В 1990-х годах в академии были подготовлены работы: «Инженерное обеспечение действий войск в вооруженных конфликтах» под редакцией начальника инженерных войск Министерства обороны Российской Федерации генерал-полковника В. П. Кузнецова, «Инженерное обеспечение операций группировок (сил) в локальных войнах и вооруженных конфликтах» (Л. Г. Жуковский), «Военно-инженерная характеристика стратегических направлений на территории РФ» (С. И. Дробинин, Л. Г. Жуковский), «История развития теории и практики инженерного оборудования территории страны в интересах отражения агрессии» (И. Н. Николаев).
С 1998 года в соответствии с постановлением правительства Военно-инженерная академия им. В. В. Куйбышева была преобразована в Военно-инженерный университет с тремя филиалами: Санкт-Петербургским, Нижегородским и Тюменским. Военно-научная группа была преобразована в 1998 году в Научно-исследовательскую группу-1, которой продолжил руководить начальник ВНГ-1 (с 1991 года) полковник В. М. Сумин.
Директивой Генерального штаба ВС РФ от 22 июня 2000 года Научно-исследовательская группа-1 была преобразована в Научно-исследовательский центр (аналитический) инженерных войск — НИЦ АИВ Военно-инженерного университета (с 2004 года — Военно-инженерной академии).
С 2000 по 2005 год этот центр, руководителем которого с 2001 по 2008 год являлся полковник Л. Г. Жуковский, выпустил работы: «Наставление во военно-инженерному делу ВС РФ», «Наставление по подготовке и ведению военных действий ВС РФ» (части 2 и 3), «Наставление по службе оперативных штабов», а также аналитические обзоры: «Операция ВС США и их союзников против Ирака и особенности ее инженерного обеспечения», «Инженерные войска США: состояние, основные направления развития и строительства в 2004 году, состав и дислокация на 1.01.2005 г., подготовка специалистов инженерных войск», «Разработка в США новых систем разведки минно-взрывных заграждений». Совместно с учеными других подразделений Военно-инженерного центра (академии) были подготовлены монографии: «Основы инженерного обеспечения действий войск в современных локальных войнах и военных конфликтах» (В. К. Шамшуров, Л. Г. Жуковский), «Теоретические основы концепции инженерного обеспечения подготовки и ведения современных армейских операций и боя с учетом изменившихся условий ведения вооруженной борьбы и требований военной доктрины Российской Федерации» (В. С. Петрук, Л. Г. Жуковский), «Инженерное обеспечение действий войск в локальных войнах в особых условиях» (В. К. Шамшуров, Л. Г. Жуковский). Материалы исследований также публиковались в журналах «Военная мысль» и «Армейский сборник».
В 2004 году Военно-инженерный университет вновь был преобразован в Военно-инженерную академию, а на базе ее филиалов были воссозданы три военно-инженерных училища — Нижегородское высшее военно-инженерное командное училище (военный институт) на базе филиала университета в городе Кстово (Нижегородская область), Санкт-Петербургский военно-топографический институт имени генерала армии А. И. Антонова на базе филиала в Санкт-Петербурге, Тюменское высшее военно-инженерное командное училище (военный институт) на базе филиала в Тюмени. В 2004 году этот университет был вновь преобразован в Военно-инженерную академию во главе с генерал-майором Ю. П. Балховитиным — начальником инженерных войск армии Российской Федерации. 1 августа 2006 года академия была присоединена к Общевойсковой академии вооруженных сил Российской Федерации.
Тем самым те, кому следует по долгу службы разрабатывать опыт войн как в бывшей Югославии, так и в тех же Ираке и Афганистане были, как и были возможности по управлению процессами разминирования на международном уровне. Не было тех, кто бы им доставлял нужную информацию с мест и мог бы обеспечить оперативное управление данными процессами. Новая Российская Федерация попала в ловушку коммерциализации отношений в госаппарате с самого момента своего возникновения, ибо создана была ради коммерческих целей. Тогда должности за границей стали часто даваться уже не просто «на кормление», но как своего рода «бизнес-проект» с обязательствами «откатов». Где уж тут было думать о сборе материалов и подготовке научных исследований. Может, разминирование тут бы и дало какой-то приток денег в данную академию, переживающую вместе со своими полигонами в Нахабино и Красногорске вследствие недостатка финансирования не лучшие дни.