По понятным причинам наибольшее внимание исследователей привлекает нацистская оккупационная политика. Именно в ней проявились невиданные ранее масштабы, цинизм и жестокость. Представления о немецкой военной машине и администрации как образце организованности и порядка в настоящее время сменились более сложной и весьма противоречивой картиной. Не случайно Й. Геббельс записал в своем дневнике: «Если кто-нибудь спросит, как мы себе представляем новую Европу, мы вынуждены будем сказать, что не знаем». Действительно, окончательные формы управления захваченными территориями нацисты оставляли на время после победы. Германской прессе даже запретили рассуждать о будущей форме «сосуществования» народов. Сам А. Гитлер считал ошибкой сначала подчинить себе ту или иную страну, а потом даровать ей свободу. Он часто ограничивался общими замечаниями, но уклонялся от конкретных указаний. После присоединения Австрии в 1938 г. Германия получила новое официальное название — Великогерманская империя или Великогермания. В чем-то она совпадала с концепцией «большого жизненного или экономического пространства», на котором предполагалось расселение немцев. Однако ясных границ или пределов этого расселения, а также того, как на этих территориях будут жить другие народы, не давалось. Поэтому по ходу завоевания было много импровизации, хаоса и взаимоисключающих приказов и декретов. Не менялись только основополагающие принципы: все оккупированные территории должны были оплачивать «свою» оккупацию и содержать немецкие войска; они должны были помогать борьбе с западными союзниками и СССР, а также максимально удовлетворять экономические и военные потребности Третьего рейха.
При всех нюансах и специфике оккупационных режимов нацисты в годы войны осуществляли два типа управления — военное и гражданское. В первом случае персонал носил форму сухопутных войск и подчинялся непосредственно высшему армейскому командованию. А во втором случае — чиновников, как правило, назначал сам фюрер. Ему они и подчинялись. Единственным исключением была Дания. Эта страна не оказала никакого сопротивления и полностью подчинилась диктату агрессора. Поэтому немцев устроил контроль на правительственном уровне — через специального посланника, действовавшего в ранге полномочного представителя рейха. Ему придавался дополнительный персонал, который ведал вопросами эксплуатации «осмотрительного народа германского происхождения».
Военная администрация сохранялась на территориях, остававшихся районами боевых действий, о будущей судьбе которых у А. Гитлера еще не было четкого представления или которые имели стратегическое значение (Салоники, Крит, острова Эгейского моря и пр.). Теоретически предполагалось, что со временем все военные администрации станут гражданскими, однако в ряде случае этому противились армейские начальники. Например, Бельгия до конца войны управлялась немецкими военными чиновниками, а соседние Нидерланды — гражданскими. На захваченных территориях Советского Союза немцы организовали два рейхскомиссариата — «Украина» и «Остланд», включавший в себя территории Литвы, Латвии, Эстонии и Белоруссии. Оба подчинялись рейхсминистру (А. Розенберг) по оккупированным восточным территориям. Однако глава «Украины» Э. Кох часто пренебрегал А. Розенбергом и обращался напрямую к фюреру. Остальные территории оккупированного СССР находились под управлением сухопутных войск.
Многообразие форм управления и параллельное сосуществование различных имперских контролирующих инстанций приводило к бесконечным столкновениям между ведомствами. Недостатка в экспертах, «знающих», что нужно делать в оккупированных регионах, в Берлине не было. В коридорах власти постоянно шла словесная «война меморандумов» и все недовольные обращались к фюреру как к последней инстанции. Подобные распри А. Гитлеру даже нравились, но каждый раз, когда надо было делать выбор, он склонялся к полицейским методам, полагая, что любые уступки в вопросах смягчения режима, — это проявление слабости. Поэтому не случайно, чем дольше сохранялся оккупационный режим, тем больше властных полномочий получали службы полиции и СС. Этот процесс резко ускорился после покушения на Р. Гейдриха.