Если бы Ди действительно мог предвидеть будущее, он бы, несомненно, принял приглашение русского императора, потому как через два года после этого алхимик впал в немилость и был вынужден оставить Прагу. В недобрый час ввязался он в рискованные интриги, в конце концов его погубившие. В Богемии в то время началось яростное противостояние католиков и протестантов, и Рудольф, вдохновленный убежденными иезуитами, присутствовавшими при его дворе, предпринял жесткие меры для подавления всякой оппозиции, хотя его абсолютная власть предполагала некоторую толерантность к политическим оппонентам. Теологические диспуты разворачивались во всех слоях общества, и, естественно, протестант из Англии оказался противником католиков, которых возглавляли лорд-распорядитель Георг Попель фон Лобковитц и папский легат. Среди тех, кто был на стороне ученого англичанина, оказался испанский посол, искушенный в науках Октавиус Спинола. Он уверил Ди в своем расположении, пригласив того на обед, во время которого признался, что сам является потомком известного алхимика Раймонда Луллия, одного из обладателей Философского Камня, который в конце своей жизни стал фанатично религиозен и отправился миссионером к берегам Северной Африки, где трагически погиб, будучи забит камнями и став, таким образом, христианским мучеником. Это крайне заинтересовало Ди, и он попросил своего нового друга оказать положительное влияние на Рудольфа. Вместо этого, однако, испанец сообщил Его Величеству, что Ди в действительности — нищий авантюрист, чародей, якшающийся с инфернальными демонами, творящий свои колдовства лишь для того, чтобы навести порчу на императора с единственной целью — ограбить пражскую казну, забрав из нее как можно больше серебра и золота. Кое-что из этого Рудольфу уже приходилось слышать, и кое-что, увы, было правдой, но эти клеветнические обвинения сильно поколебали позицию Ди при дворе. Был издан декрет об изгнании алхимика, поэтому Ди и Келли вместе со своими семьями переехали в Краков, где у них оставалось еще несколько друзей.
Денег у англичан почти не оставалось, и им приходилось прикладывать огромные усилия, дабы их внешний вид соответствовал их претензиям на обладание тайной Гермеса. Судьба, как бы то ни было, была к ним благосклонна, и слава их достигла ушей Стефана, короля Польши, в высочайшем присутствии которого Ди вновь продемонстрировал свой бесценный «святой камешек», а Келли вновь сыграл роль провидца и медиума. Духи предрекли, что скоро Рудольф будет убит, а Стефан получит трон империи. Это лестное предсказание понравилось королю, и какое-то время он ссужал деньги на эксперименты по трансмутации. Большая часть этих средств, конечно, ушла на бытовые расходы англичан. Вскоре польский король осознал, что его протеже обходятся ему слишком дорого, и что лучше препоручить их заботам сверх меры богатого Уильяма фон Розенберга. Их возвращение в Богемию произошло втайне, хотя Рудольф знал о нем и выслал своих поверенных к Розенбергу с требованием выдать доктора Ди, но аристократ был достаточно смел и горд, чтобы отказать императору.
Пребывая в Богемии, доктор счел, что самым благоразумным шагом для него будет поддержать дружеские отношения с королевой Елизаветой и напомнить ей о своем мастерстве адепта; он послал ей в подарок серебряный диск размером не больше дуката, который, как он утверждал, был изготовлен из кусочка меди, отломленного от сковороды. Несколько недель спустя он представил и доказательство: саму сковороду с вырезанным в ней отверстием, в точности соответствовавшим по размерам серебряному диску. Такой очевидной и простенькой ложью обманщики XVI века поддерживали в людях веру в чудеса, в просвещенность лжеалхимиков и их тайный опыт.
В это же время Ди в резиденции фон Розенберга добился больших успехов в превращении оловянных сосудов и медных тарелок в серебряные, что было подтверждено ювелирами. Эдвард Келли вел тогда крайне развратную жизнь и без конца выкидывал безобразные выходки, в результате чего между ним и Ди произошла серьезная ссора. Доктор пришел в отчаянье — он уже давно попал в зависимость от своего «медиума», каждый день поставлявшего ему духовную пищу; он пытался обучить своего младшего сына ясновидению, посвящая его в тайные церемонии, но мальчик не был способен воспринять видения и услышать голоса духов в «чудесном глазке». Келли ожидал такого исхода и спустя некоторое время вернулся к Ди, и тот с радостью принял его и пообещал оплачивать все расходы на его мерзкие развлечения.