После 22 июня 1941 года Лисовский «за какие-то считанные дни почернел… Несмотря на всю свою сдержанность и выдержку, он предсказывал колоссальные военные неудачи нашей армии! Когда, через месяц полной изоляции, у нас снова появились радио и газеты, мы могли судить, что все предсказания Лисовского оправдываются со страшной последовательностью. Он довольно точно предсказал направления главных немецких ударов. Весной 1942 года, с почти абсолютной точностью, начертил мне направление будущего удара немецких армий на юг и юго-восток… Было что-то чудовищное в том, что высокопрофессиональный работник, всю жизнь готовившийся к этой войне, сидит на зачуханном лагпункте и нормирует туфту в нарядах. А ведь в Генштабе сидел его бывший ученик и подчинённый Василевский! И Лисовский, кроме своих многочисленных заявлений с просьбой о посылке на фронт в любом качестве, писал одно за другим письма Василевскому и Шапошникову, перепуливал их мимо цензуры, через вольняшек… Не может быть, чтобы ни одно из его писем не дошло до адресата! Но Лисовский продолжал отбывать свой срок. Он его отбыл полностью, от звонка до звонка» [121].
Новое военное руководство, пришедшее на смену жертвам репрессий, было на несколько голов ниже своих предшественников. Поскольку в 1937—1939 годах погибли трое маршалов, в мае 1940 года были произведены в маршалы Тимошенко, Шапошников и Кулик. Из них отвечали этому званию только Шапошников и в меньшей мере Тимошенко, с 1942 года отодвинутый на второстепенные должности в военном руководстве. Кулик, проявивший в годы войны крайнюю военную бездарность и к тому же отличавшийся болтливостью и фрондёрством, в 1942 году был выведен из состава ЦК, в 1945 году исключён из партии, в 1947 году арестован и в 1950 году расстрелян [122].
Из-за своей амбициозности, взаимной неприязни и вражды новое военное руководство не могло наладить согласованную деятельность. «Когда трудились Гамарник, Тухачевский и другие, которые по-настоящему ведали политической работой, экономикой, боевой техникой армии, дело двигалось и без Ворошилова,— отмечал в своих мемуарах Хрущёв.— Когда же они были уничтожены и пришли на их место такие лица, как Мехлис, Щаденко и Кулик, недостойные своих постов, Наркомат обороны превратился, честное слово, в дом сумасшедших не то в собачник какой-то, если иметь в виду его руководителей. Однажды… меня буквально затащил за рукав Тимошенко на заседание Главного военного совета РККА… Он, видимо, хотел, чтобы я как член Военного Совета КОВО [Киевского Особого военного округа] посмотрел на этот собачник, как они друг другу впивались в горло, рвали друг друга по пустякам, но не занимались настоящим делом… Но, может быть, Сталина именно устраивала их междоусобная грызня?» [123]
Чувствуя слабую управляемость войсками, руководство Наркомата обороны практиковало частую переброску командных кадров. Даже после окончания массовых репрессий 1937—1938 годов и вплоть до июня 1941 года в некоторых военных округах было сменено до пяти-семи командующих [124].
После великой чистки резко упал моральный уровень командного состава. Как указывалось в докладной записке начальника Политуправления РККА Мехлиса, направленной секретарю ЦК Жданову, в 1938 году армейскими парторганизациями и партийными комиссиями было привлечено к партийной ответственности 19 794 человека, в 1939 году — 10 814 человек. При этом резко изменилась структура преступлений и проступков, за которые налагались партийные наказания. Если в 1938 году к партийной ответственности люди привлекались в основном по политическим обвинениям, то в 1939 году на первый план выдвинулись служебные преступления (привлечено к ответственности 4261 человек) и морально-бытовое разложение (привлечено 3138 человек). Большинство привлечённых к ответственности по этим статьям составляли представители начсостава [125].