Ум и деятельность такого правления благоприятно сказывалась для величия России. Годунов был предметом злой зависти, несмотря на его искусство в обольщении людей. Переписываясь от своего имени с монархами Европы и Азии, посылая им подарки, принимая у себя иностранных послов, он хотел казаться скромным, однако одним взором или движением пальца мог заставить трепетать боярские сердца.
Духовенство российское никогда сильно не лезло в дела государственные более угождая, чем противясь воле государей, занималась более устройством богослужением и спасением душ христианских, однако присутствовало в Думе при приеме важных государственных решений, одобряя или утверждая законы гражданские, советовала царю и боярам и толковала им каноны Царя Небесного для земного блага людей. Феодор превосходил иерархов церкви в набожности, занимаясь делами церкви охотнее, чем государственными, беседовал с монахами чаще, чем с боярами. Годунов не для того хотел власти, чтобы делиться ею с иерархами, слушал представителей духовенства, выражал знаки внимания, но поступал по своему.
Россия наслаждалась миром, которого ни когда не было в душе Годунова. Не видя никого вокруг себя, кроме льстецов, громко славящих его достоинство, при чем не только в кремлевском дворце, но и на окраинах России, Годунов имел все, кроме короны Феодоровой. Надменный своими достоинствами и заслугами, упоенный счастьем и славою, поднявшись на высоту, на которую не поднимался ни один подданный до него, Борис хотел большего, хотел властвовать своим именем. Ожидая смерти хилого, болезненного, бездетного царя, располагая думой, наполненной друзьями и родственниками, надеясь на блеск своего правления, он не сомневался в преданности народа и иерархов церкви. Приступая к выполнению своей давней мечты – выбора новой династии для России – он видел перед собою и троном только одну помеху, которая заключалась в юном царевиче Дмитрии.
Приступая к исполнению своего страшного намерения, Годунов решил отравить Дмитрия. Выбор его пал на боярыню Василису Волхову – воспитательницу царевича, однако по иронии судьбы яд на него не подействовал. По совету своего родственника – окольничего Андрея Клишина – Борис призвал к себе дьяка Михаила Битяговского. Один взгляд на этого человека вызывал омерзение. Годунов осыпал его золотом, пообещав абсолютную безопасность и милость в будущем, отправил его в Углич. Дьяк пообещал хранить тайну и отбыл к месту, взяв с собой сына Данилу и племянника Никиту Качалова. При помощи Василисы Волоховой они быстро вошли в доверие к вдовствующей царице и занимались ее домашним обиходом. Прошло немало времени, а они не видя возможности совершить убийство в тайне, решили сделать это, открыто, надеясь на Годунова. 15 мая 1591 года царица возвратилась с Дмитрием из церкви к обеду. Боярыня Волхова позвала царевича гулять во дворе, вывела его из горницы на крыльцо, где его поджидали убийцы. Сын Волоховой – Осип, взяв одной рукой царевича за руку, другой потянулся к висящему у него на груди к драгоценному кресту, и сказал:
– Государь, какой красивый у тебя крест, – юный царевич с улыбкой поднял голову и ответил:
– Это подарок отца моего, – в это мгновение его настиг удар клинка. Закричала от ужаса кормилица Дмитрия, вышедшая в тот момент на крыльцо, спугнув убийц. Они кинулись вниз по лестнице и побежали со двора. На крик стала сбегаться дворня и стража. Кормилица, указывая одной рукой в сторону скрывающихся убийц, другой – прижимала к себе умирающего царевича. Юный царевич лежал в ее объятиях весь окровавленный, удар убийцы пришелся ему по гортани, по телу его прошла судорога и, испуская дух, он уже не слышал вопля отчаяния своей матери. Однако креста Иоанна Грозного на нем уже не было.