Тем не менее, если зендские гимны еще позволяют проследить истинную природу этого древнего светоносного божества, то система зороастризма в процессе усвоения его культа заметно снизила его значение. Для того, чтобы быть включенным в авестийский пантеон, он должен был подчиниться его законам. Теология подняла Ахура Мазду на вершину небесной иерархии, и с той поры не могла боле признавать никого ему равным. Митра не вошел даже в число шести Амеша Спента, помогающих верховному богу управлять вселенной. Вместе с большинством древних природных божеств он был причислен к сонму низших божеств — язатов, сотворенных Маздой. Митра был поставлен в связь с некоторыми обожествленными персонифицированными силами, которым персы привыкли поклоняться. В качестве защитника воинов он получил себе в сподвижники Веретрагну, олицетворяющего Победу; как хранитель истины — оказался связан с благочестивым Сраошей, Послушанием божественному закону, с Рашну, Справедливостью, и с Арштат, персонификацией Чести и Правдивости. Как божество, ведающее благосостоянием, он призывается вместе с Аши-Ванухи, Богатством, и с Паренди, Изобилием. Сопровождаемый Сраошей и Рашну, он защищает душу праведного от демонов, которые стремятся низвергнуть ее в преисподнюю, и вершит суд, чтобы позволить ей перейти опасный мост Чинват и подняться на небеса. Это верование иранцев породило представление об осуществляемом Митрой искуплении, которое мы обнаружим впоследствии в развитой форме на Западе.
В то же время его культ подчиняется строгому церемониалу, соответствующему маздеистскому богослужению. Ему следует приносить в жертву «мелкий скот, и крупный скот, и пернатых».Этим жертвоприношениям должны предшествовать или они должны сопровождаться обычными возлияниями сока Хаомы и произнесением ритуальных молитв с пучком прутьев (барсман) в руке. Но прежде, чем получить позволение приблизиться к жертвеннику, верующий должен очистить себя многократным омовением и бичеваниями. Эти строгие предписания напоминают обряд освящения и телесные испытания, которым подвергались участники римских мистерий перед посвящением.
Таким образом, Митра был введен в теологическую систему зороастризма, ему было определено соответствующее место в божественной иерархии, с ним стали связывать спутников, отличающихся наибольшей ортодоксальностью, и ему отправлялся культ, аналогичный культам других божеств. Но его сильная индивидуальность лишь с трудом подчинялась налагаемым на нее узким ограничениям, и в священном тексте мы находим черты более древнего представления, согласно которому он занимал в иранском пантеоне гораздо более высокое положение. К нему часто взывают наряду с Ахурой в одном и том же молении: оба бога образуют пару, поскольку небесный свет и светлое небо неразделимы по своей природе. В другом месте, когда говорится, что Ахура создал Митру, как и все на свете, то упоминается, что он создал его столь же великим, каковым был сам. Митра, разумеется, — язата, но он самый сильный, самый прославленный из язатов. «Ахура-Мазда поставил его хранить весь движимый мир и неусыпно его оберегать». Именно с помощью этого всегда победоносного воина Высшая Сущность уничтожает демонов и заставляет трепетать даже самого Духа зла Ахримана.
Сопоставим эти тексты со знаменитым отрывком из Плутарха, где он излагает дуалистическую доктрину персов: Оромазд пребывает в вечном свете «столь же высоко над солнцем, насколько солнце удалено от земли», Ахриман царит в ночи нижнего мира, а Митра занимает между ними промежуточную позицию. В начале «Бундахиш» представлено полностью похожее учение, только вместо Митры между Ормуздом и Ахриманом помещен Ветер (Вайю). Несоответствие лишь терминологическое, поскольку, согласно представлениям иранцев, ветер неразрывно связан со светом и, как считается, поддерживает последний. Так, верховное божество восседает в эмпирее под звездами, где царит вечный покой; под ним находится деятельный бог, его посланник, возглавляющий небесные воинства в их постоянной борьбе с Духом тьмы, который из глубин преисподней посылает на землю своих дэвов, — таково религиозное учение, гораздо более простое, чем учение зороастризма, каковое, по-видимому, и было в целом распространено среди подданных Ахеменидов.