Главный вывод состоит в том, что научный метод во всех своих модификациях, в сущности, есть определенная организация познавательного цикла на разных уровнях научного познания. Метод, таким образом, можно определить как систему, упорядоченную последовательность познавательных шагов, исследовательских операций, основанных на предметном и методологическом знании. Метод структурирует научную познавательную деятельность. Способ его существования - это реальное функционирование познавательного цикла на разных уровнях научной деятельности.
Важно сравнение метода с алгоритмом как одним из основных понятий логики, математики и кибернетики. Под алгоритмом понимают четко обозначенную последовательность достаточно строго регламентированных операций, которая установленным образом связывает начальную ситуацию и получаемый результат. Математическое понимание данного понятия представляет алгоритм как точное предписание, задающее вычислительный процесс, ведущий от начальных данных, которые могут варьировать, к искомому результату. В кибернетике алгоритм понимают как точное предписание о выполнении в определенном порядке системы операций для решения любой задачи из некоторого выделенного класса задач. Иными словами, алгоритм понимается как жестко детерминированный математический и логический метод формального или, как иногда его характеризуют, механического решения задач какого-либо класса. И метод, и лигоритм программируют познавательную деятельность, указывая как последовательность, так и характер, а также количество необходимых познавательных шагов. В то же время в алгоритме, во всяком случае, в его классической интерпретации, например, в интерпретации А.А. Маркова, устанавливается весьма жесткая связь между начальной ситуацией и получаемым результатом. Поэтому алгоритм выражает стремление к высшей степени формализации процесса деятельности, к однозначности, когда каждая стадия процесса точно, строго, однозначно детерминирует последующую стадию.
Однако существуют определенные границы формализации, алгоритмизации научного исследования, поскольку большая часть наук и областей исследования не достигла уровня, позволяющего строить формальные системы и алгоритмы. К тому же после доказательства знаменитых теорем Геделя о неполноте формальных систем и о невозможности доказать непротиворечивость формальной системы средствами самой формальной системы стало ясно, что полная формализация человеческого познания невозможна, что сама формализация опирается на содержательный, семантический подход. Научное познание представляет собой принципиально неформализуемую деятельность, характеризующуюся достаточно большой степенью неопределенности как самого процесса, так и ее элементов. Поэтому алгоритмы, алгоритмические методы, характеризующиеся как раз жесткой однозначностью, строго формализованным путем решения задач, наибольшее распространение получают в сравнительно небольшом количестве наук - математике, логике, термодинамике, классической механике и некоторых других.