Несмотря на то что во дворе бой был в самом разгаре и разгром египетского гарнизона был лишь вопросом пяти, максимум десяти минут, подполковник Дигли был вынужден подчиниться приказу и подать сигнал к отступлению. Перейдя от атаки к обороне, бойцы «Сайерет Маткаль» и «Шайетет-13» стали постепенно отходить к северной части крепости. Агонизирующее, но еще дышащее тело рядового Юваля Мерона обвязали канатом и вытянули на крышу. Затем поднялись остальные бойцы. Параллельно с отходом двое бойцов «Сайерет Маткаль» неожиданно атаковали две последние укрепленные точки противника, с которых время от времени велся огонь по отступающим. Воспользовавшись мощным огневым прикрытием, они смогли приблизиться к египтянам на близкое расстояние и закидать одну из укрепленных точек ручными гранатами. Однако дальнейшее развитие атаки стало невозможным, поскольку начали рваться боеприпасы. Ничего иного не оставалось, как вернуться назад, оставив у себя за спиной последнюю укрепленную точку египетского гарнизона.
Возвращение с острова после окончания операции было невероятно тяжелым. В первую очередь на лодки погрузили тела убитых и раненых, тех, кто не в состоянии был перемещаться самостоятельно. Лодок не хватало на всех. Более половины из них было отброшено в море или затоплено. Ситуация еще более усложнилась после того, как выяснилось, что канат, к которому было привязано подводное снаряжение, оборвался и акваланги запутались в рядах колючей проволоки. Попытаться высвободить их под ураганным обстрелом египетской береговой артиллерии не представлялось возможным.
С огромным трудом удалось вытащить из-под обстрела тело капитана «Сайерет Маткаль» Эхуда Рама. Его труп, с еще двумя погибшими и ранеными, погрузили в лодку, готовую по первому же сигналу выйти в море в направлении израильского берега. Чтобы не запутаться в счете, сколько бойцов отступило, сколько осталось, в каждой лодке размещалось одинаковое количество человек. В 02:25 от крепости в направлении Рас-Судара отошли первые четыре лодки, на которых в сопровождении врача и санитаров были эвакуированы большинство раненых.
Когда группа бойцов, находившихся вместе с подполковником Менахемом Дигли во внутреннем дворе крепости, поднялась на крышу, командир «Сайерет Маткаль» обратил внимание на то, что отсутствовал один из его бойцов – 22-летний сержант Дани Ваза (Dani Vaza). Последний раз его видели, когда спускались во внутренний двор, чтобы поддержать атаку морских коммандос. Не желая подвергать опасности всех бойцов, командир «Сайерет Маткаль», взяв с собой еще одного человека, лично решил вернуться во внутренний двор, чтобы разыскать сержанта Дани Ваза. Вооружившись фонарем, он спустился вниз и метр за метром стал осматривать место боя. После того, как поиски не увенчались успехом, он вернулся на крышу и, начав осматривать прибрежную насыпь, сразу же обнаружил у самой кромки воды тело своего бойца, запутавшееся в рядах колючей проволоки. Так как не представлялось никакой возможности спуститься к воде, он вернулся к точке общего сбора и, взяв с собой нескольких бойцов, на двух моторных лодках обогнул крепость и вышел к месту, где было обнаружено тело сержанта Дани Ваза. Спрыгнув в воду, бойцы «Сайерет Маткаль» стали резать колючую проволоку, чтобы подобраться к телу своего товарища, и обнаружили труп еще одного израильского спецназовца. Им оказался старшина «Шайетет-13» 22-летний Дани Леви (Dani Levi). Таким образом, число погибших составило 6 человек, десятая часть десанта, если учитывать, что в операции участвовали в общей сложности 60 человек. Никогда ранее спецназ не нес таких больших потерь (см. вклейку).
К 02:45 большая часть десанта вышла в море. В крепости остались только двое минеров, которые должны были привести в действие взрывные устройства. В числе последних, кто покинул крепость, были командир «Шайетет-13» подполковник Зеэв Альмог и командир «Сайерет Маткаль» подполковник Менахем Дигли. В 02:55 остров-крепость Грин покинул последний израильский солдат.
Возвращение было не менее сложным, чем высадка на остров Грин. Египетская артиллерия обрушила сотни снарядов на отступающих спецназовцев. Лодки были перегружены и едва держались на воде, поэтому многим бойцам пришлось самостоятельно, вплавь достигать берега. Царила страшная неразбериха. Никто не знал, кто где находится. На поиски уцелевших бойцов были посланы вертолеты. Только с наступлением рассвета удалось собрать рассыпавшийся по заливу и побережью десант. Когда высшее военное командование оценило потери, оно пришло в ужас. Почти половина десанта получила ранения или погибла. Потери египетской стороны, согласно предварительным оценкам, составили около 40 человек убитыми.