М.-Ф. Ахундов высоко ценил материалистическую традицию в философии. Он весьма положительно относился к философии Гераклита, Аристотеля, а также к представителям науки и философии Западной Европы Нового времени — Бэкону, Гольбаху и др. В то же время азербайджанский мыслитель вполне определенно выразил свое отношение к идеалистическим системам. Философию Платона, например, он называл религиозно-мистической (см. 24, № 731). В своих произведениях он часто ссылается на Ксенофана, Петрарку, Галилея, Ньютона, Спинозу, Вольтера, Монтескьё и других европейских ученых, философов и политических деятелей. В личной библиотеке мыслителя сохранились произведения по самым различным отраслям тогдашней западноевропейской науки: по истории, политэкономии, философии, литературе, астрономии, физиологии, географии, истории войн и колониального владычества и т. п. В его библиотеке были работы известных ученых: Ч. Дарвина, Т. Г. Гекели, М. Фарадея, М. Шлейдена, В. Циммермана и др. Среди его книг имелись произведения таких европейских авторов, как Барту («Индия под английским владычеством»), Г. Бокль («История цивилизации в Англии»), Минье («История французской революции»), Гизо («История цивилизации во Франции»), Дрэпер («История умственного развития Европы»), Д. Лебек («Начало цивилизации и первобытное состояние человека»), Дж. С. Милль («Основание политической экономии», «Утилитаризм», «Размышление о представительном правлении»), К. Ф. Нейман («История Американских Соединенных Штатов»), А. Тьер («История консульства и империи во Франции»), Д. Г. Льюис («История философии от начала ее в Греции до настоящих времен», в двух томах), и др. В библиотеке Ахундова имелось много книг по истории религии. Так, среди них мы находим книгу ректора Харьковской богословской семинарии архимандрита Израиля «Обозрение ложных религий», Э. Ренана «Жизнь Иисуса» и др. На полях этих книг содержится много пометок и замечаний Ахундова, имеющих важное значение для выяснения его философских и социально-политических взглядов.
Известное влияние на Ахундова оказала философская система Спинозы, в частности его учение о природе как причине самой себя (causa sui). Ахундов солидаризировался также с философскими взглядами Гольбаха. Об этом свидетельствует запись, сделанная рукой Ахундова на последних страницах книги Д. Г. Льюиса «История философии…». Здесь Ахундов приводит следующее высказывание из «Системы природы» Гольбаха, называя его «правильным суждением»:
«Вот правильное суждение немецкого[4] ученого барона фон Гольбаха: различие духа и тела не что иное, как различие тела и мозга, со смертью человека уничтожается и душа; отрицать это значило бы то же, как и утверждать, что часы, разбитые на тысячу частей, все еще будут бить и показывать время. Отделяя материю от присущей ей силы, полагая эту двигательную силу под именем божества вне мира и составляя с ней человекоподобное понятие, человек делает с природою то же самое раздвоение, какое он сделал с самим собою. Подобные предположения вымышляются человеческим себялюбием и беспомощностью с целью отклонить от себя закон всеобщей необходимости. Правильное познание природы уничтожает эту доктрину, созданную суеверием на ее развалинах. Бог есть только сумма сил, действующих в природе, которые большею частию недоступны для человека; если под атеистом разуметь того, кто отрицает этого бога-силу, то вряд ли найдется хоть один такой атеист, если же атеистом назвать того, кто отрицает бога, как отдельное от мира духовное существо, то тогда атеистов будет много. Система фон Гольбаха заключается следующими словами: „Ты, о природа, могущественная владычица всего, и вы разумность, доблесть и истина, ея достойные обожания дщери, будьте всегда единственными божествами, почитаемыми нами“» (24, № 731, см. также 13, 463).
Приведенная запись имеет большое значение для определения теоретических истоков мировоззрения Ахундова. Раньше считалось, что Ахундов был знаком лишь с произведениями Вольтера и Монтескьё. Что же касается его знакомства с сочинениями Гольбаха, то на этот счет не было каких-либо прямых свидетельств. Теперь можно считать безусловно установленным, что Ахундов знал произведения французских материалистов XVIII в. (в частности, «Систему природы» Гольбаха) и в своем творчестве опирался не только на передовую общественно-политическую и философскую мысль русского народа, но и изучал и критически использовал также учения прогрессивных мыслителей Западной Европы. Высказывания о материи, пространстве и времени, его критика религии, фанатизма и суеверий перекликаются со взглядами французских материалистов, и прежде всего Гольбаха.