Ахундов не был согласен с утверждением позитивиста Д. Г. Льюиса о том, что философия не способна познать мир. Отчеркивая абзац в книге Д. Г. Льюиса «История философии», где говорится о том, что философия представляет собой нечто вроде безвыходного лабиринта и что две тысячи лет она стоит перед одними и теми же задачами, решить которые не может, Ахундов сбоку пишет: «Странно» (24, № 731). Далее Льюис старается доказать, что философия до сих пор топталась на месте и была бесплодной потому, что она поставила перед собой неразрешимые задачи (ведь сущность вещей непознаваема), и вовсе не потому, что ее задачи сложнее и требуют больших усилий, чем задачи науки: «Философия никогда не достигнет своих целей потому, что цели ее лежат за пределами человеческих сил; — она имеет дело не с трудностью, а с невозможностью, ее вопросы недоступны положительному знанию, невозможен для нее никакой прогресс. Явления, их сходство, отношение друг к другу, их последовательность, — вот все то, что только доступно нашему знанию; стремиться достигнуть большего знания — значит стремиться перешагнуть невидимые грани человеческих способностей, — чтобы знать более, надо быть более, чем людьми» (20, 4). Подчеркнув карандашом весь этот отрывок, Ахундов делает на полях книги ироническое замечание: «Так, так — до чего же можно договориться» (24, № 731).
Творчество Ахундова проникнуто верой в силу человеческого разума, в силу науки. Но будучи материалистом-метафизиком, Ахундов не смог понять диалектического характера перехода от ощущения к мысли и того, что критерий истины заключается не в чувственной достоверности, а в общественно-практической деятельности человека. Однако Ахундов впоследствии, видимо, начал понимать слабость своей позиции относительно роли ощущений в процессе познания. В конце 60-х годов он уже склонялся к мысли, что не все можно познать при помощи ощущений, есть вещи, которые мы не в состоянии охватить и понять посредством органов чувств. Характерно в этом отношении замечание Ахундова на полях книги В. А. Ф. Циммермана «Мир до создания человека».
Немецкий ученый-геолог Циммерман, говоря о несовершенстве чувственных ощущений, писал, что некоторые явления, которые происходят вокруг нас, мы не замечаем, потому что не имеем для этого органов или же обладаем слишком грубой чувствительностью. Чувство зрения примечает движение лошади и улитки, но для него неприметно движение молнии, потому что оно очень быстро. Оно не примечает такое движение, которое происходит при возрастании растения, потому что это движение совершается слишком медленно. Мы также не ощущаем вращение Земли вокруг оси и ее движение по орбите. Но эти явления действительно существуют. Ахундов соглашается с мнением Циммермана о недостаточности одних только чувственных восприятий для познания и считает необходимым ознакомить с этим положением своих единомышленников. Он подчеркивает весь этот абзац и пишет на полях: «Это место надо показать Шейх-уль-Исламу» (24, № 689).
Ахундов обращает внимание также на те места в книге, где автор говорит о великой силе человеческого разума, который с каждым годом открывает все новые и новые законы, постоянно углубляясь в тайны природы. Великие законы тяжести и всемирного тяготения должны были десятилетиями ждать Ньютона и Галилея, между тем они существовали и до того времени, и всякий чувствовал их действие, ученые от начала мира старались разгадать их тайну. Поэтому «мы не должны, — говорит Циммерман, — удивляться тому, что не все еще законы природы известны нам, что некогда мы откроем новые, которые разоблачат глубочайшие заблуждения во многих принятых ныне системах». Стремясь конкретизировать это положение, Циммерман указывает, что в настоящее время наука, например, не в состоянии дать точный ответ на вопрос о том, откуда и как произошли живые существа в мире. «Было бы проще, как это часто делают, сказать, что они созданы богом, но такой ответ был бы неудовлетворительным». Подчеркнув это место, М.-Ф. Ахундов делает характерное замечание: «Весь вопрос именно в этом и состоит. Смотри сюда» (там же, № 689).
Таким образом, Ахундов подчеркивает, что человечество способно познать и познает объективный мир при помощи органов чувств и разума. Познание беспредельно, так же как беспредельна сама природа. Но в силу ограниченности своего мировоззрения Ахундов, естественно, не мог со всей глубиной показать, как абсолютная истина раскрывается в ряде относительных истин, как человеческое знание о природе все более углубляется и обогащается в зависимости от условий развития общества.