К Пожарскому прибыли гонцы из Суздаля, в котором бесчинствовал отряд атамана-воеводы Просовецкого. Суздальцы умоляли избавить их от грабежа и разбоя. Князь Дмитрий назначил суздальским воеводой своего родственника князя Романа Петровича Пожарского — брата Лопаты и во главе с ним отправил в Суздаль отряд ополченцев. Просовецкий без боя сдал город и бежал под Москву.
В начале апреля 1612 года ополчение вступило в Ярославль. Здесь ему был оказан торжественный прием: многие жители вышли встречать народное войско далеко за город, а в самом Ярославле его приветствовал весь городской люд.
Ярославль в то время состоял из трех частей. Так называемый Рубленый город был обнесен невысоким валом с деревянным острогом. К нему приминал Земляной город (посад и торговый центр), окруженный глубоким рвом с водой и валом с деревянным тыном. Вокруг были расположены слободы. В военном отношении деревянные укрепления Ярославля не представляли хорошей защиты. Более надежными были каменные стены Спасского монастыря, расположенного около Земляного города. В 1603 году монастырь выдержал длительную осаду при нападении тушинцев.
Ополчение расположилось в Земляном городе и в пригородных слободах. Началось длительное «ярославское стояние». «Поход же их замешкался», — записал летописец. Ополчение задержалось в этом говоре на целых четыре месяца. Нужно было пополнить ополчение людьми, казну — деньгами, укрепить связи с богатым северным Поморьем, волжскими городами и с Сибирью, обезопасить себя от возможных ударов в тыл со стороны шведов и казачьих отрядов. Наконец, надо было организоваться, окончательно оформиться как временная центральная власть со всеми вытекающими отсюда правами и обязанностями.
Нижегородское войско пришло в Ярославль значительно пополненным за счет присоединения к нему ополчений из других городов и уездов. В Ярославле Дмитрий Пожарский при содействии и помощи Кузьмы Минина немедленно приступил к окончательному формированию земской рати и созданию военной и административной власти.
Уже 7 апреля из Ярославля пошли грамоты по русским городам с подписями, из которых мы узнаем руководителей второго земского ополчения. Главные места выделены людям, имеющим высокий сан: первая подпись принадлежит боярину Морозову, вторая — боярину князю Владимиру Тимофеевичу Долгорукому, третья — окольничему Головину, четвертая — князю Ивану Никитичу Одоевскому, пятая — князю Пронскому, шестая — князю Волконскому, седьмая — Матвею Плещееву, восьмая — князю Львову, девятая — Мирону Вельяминову и только десятая — князю Пожарскому. На пятнадцатом месте читаем: «В „выборного человека всею землею“, в Козьмино места Минина, князь Пожарский руку приложил». За Мининым следует еще 34 подписи, в том числе князей Долгорукова и Туренина, Шереметевых, Салтыкова, Бутурлина.
Хотя фактическими руководителями ополчения, избранными народом, были Кузьма Минин и Дмитрий Пожарский, их подписи под грамотой не стоят первыми. Сказались законы местничества: сначала подписывались те, кто имел более высокое происхождение и чин.
Во время «ярославского стояния» Дмитрий Пожарский вместе со своими помощниками проделал огромную работу. В отличие от первого ополчения он создает стройную военную организацию. Пешие ратники объединяются в полки, а конные — в сотни. В каждый полк выделялся наиболее опытный в ратном деле и пользующийся наибольшим авторитетом среди ополченцев воевода. В конные отряды назначались сотники.
Пожарский строго разграничил обязанности воевод в ополчении. Они отвечали за воспитание и обучение ратников и непосредственно руководили действиями своего полка в сражении. Воевода должен был неустанно поддерживать воинскую дисциплину и быть образцом справедливости по отношению к воинам.
Много было сделано для упорядочения дела снабжения ратников жалованьем, продовольствием и снаряжением. Если воеводы в казачьих «таборах» Трубецкого и Заруцкого распоряжались казной по своему усмотрению, раздавая ее зачастую только своим приближенным и вызывая тем самым недовольство рядовых казаков, то воеводы Пожарского исполняли только военные обязанности. Выдачу «денежных кормлений», или жалованья, ратным людям осуществляли чети (финансово-административные приказы) земского ополчения. В полку заведовал казной, выдавал жалованье, распределял продовольствие и снаряжение выборный из числа ратников.