Несмотря на блестящее знание французского и английского, Хамахер продолжал писать по-немецки; возможно, это главным образом и обосновало его решение вернуться в Германию. В Университете Гете во Франкфурте-на-Майне в 1998 году он основал и возглавил Институт сравнительного литературоведения, где и проработал до пенсии. В последние годы жизни он продолжал преподавать как приглашенный профессор в Университете Нью-Йорка и в Европейской школе для аспирантов в Зас-Фе. Одним из больших его вкладов в академическую культуру США стало создание книжной серии «Meridian: Crossing Aesthetics» («Меридиан: пересекая эстетики», с отсылкой к поэтологическому эссе Пауля Целана «Меридиан») в издательстве Стэнфордского университета, в которой с тех пор были напечатаны важнейшие теоретические исследования в самых разных областях, от философских до искусствоведческих, от этнологических до психоаналитических.
Следует также упомянуть ключевую роль, которую Хамахер сыграл в одной из громких полемик конца 1980-х годов. Ее началом послужила находка, сделанная бельгийским студентом Ортвином де Графом, работавшим над диссертацией о влиятельном философе, теоретике литературы, профессоре Йельского университета Поле де Мане, на тот момент уже покойном. Де Граф обнаружил, что в 1940–1942 годах де Ман, тогда очень молодой человек, написал более сотни статей о литературе и культуре для бельгийских коллаборационистских газет. В этих статьях де Ман, наряду с большой эрудицией и тонким пониманием европейской литературы, демонстрирует недвусмысленно антисемитские взгляды. Находка вызвала волну заметок в прессе, сперва европейской, а потом и американской. Большинство заметок первоначально имело характер сенсационного разоблачения, но сами найденные статьи – точнее говоря, их содержание – оставались по большей части вне поля зрения журналистов и читателей, в фокусе был сам факт существования компрометирующих публикаций. Когда волна сенсации докатилась до США, она вызвала реакцию со стороны не только журналистских, но и университетских кругов. Коллеги де Мана по Йелю были шокированы, поскольку знали его как человека, которого нельзя заподозрить ни в профашистских, ни в антисемитских настроениях.
Первым значимым откликом в академическом журнале стала статья Жака Деррида, многолетнего коллеги и друга де Мана, с которым его объединяла общая идея: оба были ключевыми фигурами в создании и развитии проекта философской деконструкции. В своей статье Деррида не пытается ни оправдать де Мана, ни отмежеваться от друга и единомышленника, а критически осмысляет, в каком соотношении находятся его журнализм военных лет, с одной стороны, и послевоенные тексты – с другой. Когда начатое им критическое обсуждение затягивает в себя все больше коллег, студентов и читателей, предсказуемо появляются попытки как обелить прошлое де Мана, так и, наоборот, дискредитировать всю его деятельность. Затем в полемику оказывается вовлечена и сама деконструкция как идея и метод: осуждение де Мана перекидывается на все направление этой школы мысли. Деконструкция и раньше оказывалась в центре жарких споров; один из самых заметных примеров – полемическая переписка Жака Деррида и Джона Серля, аналитического философа и последователя теории речевых актов Джона Остина. Деррида и Серль резко разошлись во мнении о базовых функциях языка. Серль придерживался позитивистского подхода, в рамках которого художественная литература оказывается вторичным явлением – по его выражению, она паразитирует на речевых актах с нормальной (т. е. серьезной) интенцией. Деррида возражал, что, поскольку язык в самой своей основе опирается на повторение и различие, интенции говорящего в любом случае не полностью находятся в его единоличной власти, ведь и они подвержены свободной игре языка, в которую вовлечены все на нем говорившие и говорящие. Для определенного числа приверженцев позитивизма такое понимание языка представлялось опасным, потому что оно ограничивает авторитет субъекта речи, так как в этом понимании слова ни одному говорящему не принадлежат в полной мере, а значит, ни на чье слово нельзя безоговорочно полагаться. В момент сенсации вокруг статей де Мана военного времени некоторые из тех, кто уже был настроен против деконструкции, обвинили и самих деконструктивистов в уходе от ответственности за слова и подрыве морали.