Клинтън одобри план за изграждане на друг нов клас многоцелеви подводници, по-малки и по-евтини от „Сийулф“. По-тихи и много по-универсални от „Лос Анджелос“, тези нови съдове, известни само като „новата многоцелева подводница“, или NSSN, са проектирани за многобройни нови мисии в плитки регионални води. Подкрепата на администрацията на Клинтън за новите подводници се базира на идеята, че ВМС ще се нуждае от новите подводници след края на века, за да замести някои от остаряващите „Лос Анджелос“. Тази подкрепа отслаби жилото на сериозните съкращения в армията. От общо деветдесет и осем в края на 80-те години броят на многоцелевите подводници беше спаднал на шестдесет и шест към 1998 г. и се очаква да намалее на петдесет в началото на идния век, а дори и повече, с извеждането на клас „Лос Анджелос“ от експлоатация. Флотът ядрени ракетоносни подводници, които все още обикалят тихо из океаните, ще спадне на десет до четиринадесет от някогашните четиридесет и една.
Военноморските сили искат от Конгреса средства за построяване на новите подводници и твърдят, че те ще могат да оперират не само до страни от Третия свят, но и до руските брегове. Твърди се, че „Сийулф“ са до тридесет пъти по-тихи от първоначалните подводници „Лос Анджелос“, излезли през 70-те години, и десет пъти по-тихи от най-новите „Лос Анджелос“. Както „Сийулф“, така и NSSN ще се използват за новите мисии близо до бреговете и в помощ на конфликтите на сушата. Те ще носят ракети „Томахоук“, ще бъдат оборудвани с хидролокатори, разработени специално за плитчини, и ще бъдат конфигурирани да возят военноморски „тюлени“ и други специални части. ВМС излива пари и за създаването на подводни радиоуправляеми съдове — а дори и малки безпилотни самолети, — които да бъдат контролирани от тези подводници и да плават пред тях, за да търсят други подводници или да излитат за разузнаване.
Сегашните подводници се обновяват с нови микропроцесорни технологии, които им позволяват по-добро предаване на информацията за командирите на специалните бойни групи, включително електронна поща и фотоснимки, а дори и видеосигнали от перископите. Същата технология вероятно ще е полезна за подводниците при някои от другите нови мисии на ВМС след края на Студената война. Подводниците понякога предупреждават Бреговата охрана за подозрителни траулери в Карибско море, за които впоследствие е установено, че пренасят наркотици. Подводниците са предупреждавали и за други кораби, опитващи да пренасят незаконно оръжие и други товари в нарушение на ембаргото, наложено от САЩ.
Все пак подводните сили на САЩ остават заинтересовани предимно от спирането на заплахата от други подводници, включително новите модели дизелови и ядрени. Русия предоставя авангардни подводници „Кило“ на Иран и Китай. Дори някои западни страни, като Германия, изнасят авангардни дизелови подводници за страните от Третия свят. Освен това руснаците продължават да гледат на подводниците като на най-важните плавателни съдове в своите ВМС и непрекъснато усъвършенстват „Акулите“ — най-тихите и най-сложни руски ядрени многоцелеви подводници. (В руската технология все още има значителни недостатъци. Според служители на Военноморското разузнаване най-новите „Акули“ са много тихи под 10 възла, но тракат доловимо при по-високи скорости и са лесни за откриване.) Руснаците започнаха изграждането на още по-добри заместители, познати като клас „Северодвинск“, за които някои официални лица в САЩ се боят, че е възможно да са по-тихи и от усъвършенстваните „Лос Анджелос“. Когато и ако Руската Дума ратифицира предложения договор СТАРТ II, основната ядрена мощ на Русия ще бъде преместена в морето. Докато Русия продължава да е втората най-мощна подводна сила в света и докато „Мечката все още плува“, както обичат да се изразяват във ВМС, тя трябва да бъде наблюдавана.
Клинтън е съгласен да продължи ограничените разузнавателни операции около Русия и след негово одобрение няколко самотни часови се крият около Владивосток и Мурманск най-малкото когато ВМС заподозрат, че руснаците започват учение или изпитват ново оборудване. Също по кимване на Клинтън продължават специалните шпионски програми, независимо че акцентът се е изместил от Русия. Правителствени служители твърдят, че една от подводниците за специални проекти — навярно „Ръсел“ — се е върнала през 1992 г. в Баренцево море, за да вземе подслушвателите след разпадането на Съветския съюз. „Ръсел“ е подслушвала кабели и в други точки на света, преди да бъде извадена от експлоатация през 1993 г. Тогава „Парч“ се завърна от дългия си ремонт, като спечели още две президентски грамоти, през 1993 и 1994 г., и редица грамоти от ВМС. Общо „Парч“ има най-малко седем президентски грамоти, много повече от всеки останал плавателен съд в историята на ВМС. Подробностите за местата, в които работи „Парч“ в момента, се пазят много строго, дори повече, отколкото през Студената война, но тези награди нямаше да бъдат дадени, ако подводницата не изпълняваше първа нови и опасни мисии. Тя все още подслушва кабели и след ремонта може да изважда военно оборудване от дъното на океана.