок штрихами, то растушевка, то расцветка мелом, так как желал он показать все свое умение».