В отношении компактно проживающих групп еврейского населения осуществлялась особая политика. В первую очередь евреев отделяли от других, заставляя носить специальный знак в виде повязки или нашивки со звездой Давида, а затем загоняли их в гетто. Там создавали собственную еврейскую полицию и юденрат, некое подобие органа власти из старейшин, через который евреи получали приказы от германской администрации. На гетто регулярно накладывались контрибуции и всевозможные штрафы. За неисполнение — расстрел части населения. На оккупированных территориях СССР и Польши гетто превратились в издевательски медленный способ умерщвления людей, когда из них сначала выкачивали все средства, а потом, прежде чем убить, делали все, что только может представить себе воспаленное воображение садиста.
Крупные акции айнзатцгруппы готовили тщательно и заранее. Принципиально важная роль отводилась обману, так как до самого последнего момента жертвы не должны были знать, что их ждет. Один из наиболее чудовищных примеров — Бабий Яр в Киеве, где за два дня Зондеркоманда 4а лишила жизни 33 771 еврея, включая детей. Казни в Бабьем Яру продолжались до весны 1943 г. Вместе с евреями там убивали советских военнопленных разных национальностей, цыган и подпольщиков.
За спиной каждой айнзатцгруппы тысячи злодеяний. Редко какой крупный населенный пункт, не говоря уже о городах, избежал их «визита». Они также сыграли большую роль в организации оккупационного режима. По мере его консолидации айнзатцгруппы превращались в местные службы полиции безопасности и СД. Фюреры групп и команд, как правило, возглавляли соответствующие отделения СД своих районов. После массовых расстрелов 1941-1942 гг. центр их деятельности переносился на антипартизанскую борьбу, в которой пригодился опыт прошлых расправ.
К сожалению, современная документальная база не дает возможности ответить точно на вопрос о количестве жертв. Архивы оперативных групп не сохранились. Мы располагаем сообщениями с мест, рассылавшихся в ограниченном количестве высшему руководству, и рядом показаний на послевоенных судебных процессах, которые, разумеется, не всегда точны. Отнюдь не все жертвы подлежали упоминанию, часть людей убивали другие подразделения. По приблизительным подсчетам, оперативные группы самостоятельно убили около 600-700 тыс. евреев и от 100 до 300 тыс. граждан других национальностей.
Необходимо учитывать, что немцы сделали все возможное, чтобы скрыть следы преступлений. Первым делом Р. Гейдрих и Г. Гиммлер запретили фотографировать любые казни и разговаривать о них в армии. Солдаты и офицеры, сделавшие «на память» какие-то снимки, были обязаны сдать их под расписку. Изъятые фотографии отсылались в РСХА. Судя по всему, отдельные расстрелы СД снимало на пленку, но в какое-то время уничтожило все материалы. Поэтому в архивах сохранилось очень мало фотографий, запечатлевших массовые казни на Восточном фронте. Затем была проведена тайная операция под кодовым наименованием «акция 1005». Суть ее сводилась к тому, что зондеркоманды вскрывали массовые захоронения и уничтожали трупы на кострах. Кости перемалывались в специальной машине до полного измельчения, а пепел, перед тем, как его развеять, просеивали, чтобы выявить золотые зубы, обручальные кольца и прочие ценности. Говорили, что пепел от тысячи сожженных тел заполнял пять ведер. По советским данным, только во Львове и Восточной Галиции немцы извлекли из останков людей 110 кг золота. Разумеется, основную работу выполняли смертники, — заключенные из близлежащих лагерей. Они подлежали безусловной ликвидации после окончания операции. Единицам удалось бежать и выжить. Доподлинно известно, что уполномоченные «акции 1005» на территории СССР «работали» минимум в 40 пунктах.
Другой массовой категорией жертв фашистского террора стали советские военнопленные. С первых же дней боевых действий немецкое командование относилось к ним как к расовому «балласту». Поскольку война предполагалась быстрая, большое количество пленных «мешало» колонизаторским планам. Поэтому избыток «ртов» устраняли пулями и условиями искусственного голода. Захваченные или сдавшиеся в плен солдаты направлялись в специальные сборные пункты при немецких дивизиях и армиях. Подобные пункты устраивались в оврагах или просто в поле под открытым небом. Там, как правило, солдат не кормили, и даже воду давали не всегда. Из сборных пунктов пленные в пешем порядке направлялись в транзитные лагеря, а оттуда в постоянные. Этапирование из лагеря в лагерь для большинства оголодавших пленных было очень тяжелым испытанием, так как всех, кто отставал от колонны, немецкая охрана пристреливала. Практика убивать раненых, ослабленных и отстающих применялась повсеместно и вплоть до окончания войны. Не менее тяжелым было транспортирование по железной дороге, когда людей в больших количествах загоняли в товарные вагоны и перевозили в течение нескольких суток без пищи, воды и каких-либо санитарных условий. Если же транспортировка происходила зимой, то пленные замерзали заживо, а в некоторых случаях целыми вагонами.