Летом 1532 года, уже через год, он стал доктором медицины, хотя обычно это занимало не менее двух лет. Экзамены на докторскую степень состояли из шести испытаний и занимали три полных дня. Одним из испытаний было обсуждение специально написанной работы, посвященной одному из злободневных вопросов медицины.
Доктором становился кандидат, за которого высказались не менее двух третей профессоров. Судя по ускоренному получению Нострадамусом степени, он был в университете на хорошем счету и прошел испытание без проблем. После этого ему вручили атрибуты доктора: черную бархатную шапочку с красной верхушкой, золотое кольцо и расшитый золотом пояс. Прочитав торжественную клятву Гиппократа, молодой врач отправился вместе с экзаменаторами отмечать событие в лучшую таверну Монпелье. После этого он поспешил покинуть город — найти работу там, где жили лучшие врачи Южной Франции, было нереально, и он отправился в Тулузу, где бывал уже не раз. Столица Лангедока, отстроенная из красного кирпича после недавнего пожара, встретила гостя дымом костров. Местные буржуа, преданные католической вере, сжигали еретиков, включая профессора права местного университета Жана Катюрса, знакомого Нострадамуса и Рабле. Последний писал в романе, что его Пантагрюэль заглянул в Тулузу, но «едва он увидел, что студенты живьем поджаривают своих профессоров, точно это копченые сельди, то не стал там долее задерживаться».
Мишель поступил так же, но успел издать в городе свое первое дошедшее до нас сочинение — «Парафраза Галенова увещевания Менодота в изучении изящных искусств, а также медицины». Эта небольшая книжка представляет собой перевод греческого сочинения, приписанного Галену и посвященного полезности изучения медицины. По-видимому, Нострадамус перевел ее не с греческого, которого толком не знал, а с латинского перевода Эразма Роттердамского, сделанного незадолго до этого. В книге интересно только то, что она написана в тяжеловесном, но вполне качественном ренессансном стиле, выдающем в авторе если не талантливого медика, то перспективного литератора. Скорее всего, она представляет собой докторскую диссертацию Нострадамуса, поскольку в предисловии он хвалит «ученейших» врачей из университета Монпелье. Он также воспользовался случаем, чтобы поблагодарить за советы своего брата Жана, который в то время уже занялся краеведческими изысканиями.
Там же, в Тулузе, молодой врач получил письмо от прославленного Жюля Сезара Скалигера — ученого-гуманиста, поэта и врача. Итальянец Джулио Бордоне в молодости перебрался во Францию, где взял фамилию Скалигер (по-французски — Лескаль) в честь своих дальних родственников, правителей Вероны. Прославившись как знаток и комментатор античных текстов, он поселился в Ажене недалеко от Тулузы и взял в жены юную дочь купца, родившую ему восемь детей. Один из сыновей, Жозеф Скалигер, тоже стал знаменитым ученым, основателем современной научной хронологии. Скалигер-старший особенно прославился своей полемикой со знаменитым Эразмом Роттердамским, резко раскритиковав его латинский перевод Нового Завета. Среди множества его увлечений была и астрология, однако Нострадамус еще ничем не проявил себя в этой области. Вероятно, итальянец был наслышан о его успехах в медицине, поэтому и пригласил в Ажен, обещая устроить там на работу. Как и все ренессансные ученые, он был заинтересован в молодых талантливых учениках, которые продвигали бы его идеи и прославляли бы его имя на новой родине.
Мишель охотно принял предложение мэтра, получив в Ажене медицинскую практику. Вскоре он женился на дочери одного из пациентов, — по словам Шавиньи, «достойной и очень красивой девушке». Ее имя точно неизвестно, хотя, по словам аббата Торне-Шавиньи, еще одного биографа Нострадамуса, ее звали Анриетта (или Андиетта) д’Энкосс. Теперь у него был уютный дом, где по выходным они с женой принимали Скалигера и его ученых друзей. Мишель особенно сдружился с профессором Филибером Саразеном, который принадлежал к числу лютеран. Учение Лютера лишь недавно стало известно во Франции, его еще не воспринимали как угрозу существующему порядку, и его сторонники могли жить спокойно, не скрывая своих взглядов. Сохранился анекдот, согласно которому Скали-гер и Нострадамус однажды собрались покинуть Ажен, и городские власти, не желая допустить этого, предложили им богатые подарки. Двое ученых отказались, заявив, что дары лучше раздать беднякам и инвалидам. Тогда восхищенные таким великодушием горожане пронесли их по улицам на руках.