18 марта 1918 года, на рассвете, жители гор. Шемаха проснулись от пушечных выстрелов. Выйдя из домов, они увидели, что город был окружен с юга армянами и с северо-востока молоканами, бомбардировавшими из пушек и пулеметов нижнюю часть города, где жили исключительно мусульмане, а армяне, проживающие в верхней части города, обстреливали мусульманскую часть города из ружей. Это нападение явилось для мусульман неожиданным, так как накануне армянский епископ Баграт и представитель молокан Карабанов поклялись перед крестом и Евангелием жить с мусульманами в мире и братстве и никогда не выступать против них. Не будучи подготовлены к защите, мусульмане не могли оказать серьезного сопротивления, и армяне, и молокане через несколько часов после их выступления, ворвались в мусульманскую часть города, в отделение «Пиран-Ширван», лежащее на границе с армянской частью города. Каждый шаг их продвижения вперед сопровождался поджогами домов, убийствами мирного населения и грабежами. Были подожжены наилучшие дома, принадлежащие богатым и известным мусульманам, как-то: Ши-хиевым, Гасановым, Джабраилбековым, Муфтию, Гусейнбекову, Алимирзоеву, Эфендиеву, Бабаевым, Магеррамовым, Вейсовым, Беюк беку Гусейнову, Гаджи Вагубу Алекперову, Теймуру Абу-талыб беку Фаттахбекову, Гаджи Фатали беку Фаттахбекову и др. Пожар распространился по всему отделению, от которого к утру следующего дня остались одни развалины. Спасавшиеся от пожара из горевших домов жильцы, без различия, мужчины, женщины, дети расстреливались из-за углов и открыто. Убивали людей в домах и на улицах, причем убийства сопровождались невероятными мучениями и истязаниями. Ценное имущество расхищалось. Спрятанные деньги и драгоценности вымогались под угрозой убийства и поджога ломов. Но часто и выдача денег и драгоценностей не спасала людей от смерти. На улицах валялись трупы замученных женщин с отрезанными грудями, вскрытыми животами, подвергшихся гнусному надругательству, встречались также группы детей, прибитых к земле кольями.
В таком ужасном положении находилось мусульманское население Шемахи в течение нескольких дней, и только прибытие отряда мусульманских войск положило конец этим зверствам и безмерным насилиям. Армянские и молоканские банды оставили Шемаху и бежали в молоканское селение Козлы-чай (Хильмилы).
Но недолго шемахинцы находились под защитой мусульманского отряда, который по стратегическим соображениям через четыре дня вынужден был покинуть город. С отрядом ушла значительная часть населения, не успев, однако, взять с собой даже самого необходимого из своего имущества, которое было брошено на произвол судьбы. Но многие жители не могли или не пожелали уйти и остались в городе.
Через несколько дней после ухода мусульманского отряда, армянские и молоканские банды вернулись и вторично заняли Шемаху. Теперь погром города и избиение населения производились с еще большей озлобленностью, жестокостью и кровожадностью, чем во время первого нападения. Было перебито почти все оставшееся в городе население, не исключая женщин и детей. Улицы, дворы, дома, мечети были переполнены трупами. Все движимое имущество было расхищено и вывезено в армянские и молоканские селения. Вся мусульманская часть города была предана огню. Сожжены также все мечети, тринадцать приходских и «Джума-Мечеть», и при них святые места. Вся мусульманская часть города превращена в груду развалин.
Во время первого и второго нападения в Шемахе убито несколько тысяч человек. В числе убитых находятся известные лица и общественные деятели, как-то: Гаджи Джафар Кули Ахунд, который был зверски замучен в своей мечети, городской голова Теймур Худавердов, бывший член Первой Государственной Думы Мамед Таги Алиев, Гаджи Баба Аббасов, Ашраф Гаджиев, Гаджи Абдул Халык Ахмедов, Гаджи Абдул Гусейн Зей-налов с тремя своими братьями, Гаджи Исрафил Мамедов, Мир Ибрагим Сеидов, Гаджи Исрафил Саламов, Ага Ахмед Ахмедов, Гаджи Абдул Касум Касумов, Эюб Ага Вейсов, Зейнаб ханым Вейсова, Али Аббас бек Ибрагимбеков, Алекпер Кадырбе-ков, Абдурагим Ага Агаларов, Махиаддин Эфенди-заде, Закария Эфенди Мехти Халил оглы, Зи-аддин Абдуллаев, Гаджи Мола Гасан Зейналов и его жена, Махмуд Гаджи Ага оглы, его жена и сын, и многие другие.
Размер материальных убытков, причиненных мусульманскому населению г.Шемахи, по среднему подсчету, составил более одного миллиарда рублей. Нападение на город Шемаху, разгром его, жестокая расправа с мусульманским населением и расхищение их имущества были совершены из чувства мести, национальной вражды и обогащения за их счет. Банды, громившие Шемаху, были воодушевлены одной идеей: убивать и грабить, грабить и убивать.