Заключая договор со Швецией, новгородцы брали обязательства не только за себя, но и за все Российское государство. Они соглашались принять одного из сыновей Карла IX (Густава-Адольфа или Карла-Филиппа) на «Новгородское и Всероссийское государство царем и великим князем». А «до прибытия его королевского величества сына, — говорилось в договоре, — обязуемся повиноваться главному военачальнику Якову во всех его повелениях». Город обязался содержать шведские войска.
Власть в Новгороде перешла к Делагарди, который не замедлил ввести оккупационный режим, по суровости не уступавший польскому. Он чинил суд и расправу, отбирал и раздавал шведским военачальникам поместья. Одной из главных его забот стало распространение королевской власти на другие пограничные города, которые ему до этого не удалось взять. Один за другим пали Копорье, Ям, Ивангород, Орешек. Но хорошо укрепленный город-крепость Псков устоял и стал главным оплотом борьбы со шведской интервенцией на северо-западе России.
Помимо шведов под Псковом долго хищничали разбойные отряды пана Лисовского, грабя и убивая мирных жителей. В марте 1611 года войска гетмана Ходкевича пробовали взять Псково-Печерский монастырь, но приступ поляков был отбит с большими для них потерями.
В это время в Ивангороде объявился еще один самозванец, назвавший себя царевичем Дмитрием, «чудесно спасшимся» в третий раз. Летописец называет его Сидоркой (или Матюшкой) и говорит, что он был московским дьяком «из-за Яузы». Вскоре Лжедмитрий III перебрался в Псков, где его охотно приняли, видя в нем защитника против шведов (таким он представлял себя и обращениях к горожанам). Псковичи целовали ему крест. Из Пскова новый самозванец пытался распространить свою власть и на другие города, завязал отношения с подмосковными казачьими «таборами». Впоследствии «чудесно спасшемуся» царевичу присягнули со своими казаками стоявшие под Москвой донской атаман Заруцкий и князь Трубецкой.
К осени 1611 года страна, казалось, стояла на краю гибели. Польские войска взяли Смоленск и засели в спаленной ими Москве. Первое земское ополчение распалось. Шведы захватили Новгород Великий. На огромной территории бесчинствовали многочисленные разбойные отряды польских и шведских интервентов. Паны хвастливо писали в Польшу: «Мы теперь пасемся на Русской земле». Усилились набеги крымского хана. «Семибоярщина» окончательно обанкротилась. Московские бояре, запятнавшие себя сотрудничеством с иноземными захватчиками, сидя вместе с ними в Кремле, потеряли всякий авторитет в глазах народных масс. Их открыто называли изменниками.
Население оккупированных областей «от великих чинов и до малых степеней» предавалось «всеядному мечу». Воспоминания современников, призывные грамоты городов взволнованно рассказывают о погромах, убийствах и разорении: «Иных с башен высоких городских вниз бросали, иных же с берегов крутых во глубину реки с камнями сталкивали, иных же из луков и из самопалов расстреливали… у иных же детей хватали и перед глазами родителей в огонь кидали; иных же от материнской груди отбирали, о землю и о пороги, о камни и углы разбивали; иных же, на копиях и на саблях воткнувши, перед родителями носили».
В этот критический момент усилилось народное сопротивление. Его питали, придавая размах и силу, страдания, обрушившиеся на всех, и гнев за поруганное чувство национального достоинства. Все яснее осознавалась простым людом нетерпимость создавшегося положения. Открытое предательство боярской верхушки и неудача похода первого земского ополчения не сломили решимости русского народа бороться за освобождение своей страны. Повсеместно развернулось широкое партизанское движение против польских и шведских интервентов, основу которого составляло крестьянство. Растущий патриотический подъем широких слоев населения совершил то, чего не смогло сделать боярское правительство, — организовал действенный отпор интервентам.
Ушедшее в леса население организовывало партизанские отряды, активно боровшиеся против захватчиков. Наличие подобных отрядов в годы «великого разорения» отмечается по всей занятой польскими и шведскими интервентами территории. Отряды действовали на севере, в районе Сумского острога, в лесах Новгородской и Псковской областей, в лесах Смоленщины, под Москвой, в Ярославском крае, на Вологодчине… По свидетельству иностранца, «со всех сторон являлись толпы необузданных крестьян, которые истребляли немцев и поляков с неимоверною злобою… народ вооружился и отомстил полякам: иных повесил, других изрубил, а некоторых побросал в воду».