Тематический состав «Библиотеки» выглядит так: Теология: cod. 1-2, 5-13, 25-26, 32, 38, 43, 51, 86, 106, 109, 110-114, 116, 125-126, 139, 141-144, 168, 170-174, 183-184, 191-207, 207, 222, 228-237, 240, 270-277; Философия: cod. 39, 44, 48, 151, 154-156, 181, 187, 212, 214, 215, 223, 241-242, 247-249, 251, 278; Полемические труды богословско-философского характера: cod. 4, 14, 21-24, 45-46, 49-50, 55-56, 75, 81, 85, 95, 102, 104-105, 107-108, 115, 117-118, 120-123, 130, 136-138, 140, 162, 169, 176-177, 179, 182, 208, 225-227, 280; Риторика: cod. 61, 74, 90, 100-101, 132-135, 158-160, 165, 185, 209, 211, 243, 259-268; Филология: cod. 73, 87, 94, 128-129, 145-150, 152-153, 157, 161, 239, 245-246, 279; Деяния Соборов: cod. 15-20, 52-54, 59, 88; Церковная история: cod. 27-31, 40-42, 89; Историография: cod. 3, 33-35, 47, 57-58, 60, 62-72, 76-80, 82-84, 91-93, 97-99, 127, 131, 175, 213, 224, 238, 244, 250; Патристика: cod. 96, 119, 252, 256-258, 269; Мартиролог: 253-255; Мифология: cod. 180, 186, 188-190; Политика: cod. 37, 103; Медицина: cod. 163-164, 178, 216-221; Топография: cod. 36; Зоология: cod. 278; Разное: cod. 124, 166-167.
Нужно отметить, что по количеству кодексов «Библиотека» состоит на 56,4% из христианских и на 43,6% — из светских произведений. А по реальному объему (количеству страниц) наоборот, только на 42% из христианских и на 58% из светских текстов [6, С. 7]. Иными словами, из 168 авторов «Библиотеки» — 99 светских.
Итак, «Библиотека» Фотия заключает в себе сведения о греческих грамматиках, ораторах (особенно аттических), светских и церковных историках, теологах, философах, естествоиспытателях и врачах. В ней также содержатся сведения о художественных, мифологических и агиографических произведениях.
Что касается философии, приведем названия кодексов по этой теме: Евсевий, Против Гиерокла (cod. 39), Филострат, Жизнь Аполлония Тианского (cod. 44), Иосиф, О Вселенной или о сущности всего, (cod. 48), Тимей, Лексикон к Платону (cod. 151), Боэт, Список платонических терминов (cod. 154), Боэт, О сомнительных терминах у Платона (cod. 155), Дорофей, О новых и заимствованных терминах у Платона (cod. 156), Дамаский из Дамаска, О жизни философа Исидора (cod. 181), Никомах из Герасы, Арифметическая теология (cod. 187), Энесидем, Пирронические сочинения (cod. 212), Гиерокл, О промысле и судьбе (cod. 214), Иоанн Филопон, Против «Трактата о статуях» Ямвлиха (cod. 215), Диодор из Тарса, Против судьбы (cod. 223), Филострат Тирский, Жизнь Аполлония Тианского (cod. 241), Дамаский из Дамаска, О жизни философа Исидора (cod. 242), Аэлий Аристид, В защиту антиплатоновской риторики (cod. 247), Аэлий Аристид, Общая апология (cod. 248), Аноним, Жизнь Пифагора (cod. 249), Гиерокл, О промысле (cod. 251), Теофраст из Эреса, Отрывки из различных сочинений (cod. 278).
Кроме того в «Библиотеке» упоминаются философы-платоники Филон из Лариссы (cod. 212, 170а), Нумений (cod. 249, 438b 14–19) и Марин из Сихема (cod. 242, 345b).
Очевидно, платоновская проблематика весьма интересовала Фотия и кружок его учеников, в занятиях с которыми и формировался список прочитанных сочинений будущей «Библиотеки».
Более того, этот список заставляет усомниться в правильности утверждения авторов труда «Греческая философия», что «из 280 глав любопытного памятника эрудиции, каковым является Библиотека Фотия, только три главы посвящены философии: codices 214 и 251, трактующие о Гиерокле-неоплатонике, и codex 212, где речь идет о скептике Энесидеме» [7, C.834].
Как видно из состава «Библиотеки», Фотия интересовали сочинения полемического и проблемного характера. В отношении к противопоставлению «платонизма» «аристотелизму», он придерживался мнения, что, например, по главному антропологическому вопросу о природе души Платон и Аристотель не спорят друг с другом, но оба они черпают свое знание из пифагорейской традиции. Учение о бессмертной природе души казалось во времена Фотия некой «нейтральной территорией» в полемике между неоплатонизмом и христианством. И сочинения поздних неоплатоников можно было использовать и в апологетических целях. Это был своего рода метод византинизма, когда христианское учение не смешивалось с догмами какого-то определенного эллинистического направления или школы, но избирательно и трезвомысленно пользовалось элементами здравого смысла, добытого «естественным разумом».