В марте-апреле 1899 г. на “Енисее” испытывались на водонепроницаемость отсеки, 7 мая комиссия освидетельствовала корпус и спусковое устройство, а на следующий день корабль спустили на воду Якоря Холла для “Амура” приобрели в Англии (впервые в русском флоте применили такую систему); якоря Мартина для “Енисея” изготовил Ижорский завод (каждый массой по 2240 кг, длина цепных канатов по 213 м). Один из якорей “Амура” после доставки из Англии сразу же отправили на Ижорский завод для разборки и детальной съемки и изучения, чтобы впоследствии такие якоря изготавливать у себя.
По проекту каждый транспорт должен был иметь: по два 34 футовых паровых катера; два 16-весельных рабочих катера; четыре 6-весельных яла; два 6-вссельных вельбота. Впоследствии, по просьбе командиров добавили два 4-вессльных яла. Паровые катера изготовил завод Крейтона, шлюпки и минные плотики — Кронштадтский порт.
27 июля 1898 г. командир “Амура” капитан 2 ранга Л.Ф. Добротворский{15} подал рапорт на имя командира Санкт-Петербургского порта, в котором предложил увеличить толщину обшивки по ватерлинии по примеру парохода “Лейтенант Овцын” для постановки мин в нетолстом льду. МТК запросил по этому поводу завод, который 10 августа 1898 г. ответил: “Наружная обшивка при ГВЛ доведена до толщины 7/16 дюйма. Шпангоуты между 18-65 шп расположены через 4 фута с промежуточными угловыми стойками для жесткости обшивки. И такой борт будет достаточно прочен для сопротивления напору тонкого льда. Постановка же мин на ходу и поворотах вряд ли может быть исполнима даже при небольшой толщине льда. В настоящее время вся наружная обшивка по ватерлинии поставлена на место”.{16}
16 сентября 1899 г. Управляющий Морским министерством приказал каютные переборки иметь металлические, как и рубки на верхней палубе с деревянной внутренней обшивкой. При осмотре на Балтийском заводе 18 сентября он приказал в местах пропусков стальной настилки положить из тонких склепанных листов стальную подшивку под палубные доски для устранения воспламенения их снизу при разрывах неприятельских снарядов в жилой палубе.
Минный транспорт "Амур". 1899 г. (Конструктивный мидель-шпангоут)
По первоначальному проекту прожектора должны быть на марсах на обоих мачтах, но в октябре 1898 г. МТК указал кормовой прожектор иметь на кормовой рубке, а марс оставили только на фок-мачте. Впоследствии и от этого марса отказались.
Осенью испытывались гидравлическим давлением до 17 кГс/см² цилиндры главных машин.
16 ноября 1899 г. МТК рассмотрел акт комиссии о приеме четырех 34-футовых паровых катеров, построенных в Або (№№ 1483-1486). На испытаниях катера при 300-310 оборотах в минуту развивали скорость 8-8,2 уз. Стоил каждый из них по 11500 руб. Кронштадтский порт изготовил по 2 минных плотика черноморского образца на каждый транспорт.
Элеваторы подачи патронов заказали Металлическому заводу, электрические лебедки фирме “Дюфлон, Константинович и К°", по три 75 см прожектора фирме Sauter Harle, электрическое освещение фирме “Унион”. Товарищество машиностроительного завода “Феникс” в Санк-Петербурге изготовляло двигатели для динамомашин. Части коленчатых валов заказали в Англии фирме Maudslay.{17}
В течение зимы-весны 1900 г. на обоих кораблях интенсивно велись достроечные работы, чтобы с началом навигации приступить к ходовым испытаниям. 5 января в мастерской Балтийского завода испытывались паровые машины “Амура”, а 10 февраля — “Енисея”, после чего их разобрали, погрузили на корабли и начали монтаж. При этом, как обычно, тщательно учитывалась масса деталей и механизмов, устанавливаемых на транспортах, но контроль за остойчивостью отсутствовал; вопреки рекомендации МТК не заполнили своевременно водой часть междудонных отсеков. В результате этого,а также частых изменений в проекте и несоответствия размещения грузов расчетному, корабли получили отрицательную метацентрическую высоту.
3 апреля 1900 г. при перешвартовке у стенки завода “Амур” внезапно повалился на борт; крен достиг 25°, затем корабль стал медленно переваливаться с борта на борт так, что обнажались скуловые кили. По палубам и в трюмах двигались все незакрепленные предметы, одним из ящиков переломало ноги служащему завода Филипповскому. Накаченная в носовую часть двойного дна вода мало помогла делу и только при помощи упора транспорта в пристань и тяги многих швартовов с берега удалось остановить взбесившийся корпус. При этом остаточный крен составлял 15°. МТК принял решение продолжать достроечные работы, заполнив отсеки двойного дна водяным балластом, а летом провести точное определение остойчивости.