В постоянном единоборстве с врагами утверждалась национальная независимость Российского государства. Особенно упорная борьба разгорелась за выходы к Балтийскому морю. Ливонскую войну, начатую Иваном Грозным в 1558 году, Российскому государству пришлось вести против мощной коалиции стран — Дании, Швеции и Польши. Силы их комплектовались в основном за счет германских и других наемников. Война велась в условиях жесточайшей и упорной борьбы внутри страны — с боярскими заговорами и изменами, которые были направлены на ослабление самодержавия и восстановление порядков периода феодальной раздробленности.
Ливонская война, длившаяся более двадцати лет, постоянные набеги крымских ханов достигли своей цели: к концу царствования Ивана Грозного Российское государство было сильно экономически ослаблено. С установлением самодержавия шел усиленный процесс закрепощения, разорения и обнищания крестьян.
Запустение центральных областей государства к 80-м годам XVI века приняло катастрофические размеры. В Московском уезде осталось всего лишь 25 процентов жилых крестьянских дворов, в Новгородской области их пустовало до 92 процентов. По всему государству необрабатываемыми было до 40 процентов пахотной земли. Оставшиеся крестьяне и посадские люди вынуждены были платить подати и налоги, нести повинности за бежавших от крепостной неволи. И в деревне, и в городе обостряется борьба между боярами, дворянами, богатыми купцами, которые опирались на царскую власть, с одной стороны, и разоряющимся крестьянством и городской беднотой — с другой.
После смерти Ивана IV Грозного царский престол перешел к его слабоумному, болезненному сыну Федору, который был не способен управлять таким огромным государством, находящимся к тому же в состоянии тяжелого хозяйственного кризиса и надвигавшейся крестьянской войны против феодальной эксплуатации. Всеми государственными делами при Федоре ведали его родственники и приближенные к нему бояре. Особенно большим влиянием пользовался боярин Борис Годунов, на сестре которого (Ксении) был женат царь Федор. Фактически Годунов являлся полновластным правителем России. Он, безусловно, выделялся среди предводителей боярства властолюбием, умом и государственными способностями. Будучи одним из ближайших помощников Грозного в последние годы его жизни, Борис Годунов пользовался поддержкой сторонников сильного централизованного государства, и прежде всего дворянства.
Во времена правления царя Федора вновь усилилась борьба внутри правящей верхушки. Князья и бояре, избежавшие террора опричнины, естественно, решили, что теперь наступил благоприятный момент, воспользовавшись слабостью нового царя, взять реванш, восстановить свое былое могущество, вернуть утерянную при Грозном политическую власть. Свои надежды они связывали с царевичем Дмитрием.
Дмитрий — сын Грозного от последней жены Марии Нагой, а Федор — от Анастасии Романовой. Когда Федор занял царский престол, Нагие с двухлетним царевичем выехали в город Углич, где он и воспитывался. 15 мая 1591 года девятилетний Дмитрий был найден во дворе мертвым, с ножом в горле. Назначенная Годуновым следственная комиссия пришла к выводу, что он погиб в результате несчастного случая. В составленном акте указывалось, что во время игры со сверстниками царевич в припадке падучей болезни сам наткнулся на нож. Так ли было в действительности, по сохранившимся историческим документам установить трудно. По свидетельству же летописцев, Дмитрий погиб от руки наемных убийц, подосланных Годуновым, — Михаила Битяговского, его сына Данилы и Никиты Качалова, которые в тот же день были убиты жителями Углича.
Смерть царевича Дмитрия, который был главным претендентом в борьбе за престол, была использована врагами Годунова в противоборстве с ним. По городам и селам распространились слухи о намеренном убийстве малолетнего царевича.
В 1597 году умер царь Федор, не оставив после себя наследника. В среде боярско-княжеской знати началась ожесточенная борьба за царский престол, победителем в которой вышел Борис Годунов, опиравшийся на поддержку дворян-помещиков. Об избрании его царем современник писал: «Боярами и придворными овладел великий страх. Они постоянно изъявляли желание избрать царем Федора Никитича Романова». Между тем народ повсюду кричал: «Сохрани господи царя Бориса!» Бояре, «опасаясь, чтобы народ не схватил их, стали присягать» новому самодержцу.
В годы царствования Бориса Годунова резко ухудшилось положение крестьянских масс. За годы его правления к концу XVI века оброчные повинности сельских тружеников выросли почти в три раза, а лучшие их земли и покосы экспроприировались помещиками. Крепостная зависимость крестьян усилилась: теперь ими по своему произволу могли распоряжаться и бояре, и дворяне. Крестьяне жаловались, что помещики их «били и имущество грабили и всякие насильства чинили». Уйти же от своего хозяина после отмены Юрьева дня они не имели права.