В последующий период войны на Черном море летающие лодки Че-2 редко встречаются в сводках боевых отчетов. Созданные для дальней морской разведки, они, в силу сложившихся обстоятельств, чаще выполняли задачу охраны побережья. Такое несоответствие назначения и применения наблюдалось не только в случае с Че-2. Начиная с 1943 года подобную работу выполняли практически все типы боевых самолетов, даже штурмовики и истребители. Только к концу войны, когда на ЧФ осталось всего два Че-2, появилась возможность привлекать их исключительно для ответственных дальних разведывательных полетов.
Тихоокеанский флот был также местом базирования гидросамолетов Че-2. 22 июня 1941 года здесь уже находилось 8 таких летающих лодок. В ходе войны это количество увеличилось до 9. К моменту начала боевых действий против Японии 9 августа 1945 года в строю оставалось четыре Че-2.
И. В. Четвериков все военные годы постоянно совершенствовал свой самолет. Еще на стадии работ с МДР-6 и МДР-6А он начал разработку новой машины МДР-6Б. Эта летающая лодка, оснащенная двигателями М-105, имела более совершенную аэродинамику и должна была по замыслу главного конструктора приближаться по своим летным характеристикам к однотипным сухопутным самолетам. Вслед за этой разработкой последовали модификации МДР-6 от Б-1 до Б-5. Все они, однако, так и не вышли из стадии опытных образцов. Судьбе было угодно, чтобы заказ на новый гидросамолет достался другому конструктору — Георгию Бериеву. Его летающая лодка Бе-6 была запущена в серийное производство в послевоенный период, и на долгие годы это КБ монополизировало работу' в области морской авиации.
Самолет МДР-§ проектировался и строился как разведчик открытого моря и легкий бомбардировщик. По результатам испытаний признавалось, что машина превосходит по своим характеристикам морской разведчик МБР-2, имеет значительные резервы для повышения летных данных и боевых возможностей.
МДР-6 — цельнометаллический моноплан лодочного типа. Свободнонесущее крыло типа «чайка» снабжено посадочными щитками с гидравлическим приводом. Подкрыльевые поплавки неубирающиеся, полунесущие, необходимая жесткость их установки достигается применением стальных расчалок.
Лодка гидросамолета, с ярко выраженной килеватостью, имеет два редана: первый — клиновидный, второй — сходящий на клин, с водяным рулем, форма которого практически на всех самолетах различная. В процессе эксплуатации МДР-6 выявилась недостаточная прочность корпуса лодки, поэтому некоторые серийные машины имели дополнительные усиления конструкции: внешние лонжероны фюзеляжа, различные доработки и накладки.
Оперение летающей лодки усилено подкосами, рули и центральная часть стабилизатора обшиты полотном. Уже в ходе испытательных полетов рули высоты и элероны были снабжены весовыми балансирами. Применение такого типа весовой компенсации отмечалось на всех последующих серийных самолетах.
Первый опытный МДР-6 был оснащен моторами М-25Е с воздушными винтами постоянного шага диаметром 2,8 м. Второй опытный и головной серийный — моторами М-63 и винтами изменяемого шага ВИШ. Эти винты типа АВ-1 имели уменьшенный до 2,7 м диаметр. Не стоит, однако, думать, что уменьшение диаметра есть решение конструктора. Дело в том, что очередную модификацию истребителя И-16 тип 29 решили вооружить крупнокалиберным пулеметом Березина, который разместили между нишами шасси. Последнее пришлось укоротить сантиметров на десять, а вслед за ним — и винт. Этот винт, подогнанный под И-16 тип 29, применялся и на других типах машин с двигателями М-63.
На практике большинство самолетов МДР-6 оснащались моторами М-62, как более надежными и имеющими увеличенный ресурс.
Бензиновые баки (10 штук) — протектированпые, размещены в крыле, полная емкость 2200 литров. В ходе постройки серии в фюзеляже располагались дополнительные топливные баки.
5* По другие данным — 42°15' с. ш. 41°10' в. д.
| МДР-6 опытный | МДР-6 серийный (Че-2) | |
| Длина самолета, м | 15,8 | 15,73 |
| Размах крыла, м | 22,0 | 19,4 |
| Высота в линии полета, м | 3,99 | 3,9 |
| Площадь крыла, м2 | 58,9 | 56,7 |
| Полетный вес, кг | ||
| нормальный, в варианте разведчика | - | 5600 |
| максимальный | 6450 | 7000 |
| Максимальная скорость, км/ч | ||
| у земли | — | 319 |
| на расчетной высоте | 345 | 365 |
| Практический потолок, м | 8500 | 7800 |
| Дальность, км | 2550 | 2500 |
Стрелковое оборонительное вооружение МДР-6 состояло из трех пулеметов ШКАС калибра 7,62 мм, размещенных в двух экранированных вращающихся турелях и в люковой установке за вторым реданом. Носовая установка НУДБ-3 была позаимствована у бомбардировщика ДБ-3. Чтобы через щель в экране турели не заливала вода, она была доработана специально для МДР-6 и стала называться НУДБ-Зм, т. е. морская. Часть серийных самолетов имела именно эту турель, однако вода все-таки попадала в кабину штурмана, поэтому установку еще раз дорабатывали. Часть летающих лодок имела турель НУДБ-Зф, другие — установки, переделанные в воинских частях, на некоторых машинах в носу устанавливался пулемет БТ калибра 12,7 мм.
Средняя турель СУДБ-3 поначалу удовлетворяла и заказчиков, и пользователей, но 1941 году эти турели стали по возможности заменять на МВ-5 (как на Су-2), затем последовали рекомендации по установке пулемета Березина. Люковая установка, называемая еще кинжальной, удовлетворяла как будто всех — во всяком случае, о ее переделках или хотя бы о таких предложениях ничего не известно.