Вот почему в конце XVI века усиливается бегство крестьян и мелких посадских людей на окраины Русского государства — в Поволжье и придонские степи, на Яик (Урал) и Терек, в Запорожье, на Север и в Сибирь. Бегство стало одной из наиболее распространенных форм протеста трудящихся масс против усиливающегося угнетения. Наиболее показательной является обстановка на Дону, где с давних пор скапливались вольные люди, занимавшиеся различными промыслами, торговлей и войной. Они получили название «казаки» (от тюркского — удалец, свободный человек) и жили самоуправляющимися общинами, основывая станицы, слободы, хутора.
Возникновение вольного казачества в значительной степени ослабляло феодально-крепостническую систему. Все большее число крепостных покидали своих господ и уходили к казакам. Казачьи области стала представлять реальную угрозу для крепостнического государства. Казаки всегда были готовы противостоять своим врагам с оружием в руках. Вот почему и русское, и польское правительства в те годы вели ожесточенную борьбу против казаков, стараясь истребить их, вернуть в неволю, не допустить дальнейшего укрепления казачьих окраин, распространения их влияния. Но в то же время правительство Годунова вынуждено было прибегать к помощи казаков при отражении набегов крымских татар, выплачивая им за это государево жалованье «за службу», снабжая «огненным зельем» и хлебом.
Часть казаков хотя и поступала на службу в гарнизоны украинных городов (так назывались южные пограничные города; от слова «окраина», «украина»), но в любой момент была готова выступить против московского правительства.
В начале XVII века положение трудового населения страны резко ухудшилось в связи с большими неурожаями при существенном сокращении посевных площадей, особенно в центральных областях. В 1601 году посевы были залиты дождями. Столь же суровым был и следующий год. В 1603 году, теперь уже от сильной засухи, посевы тоже были уничтожены. Страну поразили страшный голод и мор. Люди ели все, что могло хоть как-то утолять голод, — лебеду, древесную кору, траву… По свидетельству современников, только в одной Москве погибло от голода 127 тысяч человек.
Спасаясь от голодной смерти, крестьяне и горожане покидали родные места. Толпы людей заполнили дороги, устремляясь на Дон и Волгу. Бедствие усугублялось еще и тем, что помещики и бояре, чтобы не кормить голодающих и таким образом поднять цены па хлеб, часто сами гнали своих крестьян с обжитых земель, не выдавая им, однако, отпускных грамот.
Несмотря на неурожай, в стране было достаточно хлебных запасов, чтобы предотвратить голод. Но боярам и помещикам не было дела до страданий народа, они стремились к личному обогащению и продавали хлеб по баснословным ценам. За короткое время цены на хлеб возросли в десятки раз. Так, до 1601 года 4 центнера ржи стоили 9–15 копеек, а во время голода четверть (центнер) ржи стоила свыше трех рублей. Прекрасно понимая, что страшный голод может явиться последним испытанием и что со дня па день может вспыхнуть народное восстание, царь приказал бесплатно выдавать в Москве хлеб из государственных запасов. Однако дьяки, ведавшие раздачей, занимались взяточничеством и всячески мошенничали. Более того, враждебное Годунову боярство пыталось направить против царя народный гнев и распространяло слухи, будто голод послан богом в наказание Борису, убившему, чтобы захватить царский престол, царевича Дмитрия. Таким образом, меры, принятые Годуновым, почти не облегчили положение простого люда. Дороги по-прежнему были забиты многочисленными толпами гонимых голодом людей. Часто они объединялись в крупные отряды, которые нападали на боярские и помещичьи усадьбы и силой отбирали хлеб. Вооруженные отряды голодающих крестьян и холопов действовали и под самой Москвой, создавая серьезную угрозу устоям крепостнического государства. Особенно крупным был отряд Хлопка Косолапа.
Выступление крестьян под руководством Хлопка Косолапа было неединичным. Так, правительственные войска с непомерной жестокостью подавили народное возмущение в Комарицкой волости, принадлежавшей царской семье. К крестьянам присоединялся городской люд, эксплуатируемый посадской верхушкой. Население ряда городов отказывалось подчиняться правительству Бориса Годунова. В числе восставших городов были такие важные центры юга страны, как Чернигов, Путивль, Кромы. Волна восстаний прокатилась по Донской области, Поволжью.