Летчик был ранен в левую ногу, получил ожоги лица и до конца октября выбыл из строя. В ноябре-декабре 1942 г. – служба в Инспекции ВВС. Здесь работали опытнейшие летчики, прошедшие все конфликты конца 30-х годов и успевшие отличиться в начале войны. В их распоряжении были любые самолеты, стоявшие на вооружении советских ВВС. Начальником Инспекции был Василий Сталин 3* , что придавало ей особый вес.
Однако, в начале января 1943 г. Инспекция была расформирована, и капитан Долгушин вернулся в свой полк, получивший к тому моменту звание гвардейского и новый номер – 32 гв.иап. Полк входил в состав 210 истребительной авиационной дивизии 1 истребительного авиационного корпуса 3 воздушной армии и базировался на аэродроме Заборовье южнее Демянска (Калининский фронт). Через несколько дней его командиром стал полковник Сталин. Зимой 1943 г. в этом районе шли ожесточенные бои, и погода позволяла вовлечь в них авиацию. 32-й полк много летал на прикрытие войск. Основная тяжесть боевых полетов лежала на Героях Советского Союза зам.командира полка B.П.Бабкове и комэсках С.Ф.Долгушине, А.Ф.Мошине и И.М.Холодове – гораздо более опытных, чем командир, но Василий Сталин тоже поднимался в воздух.
Летал он обычно в звене Долгушина ведущим второй пары. Всего сделал 20- 30 боевых вылетов и имел две или три победы.
Об одном из тяжелых боев с участием В.И.Сталина вспоминает C.Ф.Долгушин: "Дело было между Демянском и Старой Руссой. Мы были восьмеркой или десяткой, а немцев – штук тридцать. Я оттягивал бой на свою территорию. Вдруг замечаю, какому-то Яку "Фоккер" заходит в хвост, вот-вот ударит. Я был в невыгодном положении и стрелять прицельно не мог. Даже сейчас не пойму, как я вывернул, чуть не сломал машину, но "фоккера" из хвоста выбил. Вгляделся – на Яке цифра 12 – Вася. Он погнался за немцем и оторвался от "каши", а его ведомый Володька Орехов, позже Герой Советского Союза, мой командир звена, отстал от него. Бой прошел нормально, никого не потеряли, у Василия даже пробоины нет. Когда сели, я доложил, как положено, потом отошли в сторону, и я ему высказал все, что думал, не стесняясь в выражениях. Василий слушал, слушал, потом говорит: "Сергей, может хватит?" А сам смеется."
3*
На Калининском фронте С.Ф.Долгушин сбил 6 самолетов. Боевая работа и отношения с начальством складывались неплохо, что не всегда бывает, но в начале мая 1943 г. появился приказ, подписанный Верховным Главнокомандующим, о снятии В.И.Сталина с должности командира полка и переводе В.П.Бабкова и С.Ф.Долгушина в другую часть. Причиной послужили далекие от фронтовой жизни прегрешения Василия, к которым ни Бабков, ни Долгушин отношения не имели. Так 5 июля 1943 г. Сергей возвратился в 180 иап. ставший теперь 30 гвардейским. Освоив новую для себя "Аэрокобру", он в качестве помощника командира полка принял участие в боях под Курском и сбил два самолета.
Через два месяца, в сентябре 1943 г., С.Ф.Долгушин был отозван в Москву и назначен командиром 156 иап, которым и командовал до осени 1946 г. Полк переучивался в Сейме под Горьким с ЛаГГов на Ла-5. Получив Ла-5 и Ла-5ФН. перелетел в начале ноября на аэродром Агибалово и вошел в состав 215 иад (командир М.Н.Якушин) 8 иак (командир А.С.Осипенко). Еще несколько месяцев корпус не вводили в бои. и лишь 20 июня 1944 г. его полки перебазировались в Белоруссию в 16 воздушную армию и участвовали в Бобруйской операции. После нее до конца войны корпус воевал в 4 воздушной армии. 156 иап в основном занимался прикрытием танковых и кавалерийских соединений, меньше – сопровождением. Участвовал в освобождении Белоруссии, Польши и закончил бои в Северной Германии. За время командования С.Ф.Долгушина полк получил почетное наименование Эльбингский и был награжден орденом Суворова III степени. В феврале 1945 г. летчик сделал вынужденную посадку на своей территории, поскольку над Данцигом мотор его Ла-7 разбила зенитка. Командир полка продолжал летать, но менее интенсивно. чем в начале войны. Превосходство перешло к советской авиации, да и личное участие в боях командиров такого уровня в конце войны отнюдь не приветствовалось. Свой последний боевой вылет подполковник Долгушин совершил 6 мая 1945 г.
После победы С.Ф.Долгушин продолжал командовать 156 полком, переведенным в 229 иад. В 1946-47 гг. учился на Высших летно-тактических курсах в Липецке и до 1949 г. командовал там полком, вооруженным Як-3, Як-9П и Ла-9. С 1949 г. – командир 196 иап, затем – 32 гв.иап, входивших в "парадную" дивизию в Кубинке. 196 полк переходил с Ла-15 на МиГ-15, 32-ий – имел их на вооружении. С 1951 г. – командир бомбардировочной дивизии в Калинине, начинавшей при нем осваивать Ил-28. Прошел ряд должностей вплоть до заместителя командующего воздушной армией. С 1967 г. – генерал-лейтенант авиации. Летал до 1970 г. Последние годы службы – начальник кафедры ВВИА им,Жуковского. В 1976 г. ушел в запас. Генерал- лейтенант авиации С.Ф.Долгушин награжден орденами: двумя Ленина, четырьмя Красного Знамени. Александра Невского, двумя Отечественной войны I степени, двумя Красной Звезды, "За службу Родине в Вооруженных Силах" 3-й степени.