В той или иной форме преступления, аналогичные тем, которые были совершены в Нанкине, повторялись на других оккупированных территориях. Жестокость поощрялась высшим руководством, а убийцы освобождались от какого-либо наказания. В японском исполнении жертву нельзя было просто убить. Она должна была испытать мучения — и здесь «изобретательность» не знала предела. В отличие от гитлеровцев, японцы часто отрубали жертвам головы мечом. Находились офицеры, которые устраивали из казней соревнование, а пресса не стеснялась об этом писать, выставляя палачей в виде национальных героев.
Все командиры японских подводных лодок получили приказ уничтожать не только корабли союзников, но и уцелевших членов экипажей или пассажиров. Специально торпедировались плавучие госпитали и суда со знаками Красного Креста. Сохранились редкие свидетельства чудом выживших очевидцев. Так, в одном случае японский командир заставил спасавшихся на ботах людей подняться на палубу подводной лодки. Затем всем европейцам, под смех команды и жужжание камеры, по очереди отрубили головы, а оставшихся «азиатов» связали одной веревкой, чтобы после погружения лодки они утонули. Два человека выжили и рассказали об этом преступлении на суде.
Отдельная и весьма болезненная тема — организация публичных домов, массовые изнасилования, убийства женщин и детей. Как и немцы, японцы при каждой дивизии или крупной части создавали бордели. В подавляющем большинстве случаев женщин туда загоняли силой или голодом. Любое сопротивление безжалостно каралось. Встречаются утверждения, что солдаты на войне находятся под постоянным стрессом и вынуждены длительно воздерживаться от половой жизни. Поэтому будто бы сексуальные преступления это неизбежный побочный продукт любой войны. Действительно, все военные конфликты в истории человечества сопровождаются насилиями над женщинами, и вполне вероятно, что полностью предотвратить подобное невозможно. Однако в случае с гитлеровцами и японцами мы имеем дело с целеустремленной государственной политикой, когда массовые издевательства над женщинами и детьми не пресекаются, а поощряются. Например, на самых разных театрах военных действий фиксировались многочисленные факты, когда японские военные вскрывали животы беременным женщинам, вырезали плод, нанизывали его на штык и на этом «фоне» даже фотографировались. Такие зверства нельзя объяснить длительным воздержанием императорской армии. Их причины надо искать в японских школах и коридорах власти в Токио.
Почему, решившись на массовое истребление других народов, ни немцы, ни японцы не применили химическое или бактериологическое оружие против союзников? Этот вопрос неоднократно обсуждался в Берлине и Токио. У фюрера был крайне неприятный личный опыт. Он попал под газовую атаку в конце Первой мировой войны и на непродолжительное время даже лишился зрения. Он не мог не понимать, что на любое применение такого оружия последуют ответные меры союзников. Тем более что после нападения на Советский Союз сделали соответствующие предупреждения англичане и американцы. В частных беседах А. Гитлер не раз жаловался на нехватку химического оружия, разработка которого продолжалась в германских лабораториях. Именно во время войны немцы начали производить нервно-паралитический газ табун, затем зарин и более сильнодействующий зоман. Но применять их не стали.
Японские острова также крайне уязвимы в случае применения бактериологического или химического оружия. Поэтому военные сразу же после атаки на Перл-Харбор отказались от использования химоружия в качестве наступательного, опасаясь ответных действий американцев. В литературе встречаются утверждения, что японцы несколько раз все же применяли в Китае такое оружие, но убедительных свидетельств нет.
Печальную известность получил специальный отряд 731, служащие которого занимались биологическими экспериментами на живых людях подобно нацистским врачам в германских концлагерях. Лишь небольшая группа сотрудников отряда понесла наказание в Советском Союзе (Хабаровский процесс). Американцы сочли накопленный опыт японских экспериментаторов крайне полезным и никого из них не преследовали. Трудно поверить, но часть служащих отряда стали респектабельными врачами в Японии и США.