На большинство перечисленных здесь и некоторые другие возражения Хантингтон ответил в отдельной статье (см. С. Хантингтон. Если не цивилизация, то что? Парадигмы мира после холодной войны. 1993). В ней автор модели утверждает, что теперь страны уже более не принадлежат свободному миру, коммунистическому блоку или третьему миру; с другой стороны, размежевание государств на богатые и бедные или на демократические и авторитарные может только отчасти помочь в понимании происходящих в мире политических процессов; в свою очередь, “довод о том, что сейчас появляется универсальная культура или цивилизация (модель единого мира), принимает разнообразные формы, но ни одна из них не выдерживает даже беглого анализа”. В основном, как это следует из самого названия статьи, Хантингтон требовал либо предъявить ему другую, более адекватно объясняющую, происходящие в мире политические события альтернативную модель, либо принять предложенную им.
В подтверждение своего требования Хантингтон приводит ряд положений из классического труда по философии науки “Структура научных революций” Томаса Куна. Согласно последнему развитие какой-либо науки заключается в том, что прежняя парадигма, вытесняется лучшей, более современной; причем парадигма не обязана объяснять все факты и явления: ее качество, при прочих равных, определяется минимизацией числа последних. Таким образом, Хантингтон допускает, что его модель будет сталкиваться с явлениями, которые она не способна описать (так называемыми, аномалиями) однако раз не существует ничего лучшего, то ее необходимо принять. Например, парадигма «холодной войны» была не способна предсказать конфликт между коммунистическими Советским Союзом и Китаем.