Огромные потери в ходе массовых репрессий понесла советская военная разведка. С 1937 по 1940 год были арестованы и расстреляны три начальника Главного разведывательного управления Красной Армии — Я. К. Берзин, С. П. Урицкий и И. И. Проскуров, почти все заместители начальника управления, большинство начальников отделов. Если в первой половине 1937 года спецсообщения внешней разведки, направляемые Сталину, Молотову и Ворошилову, подписывались руководителями ГРУ, то уже в конце этого года даже донесения Сталину шли за подписью рядовых сотрудников аппарата разведки — все работники более высокого ранга были арестованы.
В 1937—1938 годах были отозваны в Москву и репрессированы большинство советских разведчиков, в результате чего в 1938 году на протяжении 127 дней подряд в «инстанции» не поступило ни одного разведывательного сообщения [101].
В январе 1939 года после разгрома берлинской резидентуры там остались двое из 16 работников. Они работали без резидента до сентября, когда резидентом был назначен молодой бериевский приспешник А. Кобулов, не имевший никакого опыта разведывательной работы [102].
Аналогичное положение сложилось и в парижской резидентуре, откуда, как указывалось в справке, представленной в ноябре 1939 года руководству военной разведки, «был выброшен домой весь кадровый состав наших работников как „легальных“, так и нелегальных аппаратов» [103].
Описывая погром, учинённый сталинской агентурой в советском посольстве в Болгарии, Ф. Раскольников указывал, что этот погром был инспирирован так называемой «внутренней линией» РОВСа (Российский общевойсковой союз), т. е. спецслужбой военизированной белоэмигрантской организации. Эта организация в лице капитана Фосса, «подсовывая агентам Ежова фальшивые документы, компрометировавшие честных работников миссии… добилась разгрома нашего полномочного представительства в Болгарии — от шофера М. И. Казакова до военного атташе В. Т. Сухорукова» [104].
Особенно тяжкие последствия имела расправа с Сухоруковым, создавшим тайную антифашистскую организацию, в которую входили представители военного командования почти всех балканских государств. Эта организация ставила своей задачей противодействие германской экспансии на Балканах. По прямому заданию германских спецслужб, сотрудничавших с РОВСом, Фосс подбросил советским органам фальшивку о связях Сухорукова с немецкой разведкой. Это сообщение легло на благодатную почву, поскольку ещё в октябре 1936 года начальник Особого отдела НКВД М. И. Гай доносил Ворошилову: «В 1924 году, после выпуска академией слушателей восточного факультета, на котором учился Сухоруков, последний был вызван к Троцкому и имел с ним беседу. Сухоруков в честь Троцкого назвал сына Львом» [105].
Сухоруков был отозван в Советский Союз и репрессирован. Его не освободили из лагеря даже после начала Отечественной войны, когда люди из его организации вступили в активную борьбу с фашизмом. Сухоруков вышел на свободу лишь в 1956 году.
В здании советской военной разведки находится кабинет чекистской славы, в котором установлена мемориальная доска с именами наиболее выдающихся советских разведчиков. Почти всю верхнюю половину списка составляют имена людей, репрессированных в предвоенные годы.
В 1937 году было репрессировано много зарубежных коммунистов, по идейным соображениям руководивших разведывательной работой в своих странах. Так, жертвой великой чистки стал немецкий коммунист Г. Кипенбергер, бывший депутат рейхстага, создавший вместе с В. Кривицким агентурную сеть советской военной разведки в Западной Европе.
Руководители разведки неоднократно пытались обратить внимание Сталина на тяжёлые последствия, которые несёт разгром советской резидентуры за рубежом. В 1938 году начальник I отдела ГРУ докладывал, что «Красная Армия оказалась фактически без разведки. Накануне крупнейших событий мы не имеем „ни глаз, ни ушей“». Незадолго до своего ареста Проскуров сообщал, что «репрессировано более половины личного состава разведки» [106].
Аналогичное положение сложилось и с резидентурой, курируемой Иностранным отделом НКВД (с 1940 года — НКГБ). В отчёте о работе I Управления НКГБ за период с 1939 по апрель 1941 года говорилось: «К началу 1939 года в результате разоблачения вражеского руководства в то время Иностранного отдела почти все резиденты за кордоном были отозваны и отстранены от работы. Большинство из них затем было арестовано, а остальная часть подлежала проверке. Ни о какой разведывательной работе за кордоном при этом положении не могло быть и речи. Задача состояла в том, чтобы, наряду с созданием аппарата самого Отдела, создать и аппарат резидентур за кордоном» [107].