Каким же путем предлагал он осуществить идеал государственного устройства? До 60-х годов, критикуя общественные и государственные порядки деспотического Востока, Ахундов утверждал, что единственным спасением от деспотизма государства и фанатизма духовенства являются наука и просвещение. Обращаясь к народу, он говорил: «…ты числом и средством в сто раз превосходишь деспота и тиранов, тебе недостает только единодушия и единомыслия. Если бы этот недостаток устранился у тебя, то ты легко подумал бы о себе и освободил бы себя не только от оков деспота, но и от уз нелепых религиозных убеждений. Но устранение этого недостатка не иначе возможно тебе, как при помощи наук…» (там же, 60).
Однако под влиянием передовой русской мысли и нового подъема революционного движения в 60-х годах Ахундов начал понимать, что нельзя перестроить общественную жизнь без насилия, мирным путем. Результаты проведенной царизмом аграрной реформы в Азербайджане (1870) убили его веру в благоразумие монарха, рассеяли его иллюзии о способности монархической власти служить интересам народа и показали беспомощность мирных путей преобразования общества. Убедившись, что царская власть не может дать народу тех благ, о которых он мечтал, Ахундов приходит к выводу, что сам народ должен добиться своего освобождения. Никакие проповеди, никакие советы не могут быть надежными средствами избавления народа от деспотизма, от него можно избавиться только силой.
В письме к Мирзе Юсиф-хану в 1871 году он писал: «Для устранения угнетения существует два средства: или угнетатель должен прекратить угнетение, или же угнетенные, не вытерпев угнетения, сами должны уничтожить его. Разум подсказывает, что других путей устранения угнетения не существует… Десятки тысяч лет как мыслители, ученые, поэты, желая устранить угнетение, полагали, что достаточно для этого ограничиться назиданиями и советами угнетателю. Но многократный опыт показал, что подобные попытки бесполезны, и этим путем нельзя уничтожить угнетения на земле… Значит, для устранения угнетения не следует читать нравоучения угнетателю, а, наоборот, надо сказать угнетаемому, что почему же ты, во много раз превосходя в силе и способности угнетателя, так терпеливо выносишь? Проснись и опрокинь этого угнетателя» (24, № 13).
Наиболее ярко мысль о насильственном свержении власти деспотов и тиранов выражена Ахундовым в статье «Критика „Ек-Кельме“», написанной за три года до смерти, в 1875 году. Автор книги «Ек-Кельме» задался целью дать хорошие советы персидскому шаху об управлении государством по справедливости. Ахундов не соглашается с автором. «Разве кто-нибудь в Иране прислушивается к наставлениям? Раньше и в Европе предполагали наставлять угнетателя для предотвращения его тирании, но пришли к заключению, что нотация не оказывает никакого действия на характер угнетателя…» «Во всяком случае дело не уладится наставлением, проповедью и советами: необходимо всецело и в корне изменить самое суть вещей» (4, 204, 208). Это значит ликвидировать существующий общественный порядок путем революции. «Революция — так называется событие, когда народ, доведенный до отчаяния противозаконными действиями деспотического и жестокого правителя, объединяется, восстает и свергает угнетателя» (там же, 167).
Ахундов понимал, что единственной силой, способной уничтожить деспотизм и установить справедливую жизнь на земле, является народ. Поэтому он призывал народ, объединившись в союзы, свергнуть тирана, взять правление государством в свои руки, выработать конституцию в соответствии с требованиями эпохи. «Соблюдение справедливости и прекращение тирании возможно только при упомянутых мною выше условиях, т. е. сама нация должна быть проницательной и благоразумной, сама должна создавать условия союза и единодушия и затем уже, обратясь к угнетателю, сказать ему: „Удались из сферы государства и правительства“; после этого сам народ должен издавать законы соответственно положению и требованиям эпохи, выработать конституцию и следовать ей. Лишь тогда народ найдет новую жизнь, и Восток станет подобен раю» (там же, 209).