Главное достоинство учения об атомном строении материи, по мнению Ахундова, заключается в том, что своим острием оно направлено против мусульманского богословия, которое учило, что великий аллах прежде создал Вселенную из атомов, наделенных сознанием и волей. В противоположность этому Ахундов считал, что ни отдельные атомы, ни их совокупность не наделены ни волей, ни сознанием: «Не забудь, что Вселенная состоит из атомов, что атомы ни в индивидуальности, ни в совокупности в своем проявлении не имеют воли, только проявляются и существуют по своим естественным законам» (там же, 91). Нельзя также наделить волей, сознанием и природу в целом. Природа как единое бытие, единое материальное существо не имеет воли и в своем существовании не нуждается в воле другого существа. Волей и сознанием обладают только некоторые атомы — это люди. Такие атомы Ахундов называет «разумными». Но воля их ограниченна, они бессильны сделать что-либо, что противоречит законам природы: «…наперекор этим законам воля разумных атомов в деяниях также немыслима; в таком случае, какой атом может просить другой совершить какое-нибудь дело помимо существующего естественного закона Вселенной, и какой другой атом может исполнить эту противоестественную просьбу? Для большей ясности поясним это примером: какой атом может просить другой, чтобы последний приставил отрубленную голову одного индивидуума к его туловищу и воскресил его? Может ли этот другой атом исполнить подобную противоестественную просьбу? Какой атом может просить другой, чтобы последний даровал первому тысячелетнюю жизнь? Какой другой атом может исполнить эту противоестественную просьбу?» (там же).
Каково же взаимоотношение между бесконечной природой и ее конечными частями, т. е. атомами? Говоря об этом, Ахундов касается проблемы взаимоотношения единичного и общего. Природа как целое существо, как материя проявляется в единичных вещах и предметах. А единичные вещи, как части, произошли от единого, т. е. от природы. «Мир существует, — пишет Ахундов, — в зависимости от единого целого существа. Это целое существо есть источник, и все творения истекают из него и все творения относятся к нему, как относятся частицы к целому, подобно волнам к морю, пузырькам к воде, почерку к чернилам и проч.; все частицы произошли от единого целого. Существо целое есть корень, существо частицы есть ветвь, оторвавшаяся на время от корня, и опять должна возвратиться к корню» (там же, 94). Нельзя противопоставлять, говорит Ахундов, часть целому, единичное — общему, ибо они составляют единство. «Какую разницу имеет целое от частицы, кроме того, что первая есть только целое, а вторая есть частица, подобно голове и руке?» (там же, 96). Таким образом, природа есть единство общего и единичного, конечного и бесконечного. Нет материи вообще, она проявляется во множестве, в бесчисленном разнообразии предметов и явлений природы.
Однако Ахундов не сумел последовательно обосновать идею единства природы. Его доводы и рассуждения по данному вопросу носили чисто логический характер. Единство мира нельзя доказать только логически, оно доказывается, говорил Ф. Энгельс, путем длительного исторического развития философии и естествознания. Заслуга Ахундова состоит в том, что он впервые в Азербайджане поставил этот вопрос и пытался по-своему обосновать его. Проблема единства мира получила подлинное обоснование в диалектическом материализме.
3. Природа развивается по своим законам
В противовес мусульманским богословам и мистикам, утверждавшим, что единственным источником законов, действующих в природе и обществе, является воля божья, Ахундов доказывал, что объективный мир существует и развивается по своим собственным, присущим ему внутренним законам.
Представители мусульманского богословия, по мнению Ахундова, по существу стоят на позициях отрицания объективных закономерностей природы. Мусульманский пророк Мухаммед, как утверждают они, обладает сверхъестественными качествами, которые позволяют ему изменять по своему усмотрению естественный ход событий или совершать противоестественные поступки. Оказывается, например, что Мухаммед может при помощи одного только слова воскресить мертвого, приостановить течение могучей реки, осушить океан, вызвать дождь, жару, холод и т. д. и т. п. Выходит, что события в мире совершаются не по определенным естественным законам, а по воле пророков, по прихоти отдельных людей, которые в состоянии изменить или уничтожить эти законы. Получается, что в природе нет строгой закономерности, в ней господствуют хаос и случайность.