Пока Микельанджело расписывал стены Систины и Паолины, Антонио деятельно работал как архитектор. Он строил укрепления Рима, — Павел признавал эту задачу очень настоятельной после того, как в 1527 году испанцы и ландскнехты коннетабля Бурбона захватили Рим с налета, — особенно той части города, которая носила древнее название Борго и включала в себя Ватикан. Одновременно он строил Паолину, Палаццо Фарнезе на Кампо деи Фьори и заведывал постройкой собора св. Петра. Его хватало на все. При таком широком охвате работ он не мог не столкнуться с Микельанджело.
Папа Павел задал первую архитектурную задачу Микельанджело, когда он еще далеко не кончил «Страшный суд». В 1536 году Рим посетил император Карл V, возвращавшийся в Европу после похода в Тунис. Хотя успехи его там были не очень потрясающие, ему из любезности готовили триумфальную встречу. Но триумф был испорчен, ибо оказалось невозможным повести торжественную процессию туда, куда направлялись издревле все триумфаторы, — в Капитолий. Священный холм представлял собою мерзость запустения, в которой грустно возвышались между развалин два дворца — Сенаторов и Консерваторов.
Случай с триумфом Карла V был позорный, и папа решил немедленно привести в порядок этот исторический центр города. Правда, пока дело было завершено, прошли десятилетия. Но начало было положено сразу же и сразу же оплодотворено гением Микельанджело. Вопрос о том, кому поручить перестройку Капитолия, даже не поднимался. И папе и всем, вероятно даже Сан Галло, было ясно, что достойно осуществить ее может только Микельанджело. И он не отказался. Вместе с Томмазо Кавальери, который деятельно его поддерживал и помогал, как мог, Микельанджело быстро составил план и так же быстро начал его осуществлять. Об этом свидетельствует дата на цоколе статуи Марка Аврелия, поставленной в середине площадки: 1538 год; значит, прошло всего два года после конфуза с триумфом Карла. Гравюра Дюперака, относящаяся к 1569 году, дает ясное представление о его плане. Он заключал в себе перестройку дворца Сенаторов, который украсился чудесной лестницей, поднимающейся к высокому входу с двух сторон на фасаде дворца, перестройку дворца Консерваторов, оформленного по-другому, и сооружением еще одного дворца против дворца Консерваторов, сходящегося с ним осями и также стоящего под углом к дворцу Сенаторов. На холм должна была вести широкая лестница, в несколько измененном виде знакомая теперь каждому туристу. В центре площади была поставлена античная конная статуя Марка Аврелия. После смерти Микельанджело работы в Капитолии вел Томмазо Кавальери. Если бы Микельанджело не сделал ничего больше как архитектор, то одной перестройки Капитолия было бы достаточно, чтобы создать ему бессмертную славу. Дарование ему права римского гражданства (1546) было лишь малой оценкой его огромных заслуг.
Пока архитектурная продукция Микельанджело не выходила из ограниченных пределов Капитолийского холма, он не сталкивался с Антонио да Сан Галло. Но это продолжалось недолго. Антонио, еще в бытность папы Павла кардиналом, начал строить для него дворец, знаменитый, но не трудами Антонио, Палаццо Фарнезе. Постройка поглощала много денег и шла медленно. Но когда кардинал Фарнезе сделался папой и ресурсы его стали неизмеримо больше, он двинул постройку полным ходом. Антонио поднял стены до второго этажа. Не хватало третьего, с венчающим его карнизом, и разделки дворика. Папа был не очень удовлетворен тем, что уже имелось в камне. Он послал — вероятно в 1544 году — чертежи всей постройки на экспертизу Микельанджело, и получил обстоятельнейший отзыв — он сохранился, — в котором с полной убедительностью было доказано, что дворец построен плохо как с художественной, так и с конструктивной точки зрения. При этом критика базировалась на положениях Витрувия, что для Сан Галло, считавшего себя чуть ли не лучшим знатоком Витрувия, было особенно обидно. Критика, быть может, была более резка, чем требовалось. Но Микельанджело не забывал и не прощал Антонио цитадели Алессандро Медичи. Особенно досталось карнизу Сан Галло. Досталось настолько, что папа счел себя в праве забраковать его и объявить конкурс на новый. В соревновании приняли участие Перино дель Вага, Вазари и Себастьяно дель Пьомбо. Представил свой проект и Микельанджело и, конечно, без труда победил остальных. Смерть избавила (1546) Сан Галло от унижения работать по чертежам своего победоносного противника. После его смерти вся постройка была поручена Микельанджело. Он достроил дворец с фасада, осуществил свой карниз, самый красивый во всем Риме и, быть может, во всех ренессансных дворцах, выстроил дворик и распределил внутренние помещения. Палаццо Фарнезе недаром признается самым пышным из частных римских дворцов.
Микельанджело досталось и другое наследие Антонио да Сан Галло — постройка укреплений Борго. Его мнение по поводу плана Антонио папа запрашивал раньше. И к этой работе своего недруга Микельанджело отнесся критически, но не придирчиво. Антонио старался опорочить его критику заявлением, что он, живописец и скульптор, в фортификации ничего не понимает. Этим он разозлил Микельанджело до последней степени, и тот наговорил ему много дерзостей. Впрочем, остыв, он продолжал признавать и хорошие стороны плана Антонио. Приняв руководство постройкой укреплений, Микельанджело пришлось тряхнуть стариною и вспомнить, как он работал над укреплением Флоренции пятнадцать лет тому назад. Трудно ясно представить себе, в чем расходились точки зрения Микельанджело и Антонио и как они относились к мнению военных экспертов, принимавших участие в совещаниях. По-видимому, Микельанджело поддерживал против военных советников ту точку зрения, что не следует стягивать пояс укреплений более плотно вокруг Борго. Во всяком случае, его работа в этой области не была очень интенсивна.
Папа Павел не дожил ни до окончания Палаццо Фарнезе, ни до завершения фортификационных работ у Борго. Со следующими четырьмя папами, при которых суждено было жить Микельанджело и при которых Католическая реакция становилась все чернее, его отношения были лишены личного характера. Это были Юлий III, Марцелл II, Павел IV, Пий IV. Все они очень его почитали. Марцелл, который ссорился с ним, будучи кардиналом, пробыл папой всего двадцать дней и не успел устроить ему никаких неприятностей. Работам художника эти папы не только не мешали, но всячески содействовали. Силы его были отданы, конечно, главным образом собору св. Петра, но даже совершенно поглощенный этой колоссальной задачей, он успевал оторваться от нее для менее важных сооружений.
В 1559 году Микельанджело составил план церкви Сан Джованни деи Фьорентини, которую хотели соорудить в Риме члены флорентийской колонии. Герцог Козимо восторженно одобрил это намерение, и ученик Микельанджело Тиберио Кальканьи сделал по его указанию подробные чертежи и модель. Этот проект был выбран флорентийцами из пяти, которые представил им Микельанджело, и был самым богатым. Художник тогда сказал им, что если они выполнят этот проект, то храмом своим превзойдут и греков и римлян. «Подобных слов, — говорит Вазари, — ни прежде, ни после не исходило из уст его, ибо он был человеком чрезвычайно скромным». Но прижимистые флорентийские купцы убоялись расходов, и дело сорвалось. Для Микельанджело это было большим огорчением.
Между тем, во Флоренции здание Лауренцианы стояло неоконченным. Большой зал с хранилищем рукописей был готов, а вестибюля c лестницей никак не могли доделать. Амманати, который руководил работой, и Вазари, который вертелся около герцога и исполнял его художественные поручения, вели с Буонарроти усердную переписку, чтобы добиться от него указаний, как строить вестибюль и лестницу. Старик, по-видимому, честно забыл, как эта часть здания была им задумана, но все-таки что-то как-то припоминал и сообщил своим корреспондентам основное. По этим указаниям постройка и была закончена. Основная его идея в постройке, по-видимому, была сохранена. Лестница, вестибюль и зал производят удивительное впечатление: словно по крутому подъему человек поднимается в тесное, сдавленное со всех сторон горное ущелье, а потом вдруг открывается перед ним просторная равнина, полная воздуха и света. Так должно было действовать святилище мысли и литературного творчества: к знанию через борьбу.