Назавтра по прибытии в Якутск телеграф принес известие о нападении японцев на Порт-Артур, и Колчак телеграфировал Академии просьбу об отчислении своем в Морское ведомство, морские же инстанции просил о направлении в район боевых действий. ИАН не соглашалась, пришлось добиваться своего через президента, великого князя Константина Константиновича. Пока суть да дело, Колчак с невестой перебрались в Иркутск, где в местном географическом обществе он сделал доклад "О современном положении Русской полярной экспедиции". Предварительный отчет о своей экспедиции написал и отправил в ИАН12, остальные дела, включая поездку в Петербург, поручил Оленину.
Свой успех, свою победу он, можно сказать, сложил к ногам невесты, и в условиях начавшейся войны свадьбу решили далее не откладывать - 5 марта 1904 г. Александр Васильевич Колчак и Софья Федоровна Омирова обвенчались в Иркутске, откуда через несколько дней и разъехались.
В Порт-Артуре Колчак служил сначала на кораблях: вахтенным начальником на крейсере "Аскольд", артиллерийским офицером на минном заградителе "Амур", командиром эскадренного миноносца "Сердитый". На поставленной им к югу от Порт-Артура минной банке подорвался и погиб японский крейсер "Такасаго". В ноябре, после тяжелой пневмонии, перешел на сухопутный фронт. Командовал батареей морских орудий (47 и 120 мм) в вооруженном секторе Скалистых гор. Награжден орденом Святой Анны IV степени с надписью "За храбрость". В момент сдачи крепости (20 декабря) еле держался на ногах и вновь угодил в госпиталь - не столько из-за ранения, сколько из-за суставного ревматизма в очень тяжелой форме: Север подорвал его здоровье13.
Попал в плен. Начав поправляться, был перевезен в Японию. Война еще шла, Мукден был позади, Цусима - впереди, русские офицеры рассматривались как достойный уважения противник. "В Нагасаки партия наших больных и раненых получила очень великодушное предложение японского правительства, переданное французским консулом, о том, что правительство Японии предоставляет нам возможность пользоваться, где мы захотим, водами и лечебными учреждениями Японии или же, если мы не желаем оставаться в Японии, вернуться на родину без всяких условий. Мы все предпочли вернуться домой"14.
В апреле-июне 1905 г. Колчак проделал путь через Америку в Петербург. За отличие под Порт-Артуром он был пожалован золотой саблей с надписью "За храбрость" и орденом Святого Станислава II степени с мечами. Врачи признали его совершенным инвалидом и отправили лечиться на воды; лишь через полгода он смог вернуться в распоряжение ИАН.
До мая 1906 г. приводил в порядок и обрабатывал экспедиционные материалы. РПЭ доставила столь богатые научные данные, что для их разработки понадобились многолетние усилия и русских и иностранных ученых. Подготовка общего научного отчета о работах РПЭ была разделена между Бирулей и Колчаком, который взял на себя его вторую половину, но не успел завершить труд. Не довел он до печати и монографию о картографических работах РПЭ. Главным научным трудом А.В. Колчака стала его книга "Лед Карского и Сибирского морей"15, в основе своей написанная во время зимовок на Таймыре и Новосибирских островах.
10 января 1906 г. на объединенном заседании двух отделений Императорского Русского Географического общества Колчак сделал сообщение об экспедиции на остров Беннетта16, а 30 января Совет ИРГО (в присутствии П.П. Семенова-Тян-Шанского, М.А. Рыкачева, Ф.Н. Чернышева, Н.Я. Цингера, В.И. Ламанского, Н.И. Веселовского, Ю.М. Шокальского, Ф.И. Щербатского) присудил ему "за необыкновенный и важный географический подвиг, совершение которого сопряжено с трудом и опасностью", высшую награду ИРГО Большую золотую Константиновскую медаль.
За этим последовал новый поворот в судьбе.
Революция пятого года, можно сказать, не коснулась Колчака (да он ее и не наблюдал). "Я этому делу не придавал большого значения. Я считал, что это есть выражение негодования народа за проигранную войну, и считал, что главная задача, военная, заключается в том, чтобы воссоздать вооруженную силу государства. Я считал своей обязанностью и долгом работать над тем, чтобы исправить то, что нас привело к таким позорным последствиям... у нас настолько не обращалось внимания на живую подготовку во флоте, что это было главной причиной нашего поражения... Я считал, что вина не сверху, а вина была наша - мы ничего не делали"17.
Офицерский состав флота пришел в состояние упадка и деморализации. Многие погибли. Значительная часть офицеров ушла в отставку, не видя в будущем "ничего светлого для флота"; "осталось их на службе очень немного, и по большей части это молодежь, обязанная платить за полученное образование"; заграничные плавания прекратились, время пребывания в море сократилось донельзя, и соблазны берега усилили свое развращающее действие"; "при недостатке офицеров вообще приходилось много еще увольнять по суду, что было очень прискорбно"18.
Колчак оказался в узком кругу тех морских офицеров, которые взяли на себя задачу воссоздания и научной реорганизации русского военного флота. В январе 1906 г. он один из четверых основателей и председатель полуофициального офицерского Санкт-Петербургского Морского кружка. Вместе с другими его членами разработал записку о создании Морского Генерального штаба (МГШ) как органа, ведающего специальной подготовкой флота к войне. МГШ создан в апреле 1906-го, Колчак назначен в него в числе первых двенадцати офицеров, выбранных из всего русского флота. Заведовал в МГШ Отделением русской статистики.
МГШ, изучив совместно с сухопутным Генштабом общую военно-политическую обстановку, пришел к выводу: Германия начнет войну в 1915 г. и России придется выступить против нее. Исходя из этого, МГШ разработал военно-судостроительную программу (с опорой на линейный флот), одним из главных составителей которой опять-таки был Колчак. Как докладчик и эксперт, он пытался продвинуть эту программу в Государственной Думе.
Член думской Комиссии по государственной обороне Н.В. Савич вспоминал, что в МГШ "собралось все то лучшее из молодежи, что смогли выделить уцелевшие остатки боевого флота. Тут кипела жизнь, работала мысль, закладывался фундамент возрождения флота, вырабатывалось понимание значения морской силы, законов ее развития и бытия. Вот с этими-то элементами Морского ведомства нам и пришлось впервые столкнуться в ноябре 1907 года. Морское министерство умело, когда нужно, показать товар лицом, пустить пыль в глаза. Действительно, первое впечатление от этих встреч было подкупающим. И среди этой образованной, убежденной, знающей свое ремесло молодежи особенно ярко выделялся молодой, невысокого роста офицер. Его сухое, с резкими чертами лицо дышало энергией, его громкий мужественный голос, манера говорить, держаться, вся внешность выявляли отличительные черты его духовного склада, волю, настойчивость в достижении, умение распоряжаться, приказывать, вести за собой других, брать на себя ответственность. Его товарищи по штабу окружали его исключительным уважением, я бы сказал даже, преклонением; его начальство относилось к нему с особым доверием. По крайней мере во все для ведомства тяжелые минуты - а таких ему пришлось тогда пережить много - начальство всегда выдвигало на первый план этого человека как лучшего среди штабных офицеров оратора, как общепризнанного авторитета в разбиравшихся вопросах... Колчак был страстным защитником скорейшего возрождения флота, он буквально сгорал от нетерпения увидеть начало этого процесса, он вкладывал в создание морской силы всю свою душу, всего себя целиком, был в этом вопросе фанатиком"19.
Продвинуть программу, однако, не удалось. Дума склонилась к тому, чтобы все средства, могущие быть выкроенными для обороны, отдать армии - не флоту. Решение можно понять. При ограниченности возможностей приходилось выбирать. Армия была раздета и плохо вооружена. Армия и флот соперничали в борьбе за ассигнования. Концепция совместного развития и взаимодействия сухопутных и морских сил отсутствовала. При традиционно сухопутном характере русской стратегии приоритетная помощь армии выглядела более весомо. Наконец, не было доверия к Морскому ведомству, где по-прежнему царили бюрократизм и рутина. Офицеры МГШ производили свежее впечатление, но высшие чины в большинстве своем относились свысока к этим "младотуркам", как они именовали реформаторов. Возникало опасение: если выделить флоту средства, не уйдут ли они на кормление береговых и тыловых бюрократических структур?