С мая по август в 49-й ОПЛАЭ и частях обеспечения проводились комплексные тренировки.
Бе-12 в акватории Калининградского залива. На заднем плане справа видны ангары аэродрома Neutief (aAM)
25 мая — на тему «Приведение 49-й ОПЛАЭ и частей обеспечения в б/г «полная» в поисково-ударном торпедном варианте». В готовность приводились 8 летных экипажей и 10 самолетов Бе-12, а также части обеспечения в полном составе. В ходе комплексной тренировки была проверена боевая готовность дежурных экипажей и дежурного расчета ЗПУ № 4 от 270-го ОБС и РТО. Комплексная тренировка в целом достигла своих учебных целей.
26 июня — на тему «Приведение 49-й ОПЛАЭ в б/г «полная» распорядительным порядком с последующим выводом сил из-под удара (обозначенными силами)». Тренировка преследовала цели: а) совершенствовать навыки командования штаба по управлению силами в ходе приведения 49-й ОПЛАЭ в б/г и выводе из- под удара по сигналу, б) проверить элементы скрытности при оповещении, сборе личного состава, подаче оружия и средств АТО на стоянки самолетов, подготовке техники к боевому вылету, в) проверить б/г ТЭЧ АЭ.
27 августа — на тему «Подготовка 49-й ОПЛАЭ к выводу из-под удара с подвеской оружия в поисково-ударном и бомбовом варианте в темное время суток без проверки средств поиска и оружия (без вылета)». Тренировка преследовала цели: а) совершенствовать навыки командования штаба по управлению силами в ходе вывода из-под удара, б) проверить подачу средств АТО и оружия на стоянки самолетов, действия расчетов в условиях ограничения времени, в) проверить б/г 3-го отряда.
1988. 1 февраля была проведена тренировка по отработке отдельных элементов боевой готовности. Тренировка преследовала цели: а) проверить действия дежурно-вахтенной службы при получении сигнала, б) проверить ход отработки штабом решения по поставленной задаче, 3) проконтролировать действия личного состава частей при получении сигнала «Учебная тревога. Вариант № 2».
12 февраля 49-й ОПЛАЭ в торжественной обстановке было вручено Красное Знамя 49-й Таллинской Краснознаменной орденов Ушакова и Нахимова отдельной противолодочной авиационной эскадрильи. Прежнее Знамя 51-го МТАП было сдано в Музей Вооруженных сил в Москве.
15 февраля 49-я ОПЛАЭ была приведена в б/г «военная опасность» по сигналу в поисково-ударном варианте. Цели тренировки: а) проверить действия КП и личного состава АЭ при получении сигнала на приведение части в боевую готовность «военная опасность», б) отработать действия технических расчетов и летного состава при подготовке самолетов к боевому вылету, в) проверить готовность сил и средств ПВО, г) проверить уровень боеготовности 1-го отряда.
С 16 по 20 мая были проведены ЛТУ эскадрильи под руководством командующего ВВС БФ ген. — л-та авиации Гончарова П.И. на тему «Подготовка и ведение боевых действий 49-й ОПЛАЭ в операции флота в рамках стратегической оборонительной операции на Западном ТВД с выполнением боевых упражнений». В ходе ЛТУ экипажи показали возросшее летное мастерство, успешно решили поставленные задачи, в результате чего: а) была обнаружена ПЛ условного противника и контакт с ней был передан 442-й КПУГ 78-й БКОВР, б) было выполнено 3 торпедометания практическими торпедами АТ-1М на полигоне Л-30Д, в) выполнено 2 минометания, г) выполнен полет по «большому кругу» с УЯБП на борту. В частности, в последний день ЛТУ — 20 мая — была проведена комплексная тренировка на тему «Приведение 49-й ОПЛАЭ в б/г «полная» в поисково-ударном варианте с последующим выводом из-под удара (с вылетом обозначенных сил)».
29 июня в дневное время была проведена исследовательская проверка б/г на тему «Приведение 49-й ОПЛАЭ в б/г «полная» в поисково-ударном торпедном общем варианте». Оповещение осуществлялось с помощью звуковой сигнализации и с использованием оповестителей на 18 маршрутах.
6 августа состоялась комплексная тренировка на тему «Приведение 49-й ОПЛАЭ в б/г «полная» в поисково-ударном варианте с последующим выводом из- под удара обозначенных сил».
С 20 по 23 сентября по плану оперативной подготовки ВВС БФ был выполнен межфлотский маневр на а/с «Североморск-2» ВВС СФ в составе 3 Бе-12. Цель маневра — отработка навыков поиска атомных ПЛ.
26 октября 1988 года исполнилось 45 лет со дня формирования 51-го МТАП, чьи почетные наименования и ордена унаследовала 49-я ОПЛАЭ. Состоялся митинг, торжественное собрание, чествование ветеранов Великой Отечественной войны и передовиков социалистического соревнования.