В борьбе против религиозного учения о божественном провидении Ахундов отстаивает материалистические принципы. Мыслитель исходит из того, что во Вселенной господствует естественная закономерность. Все явления и процессы совершаются в ней по своим законам, без вмешательства какой бы то ни было сверхъестественной силы. Ни одно существо не может совершить какое-нибудь дело, противоречащее естественному закону Вселенной. Разве может кто-либо «даровать другому тысячелетнюю жизнь, уничтожить солнце или рассечь луну пополам?» (4, 91). Никто не может, ибо это противоестественно. Законы природы носят неотвратимый характер. Но если даже иногда эти законы отклоняются от своего естественного хода, то и это происходит не по воле божества или каких-либо других сверхъестественных сил, а в силу естественных причин. Бывают случаи, когда младенец в чреве матери образуется с закрытыми веками или двумя головами. «Это значит, что какая-нибудь внешняя причина уклонила образование его от пути естественного закона природы; в таком случае ни младенец, ни воображаемый творец не имеют воли устранить эту причину и это уклонение» (4, 95–96).
Проблеме причинности Ахундов намеревался, видимо, посвятить специальную работу. Из его «Ответа философу Юму» видно, что здесь Мирза-Фатали наряду с критикой субъективизма Юма предполагал подробно изложить свои материалистические взгляды на причинность. К сожалению, эта работа осталась незаконченной. Ахундов отрицательно относился к субъективно-идеалистической концепции причинности Юма. Известный интерес в этом отношении представляет замечание, сделанное им при чтении книги Д. Льюиса «История философии». Автор этой книги в специальном разделе подробно излагает учение английского философа о причинности. Сформулировав основные положения теории Юма, автор приводит в конце раздела также мнения противников этой концепции, подчеркнув, что многие философы не согласны с ней. В этом месте Ахундов подчеркивает слова Льюиса и сбоку пишет: «Хорошо, прекрасно» (24, № 731). Как известно, проблема причинности занимает центральное место в мировоззрении Юма. Причинность для него не существует в самой природе, в объективном мире. Источником представления о причинности является сам субъект, особый склад его психики, благодаря которому человек закрепляет в памяти очередность событий и выдает эту очередность за причинную связь. То, что обычно называют причиной, на самом деле есть привычка субъекта. Все законы, которыми оперирует человек в науках, — результат привычки. Для Ахундова же причинная связь есть объективность, существующая независимо от человека и его сознания. В природе и обществе все причинно обусловлено. Но, обосновывая объективный характер причинной связи, М.-Ф. Ахундов ограничивался рассмотрением механической формы движения материи. Признание причинности этой формы движения единственным видом закономерной связи явлений в мире приводит к метафизическому, упрощенному пониманию причинности. Ахундов осознавал это. Не случайно он вслед за Спинозой выдвинул понятие causa sui, подчеркивая тем самым необходимость отыскания причины существования вещей в них самих. Мысль о том, что природа содержит в себе причину своего существования и не нуждается в посторонней сверхъестественной силе, является весьма прогрессивной, но она была недостаточна для преодоления метафизического представления о причинности, сводящего причинно-следственную связь к простому воздействию одного тела на другое. Поэтому Ахундов не отличает закономерность от причинности, закон и причина для него одинаковые понятия. Он считал, что в природе нет места случайности и свободе воли, что все в ней детерминировано и необходимо.
Мусульманская схоластика, как известно, не отрицала наличия причинности в мире, но обусловливала ее божественной волей. Она утверждала, что в природе нет никакой другой закономерности и причинности, кроме той, которая устанавливается всевышним. Божественная воля — вот главный и единственный источник причинности и закономерности. Все делается по воле бога. Над миром господствует полнейший божественный произвол. Что касается общественной жизни, жизни отдельных людей, то и здесь, как учит мусульманская теософия, все предопределено богом. Согласно теории предопределения, бог не только создал мир из ничего, но и управляет повседневно делами на земле. Все в мире совершается по предначертаниям бога, ничего не делается без его ведома, помимо его воли. Люди не могут уйти от своей судьбы, не могут избежать той участи, которая предопределена, — это фатальная неизбежность, неотвратимый закон, рок, осуществлению которого ничто и никто не может помешать. Поэтому люди обязаны смириться со своим положением в этом мире, не должны пытаться изменить его, так как эти попытки все равно окажутся бесплодными. Реакционная теория божественного предопределения, являвшаяся важнейшей составной частью идеологии феодального общества на Востоке, обрекала народные массы на пассивность, отвлекала их от активной борьбы против существующих общественных порядков.