Но в апреле 1941 года разразилась война, и отец Фаддей, спасаясь от албанцев, с четырьмя оставшимися печскими монахами как косовский беженец вернулся в Белград, снова в монастырь Раковица.
Впервые недели оккупации ситуация в Белграде была очень тяжелой, и иеромонах Фаддей пытался перейти в Банатскую епархию, к тогдашнему епископу Банатскому, а впоследствии Загребскому митрополиту Дамаскину, потому что в Банате был хотя бы, как говорил старец, «хлеб с хлебом, а в Белграде практически ничего».
Но он был арестован на белградском вокзале по подозрению в принадлежности к священству Сербской Церкви, являвшейся, по мнению нацистских оккупантов, первым и важнейшим оплотом сербского духа и сербской исторической памяти, которые требовалось уничтожить, чтобы сломить сербский народ. Его доставили в Особое отделение полиции с бессмысленным обвинением в том, что он «направлялся в Банат организовывать коммунистические ячейки!», и над ним нависла опасность тяжкого наказания как над «одним из организаторов бунта против оккупантов». Но после допросов он, в конце концов, был освобожден «за недостатком доказательств».
Выйдя из тюрьмы, отец Фаддей сразу же отправился в монастырь Вптовнпца, в свой родной край. Однако и там «человекоубийца от начала» не дал ему мира. Два дня спустя комендант области вызвал его к себе и потребовал, чтобы он «как священное лицо прибыл в его распоряжение». Иеромонах Фаддей решительно отказался, объяснив, что как священник не может это исполнить, так как не имеет благословения своего епископа.
«Это были трудные времена, — рассказывал старец много лет спустя, — за одно только слово или неисполненное военное распоряжение над человеком нависала тень смерти». Но и тогда отец Фаддей даже под угрозой смерти засвидетельствовал свою преданность воле Божией, свое безраздельное служение Христу и Его Церкви, свое исключительное церковное сознание и совесть.
В 1943 году фашисты снова арестовывают его, на этот раз в Петровце, бросают в тюрьму с «двумя спекулянтами табаком» и приговаривают к смерти, потому что он уже был поставлен на учет после первого ареста в Белграде. Лежа на деревянной тюремной лавке, иеромонах Фаддей думал, что дороги на свободу уже нет: «Я думал о том, что не выйду живым из тюрьмы. Нет жизни, пришел конец! Боже, Боже!» И пока его терзали эти черные мысли, Господь вдруг вывел его из отчаяния чудесным видением: «Лежу, думаю — нет мне спасения! Отчаяние! И вдруг передо мной появился высокий воин с перекрещенной на груди золотой лентой, на голове не было шлема, только лоб чем‑то перехвачен, надо лбом прекрасный султан и военная форма как на древней фреске. Высок, прекрасен! На земле таких не бывает! Держит в руке свиток и смотрит на меня. И я понимаю ясно — ангел, утешение от Господа! Воин Божий развернул свиток и сказал: "Смотри, на свитке карта Сербии, не бойся, не страшись, предстоит тебе еще многих утешить и ободрить. Ты понял?" Я оглядываюсь посмотреть, слышат ли остальные, что он говорит. Тогда я не понимал, что в духовном мире говорят не так, как в материальном мире, как человек с человеком, что мысли звучат в уме. Человек слышит не телесным ухом, но духовным. А когда я повернулся к нему, он уже исчез. И я понял, что это было Небесное видение, которое Господь послал мне, чтобы утешить и объявить о Своей воле здесь, на этом свете. Это было в 1943 году — первый и единственный раз я видел наяву Божьего посланника, потом только во сне…»
Господь в самую тяжелую минуту, перед лицом смерти, через своего ангела показал ему путь, каким он должен идти, послушание, которое он должен выполнять, и крест, который он будет нести, — по всей Сербии утешать, укреплять и окормлять сербский народ Евангелием Христовым до своего самого последнего вздоха.
Пройдя через тюрьмы в Петровце и Пожаревце, спустя месяц после заточения, 5 марта 1943 года, он был переведен фашистами в монастырь Войловица, где тогда находился владыка Николай (Велимирович). По запискам (тогда еще) иеромонаха Василия (Костича), который тоже находился в заключении в Войловице, отец Фаддей попал туда «измученный, весь во вшах». Но, чуть оправившись, 13 марта 1943 года он, вместе со святым владыкой Николаем и другими заключенными, служил там Литургию. Своим «крестным ходом» по нацистским тюрьмам иеромонах Фаддей внес свою лепту в соборное мученичество Сербской Церкви в годы Второй мировой войны.