Възобновеното разузнаване си имаше цена. На 11 февруари 1992 г. американската подводница „Батон Руж“ (SSN-689) се сблъска с една руска подводница от клас „Сиера“ — от най-новите и най-тихите, някога излизали от съветска корабостроителница. „Батон Руж“ я следяла близо до границата от 12 мили при Мурманск, когато американският командир загубил контакт, а после руската подводница го ударила отдолу. Не пострадали много и нямало наранени. Но инцидентът бе неприятен.
Елцин бързо се оплака и Бейкър се среща с него в Москва, за да успокои нещата. Следващия ден в безпрецедентна постъпка Пентагонът разгласи сблъсъка и руските ВМС открито се оплакаха, че Съединените щати все още оперират твърде близо до техни води.
В крайна сметка именно този неприятен инцидент ускори пренасочването на подводното разузнаване встрани от Русия. Президентският консултативен съвет по външното разузнаване с председател пенсионираният адмирал Боби Рей Инман, проучи програмата за специални проекти. Скоро след това Военноморското разузнаване разбра, че съветът е решил, че вече няма нужда от повече от една подводница за специални проекти и ако ВМС иска да подслушва подводни кабели, то може би е време да намери обекти в други части на света.
Американски многоцелеви подводници вече бяха провеждали разузнавателни операции около страни като Ливан и Либия, а през 80-те години две многоцелеви подводници бяха преоборудвани за превозване на специалните части „тюлени“. „Джон Маршал“ (SSN-611) беше плавала из Средиземно море два месеца с петдесет тюлени на борда по време на кризата в Ливан през 1989 г., в очакване да спасява заложници, ако е необходимо, или да нанесе ответен удар.
Като част от новата военна стратегия на ВМС „от морето“, подводниците трябваше да следват самолетоносачите и корабите, и да получават заповеди от намиращите се на тях командири за специалните задачи. Но подводниците щяха да продължат да надничат незабелязано в близост с потенциални зони на конфликт и да извличат разузнавателни данни за „подготовка на бойното поле“, преди да бъдат свикани специалните сили. Терминът бе зает от сухопътните сили, но в този случай означаваше изпращане на подводници две, три, четири или повече години преди очакваните конфликти, за да разберат повече за нациите, оформящи се като потенциални врагове, да определят слабите им страни и да подготвят пътя за американски победи в конфликтите с по-малко жертви благодарение на подводните операции.
Иран например вече беше получил първата от три дизелови подводници от клас „Кило“ — тихи и авангардни съдове, строени в Русия. Висш ирански адмирал се беше хвалил, че възнамерява да използва тези подводници, за да наложи контрол над Ормузкия пролив, входа към пристанищата в Персийския залив и отправна точка на около една шеста от световния нефт. Това беше достатъчно за заминаването на „Топека“ (SSN-754) в Персийския залив, за да наблюдава пристигането на руската „Кило“ през ноември 1992 г. Операцията беше типична за новата ера на разузнавателните мисии.
Новите шпионски мисии вече не предизвикваха разгорещени спорове в Съвета за национална сигурност или в Белия дом, който продължаваше да одобрява ежемесечно всички разузнавателни операции. Все пак от Капитолийския хълм идваха обвинения, че подводните сили просто си измислят нови врагове, за да се намират на работа. Отговорът на ВМС беше прост: някои от останалите цели бяха съществували от години и единствено разпадането на Съветския съюз предложи лукса от време и средства подводниците да се заемат с тях. Враговете може да са относително слаби — иранската подводница „Кило“ с дизелов двигател отстъпва на високоскоростните „Акула“, които руснаците изпращаха в последните години на Студената война. Но американските ВМС все пак трябваше да знаят как иранците ще експлоатират подводниците и да открият слабите им места.
— Можете ли да си представите срама за ВМС на САЩ, ако такава подводница „Кило“ потопи самолетоносача „Америка“? — запита един високопоставен служител на ВМС. След кратко мълчание добави: — Не и през моята вахта.
Преминаването към тези нови мисии се осъществяваше с пълна сила, когато президентът Бил Клинтън встъпи в длъжност в началото на 1993 г. Но докато той и администрацията му правеха плановете за първата среща на високо ниво с Елцин, насрочена за началото на април, получиха един ненавременен и нежелан удар от миналото.
На 20 март „Грейлинг“ (SSN-646) се сблъска със съветска ракетоносна подводница в Баренцово море. „Грейлинг“ следеше руската подводница на 105 мили северно от Мурманск, точно насред учебния полигон на Северния флот. Руснаците твърдяха, че подводницата им се е движила повече от час с постоянна скорост, курс и дълбочина, когато „Грейлинг“ оставила огромна вдлъбнатина отдясно на носа й. Нямаше пострадали.