1996.Несмотря на сложности с поставками топлива, полк поддерживал в боеготовом состоянии экипажи основного боевого расчета, за год проведено 2 ЛТУ АЭ и 1 ЛТУ АП, при этом ЛТУ 1-й АЭ в сентябре проходило с перебазированием на оперативный аэродром Бутурлиновка.
1997.В марте командование полком принял гв. п-к А. Бондаренко, кавалер двух орденов Красной Звезды, дважды выполнявший интернациональный долг в ДРА.
С 26 августа по 1 сентября проводилось ЛТУ полка с перебазированием 6 МиГ-25РБ и 8 Су-24МР на оперативный аэродром Багай-Барановка с воздушной разведкой на новом оперативном направлении. Кроме того, в течение года выполнено 27 полетов на обеспечение командно-штабных учений и тревог вышестоящих штабов. Летчики перегоняли самолеты МиГ-25РБ/РУ из Липецка в Мончегорск.
1998.С 15 марта в связи с расформированием 16-й ВА полк вошел в состав 105-й САД и, перестав быть отдельным, с этого момента стал именоваться 47-й ГРАП.
1 мая в связи с проводимыми в российских ВВС ОШМ (организационно-штатные мероприятия, а попросту — сокращение) полку переданы Боевое Знамя, почетное наименование, ордена и другие награды (два Вымпела МО СССР), боевые традиции с Историческим формуляром 871-го ИАП в Смоленске. С этого дня получил наименование «47-й Гвардейский разведывательный авиационный Борисовский-Померанский дважды Краснознаменный ордена Суворова авиационный полк».
С 1 августа в связи с ОШМ в полку расформирована 3-я АЭ на самолетах МиГ-25РБ.
1999–2001.С 5 сентября 1999 г. по 28 февраля 2000 г. оперативная группа полка тремя самолетами МиГ-25РБ с аэр. Ахтубинск принимала участие в контртеррористической операции на территории ЧР. За это время в группе произошло 5 смен личного состава. В работе группы в общей сложности принимали участие 84 человека. За этот период летчики гв. п/п-ки Жарков, Иванов, Скворцов и гв. м-р Лоскутов выполнили 108 б/в на воздушную разведку. Специалистами фотослужбы изготовлено 536 фотосхем и фотопланшетов. Все летчики группы награждены боевыми орденами, а многие из специалистов ИАС и АФС — медалями. А всего с 1992 г. по 2000 г. в различных горячих точках СНГ экипажами полка выполнено 302 б/в.
С 6 по 14 сентября 2000 г. 6 самолетов Су-24МР (экипажи: гв. п-к Бондаренко — гв. п/п-к Барышников, гв. п/п-к Наевский — гв. м-р Донецкий, гв. п/п-к Золотов — гв. м-р Волосян, гв. м-р Триппель — гв. м-р Черепня, гв. м- р Пронин — гв. п/п-к Никитин, гв. м-р Александров — гв. ст. л-т Баранов), перебазировавшись на аэродром Мариновка, принимали участие в двухсторонних исследовательских учениях «Оборона-2000». Особо отличившиеся экипажи (Наевский-Донецкий, Триппель-Черепня) Главком ВВС и ПВО наградил именными часами.
Возвращение из боевого вылета над Чечней. Владимирова (Ахтубинск), октябрь 1999 г.
9 мая 2001 г. во время праздничных мероприятий, посвященных Дню Победы, в торжественной обстановке прошла церемония присвоения самолетам полка имен однополчан — Героев Советского Союза.
В конце мая 2001 г. новым командиром полка назначен гв. п-к В. Лопарёв.
В 2001 г. полк продолжает оставаться в боевом строю российской военной авиации, удерживая лидерные позиции среди авиационных полков наших ВВС.
15 августа 2001 г. 47-й Гвардейский разведывательный авиационный Борисовский-Померанский Дважды Краснознаменный ордена Суворова 3 ст. полк отметил 60-летний Юбилей!
Пе-Збис-разведчик «1 белый», 3-я АЭ, весна 1943 г. С января 1942 г. по апрель 1943 г. машина выполнила более 100 б/в. В конце апреля 1943 г., при посадке в грозу к-н Малютин потерпел на ней аварию.
Пе-2-разведчик «2 голубой» (зав. № 14/177), 3-я АЭ, весна 1944 г.
6 июля 1944 г. экипаж летчика Семёнова не вернулся на этой машине из боевого вылета. Бортовой номер сначала был белым, а когда подвернулась голубая краска, внутренняя часть была закрашена.
Пе-2-разведчик «4 красный», 3-я АЭ, осень 1944 г. Механик всех «пешек» — В. Силантьев.
Ил-4 «23 желтый», 2-я АЭ, лето-осень 1943 г.
Ту-2Р «4 белый», 1-я АЭ, весна 1945 г.
Ил-28Р «17 красный», 3-я АЭ. Мигалово, весна 1958 г.
Як-25Р «03 красный», 3-я АЭ. Мигалово, август 1958 г.
ЯК-27Р «75 красный», 1-я АЭ, лето 1963 г.
Як-28Р «28 красный», 2-я АЭ, лето 1975 г.
В феврале 1975 г. на все Як-28 47-го ОГРАП, участвовавшие в учениях «Весна-75», на фюзеляж перед килем нанесли вертикальную красную полосу
ЯК-28Р «29 красный», 2-я АЭ, лето 1981 г.
МиГ-25РБФ «20 красный» (заводской № 02032208), 2-я АЭ,
47-й Гвардейский разведывательный авиационный Борисовский-Померанский дважды Краснознамённый ордена Суворова авиационный полк. Шаталово, август 2001 г.
В связи с подготовкой к 60-летию полка, по инициативе Офицерского собрания, 4 декабря 2000 г. командир издал приказ № 234 «О нанесении символики боевых заслуг на самолётах полка и увековечении памяти однополчан — Героев Советского Союза». В соответствии с ним гв. п/п-ки Пазынич и Лавров разработали символику и изготовили трафареты. 5 апреля начались полномасштабные работы в эскадрильях по нанесению символики и имён Героев. Первыми именными самолётами полка стали Су-24МР «06» ВАЛЕНТИН СОКОЛОВ и МиГ-25РБФ «20» РОСТИСЛАВ ЯЩУК. 20 апреля на полёты уже вышли именные самолёты.
Работы по именным самолётам были завершены 5 мая, и 9 мая на аэродроме в торжественной обстановке, перед личным составом полка и в присутствии многочисленных гостей прошла церемония передачи именных самолётов экипажам.
Все летающие самолёты полка несут на левом борту символику боевых заслуг: знак «Гвардия», орден Красного Знамени, орден Суворова 3 ст., надпись «Борисовский». На правом борту — эмблема эскадрильи; во 2-й АЭ на фоне стилизованного земного шара леопард в прыжке.
Су-24МР 11 (эав.№ 0841633)** 1-я АЭ 47-го ГРАП, май 2001 г.
Cy-24MP 10 (зав.№ 0615330) 1 — я АЭ 47-го ГРАП, май 2001 г.
Су-24МР «05 белый» (зав.№ 0615325)* 1-я АЭ 47-го ГРАП, май 2001 г.
Су-24МР «06 белый» (зав.№ 0841605)* 1 — я АЭ 47-го ГРАП, апрель 2001 г. Первый именной самолет в 1 — й АЭ
Су-24МР «07 белый» (зав.№ 0615327)** 1-я АЭ 47-го ГРАП, май 2001 г.
Эмблема 1 — й АЭ — белый аист (так называли Су-24 авианаводчики в Афганистане) на фоне стилизованного земного шара
Су-24МР «01 белый» (зав.№ 0841631) 1-я АЭ 47-го ГРАП, май 2001 г.