Это сомнительно, учитывая, что Скалигер никогда не был великодушен — его отличали мелочность, зависть и вспыльчивый, нетерпимый характер. Через несколько лет после появления Нострадамуса в Ажене итальянец вдруг начал относиться к нему враждебно. Скорее всего, причиной была его растущая известность и популярность у горожан. Уже не раз Скалигер рвал из-за этого отношения со своими друзьями или коллегами, осыпая их оскорблениями и распуская порочащие их слухи. Франсуа Рабле говорил о нем: «Я хорошо знаю этого человека и все время жду, когда он оскорбит и меня». Но, возможно, у ссоры была другая причина — слишком уж внезапно она возникла, да и известность Нострадамуса была явно невелика. Быть может, ревнивому итальянцу показалось, что Мишель ухаживает за его молодой женой, которую тоже звали Андиетта. Как бы то ни было, с тех пор Скалигер до самой смерти в 1558 году сохранял враждебность к бывшему ученику. Когда тот стал знаменит на всю Европу, он язвил его злобными антисемитскими эпиграммами, балансирующими на грани откровенного доноса. Нострадамус не отвечал тем же — напротив, в 1552 году он называл бывшего учителя «человеком сведущим и ученым… одним словом, личностью, которую можно сравнить разве что с Плутархом или Марком Варроном».
От ссор и тревог он отдыхал дома, в обществе Анриетты, родившей ему двоих детей — мальчика и девочку. Горожане не отвернулись от своего доктора, число его клиентов росло, и почти ежедневно он, усевшись на мула, отправлялся с визитами к больным в Ажене и его окрестностях. В феврале 1538 года Скалигер снова доставил ему неприятности: из-за него Нострадамус попал под подозрение инквизиции. Услышав о появлении в городе лютеран, инквизиция Тулузы отправила в Ажен свое доверенное лицо — монаха-доминиканца Луи де Роше по прозвищу Рошето. Первым делом он собрал горожан в церкви и призвал их доносить на своих соседей и родственников, приверженных ереси. Как обычно, доносчиков нашлось немало, и первыми их жертвами стали ученые, чьи непонятные дела и интересы были подозрительны черни. Сначала попал под подозрение иноземец Скалигер, потом дознаватели занялись кругом его знакомых и единомышленников.
Среди прочих в местном архиве сохранился донос на Нострадамуса — его написали трое монахов, сообщившие, что в первые годы пребывания в Ажене доктор в их присутствии оскорблял образы Христа и святых. По их словам, однажды на рынке у стен монастыря августинцев один из монахов отливал из свинца фигурки Богоматери и тут же продавал их собравшимся. Увидев это, Нострадамус начал возмущаться и говорить, что монах поощряет идолопоклонство. В другой раз он будто бы заявил, что нужно выкинуть из храмов все иконы и статуи святых. Такая точка зрения была обычной для лютеран, и ее разделяла немалая часть французских интеллектуалов — во всяком случае, пока им за это ничего не грозило. Но со временем власть и церковь, осознав исходившую от протестантов опасность, стали относиться к ним гораздо суровее, и Нострадамусу грозила серьезная опасность. Еще хуже пришлось Филиберу Саразену, который открыто проповедовал лютеранские идеи. Инквизитор Рошето отдал приказ о его аресте, но профессор, предупрежденный друзьями, успел сбежать.
Нострадамус тоже получил вызов на допрос, но эту беду заслонила другая, куда более страшная — в одночасье он лишился жены и детей. Что с ними случилось, сказать трудно. Большинство авторов обвиняет чуму, хотя в окрестностях Тулузы в том году ее случаев не отмечалось. Но чумой (peste) в то время могли называть любую инфекционную болезнь, даже грипп. Торне-Шавиньи упоминает не дошедшие до нас документы, согласно которым после смерти Анриетты ее родители через суд потребовали у Мишеля возврата приданого, обвинив его в том, что он, опытный вроде бы врач, не сумел вылечить их дочь и внуков. Раздавленный горем Нострадамус, которому угрожали разорение, тюрьма, а то и костер инквизиции, предпочел бросить все свое имущество и покинуть город, куда больше никогда не приезжал.
В его жизни наступил второй период скитаний, продолжавшийся без малого шесть лет. О нем мы знаем значительно больше, чем о первом: пророк посетил многие города Франции, Италии и Германии, хотя сам упоминал только о том, что занимался врачеванием в таких французских городах, как Бордо, Тулуза, Нарбонн и Каркассон. Судя по всему, из Ажена он отправился в Тулузу, но вскоре перебрался в Бордо, где, как сказано в «Книжице», однажды выступил экспертом в споре о подлинности двух кусков амбры, доставленных для продажи в аптеку Бодона. Принесший его крестьянин рассказал, что на его глазах лисица проглотила один из кусков и тут же исторгла его сзади. По этому признаку, упомянутому кем-то из древних авторов, Нострадамус догадался, что речь идет именно об амбре — окаменевших выделениях кишечника кашалота, высоко ценимых парфюмерами.