Как соотносятся друг с другом материя и сознание, душа и тело? С точки зрения Ахундова, духовные явления — функция тела и зависят от последнего. Сознание, дух не может существовать самостоятельно, независимо от материи. «Душа, — пишет он, — чем бы она ни была, не может продержаться без тела, т. е. без организма, точно так же, как разум не может продержаться без мозга» (там же, 130). Но автор далек от мысли приписывать всей материи сознание. Материя порождает сознание, но она неодушевленна. Сознание присуще не всем телам, а только тем, которые имеют определенный состав частей. «Душа — одна из функций тела и существует вместе с телом, подобно тому, как телеграфическая сила проявляется от соединения некоторых химических составов и исчезает при их разъединении… Душа появляется при формировании организма и исчезает с его расстройством» (там же, 274).
Как видим, здесь Ахундов делает попытку по-своему сформулировать известное материалистическое положение о том, что сознание есть продукт определенным образом организованной материи — мозга. У Ахундова мы еще не встречаем такого ясного понимания этой проблемы. Но в некоторых своих высказываниях, как, например, в письме к Мирзе Мелкум-хану от 14 октября 1871 г., он прямо говорит, что источником мысли является мозг человека: «Разве вы не знаете, что кусочек человеческого мозга — это источник различных мыслей?» (5, 314). Ахундов понимал, что сознание возникает в процессе развития самой природы. Но он не знал, как оно возникает, не понимал ни сущности сознания, ни его качественного своеобразия. Но он был уверен, что мысль не существует без мозга, ибо материя — основа всех психических процессов. И Ахундов не сомневался, что наука с течением времени раскроет эту тайну, и тогда мы узнаем не только сущность и природу души, но и законы ее возникновения и развития.
Ахундов выступил также и против учения о бессмертии души: «…мнение наших улемов, будто души после разрушения человеческого организма еще продолжают существовать в особых хранилищах или обиталищах, не может выдержать критики, потому, что душа, чем бы она ни была, не может продержаться без тела» (4, 130). Нельзя говорить ни о каком бессмертии души, ни о какой жизни после смерти. Душа — одна из функций человеческого организма — возникает при его формировании, существует вместе с ним и исчезает с его расстройством.
Определенно материалистически высказался Ахундов о пространстве и времени. Время и пространство — не продукт человеческого разума или свойство его организма, а неотъемлемые свойства материи, «необходимые принадлежности самой материи». «Как время, так и пространство суть атрибуты этого существа» (там же, 90), т. е. материи.
Значительный интерес представляют мысли Ахундова о структуре материи. Материя состоит из бесчисленного множества конечных вещей. Эти конечные, конкретные вещи, из которых состоит материя, Ахундов называет атомами. «Итак, всякая частица этого единого, могущественного, совершенного существа, хотя бы она состояла из небесных планет и из земной планеты или из какой-нибудь другой материи, в индивидуальности есть почти атом, а все атомы в совокупности есть единое существо, которое и есть всеобъемлющая Вселенная» (там же, 91). Как видим, термином «атом» у Ахундова обозначаются весьма различные понятия. Во-первых, это отдельные, относительно самостоятельные и в известном смысле неделимые частицы Вселенной: Солнце, Земля, планеты, вообще небесные тела. Во-вторых, относительно неделимыми единицами являются животные и растительные организмы. И наконец, вся материя в целом состоит из мельчайших частиц — атомов в собственном смысле слова. Ахундов выступил против утверждений мусульманских схоластов о существовании духовных, бестелесных «атомов», при помощи которых бог якобы управляет миром (ангелы, джины и т. п.). Разоблачая эти домыслы, Ахундов указывает, что если ангелы, джины и тому подобные существа — атомы, то они должны быть ощущаемы, осязаемы, как и все другие атомы. Однако, кроме пророка, до сих пор еще никто не видел ангелов. С другой стороны, если они не живые, не материальные, то каким же образом могут обладать сознанием и волей?