Последние годы жизни Леонтий занимал должность ректора Академии художеств. Смутное время уже приближалось. Среди учащейся молодежи назревало поголовное фрондирование начальства, и постепенно оно перешло (во всех слоях общества) в открытое возмущение режимом. Но деятельность ректора Бенуа не подвергалась общей критике, ученический состав не выносил ему порицаний, его не собирались «вывезти на тачке». Уважение, которым Леонтий пользовался даже у молодежи, оставалось до конца непоколебимым. Уважали же ученики Академии своего профессора и ректора и как безупречно хорошего человека (вне всякого вопроса о принадлежности его к какому-либо классу) и как толкового и внимательного руководителя. Он не был словоохотлив, он ненавидел пустое разглагольствование, у него была манера просто, спокойно делиться своими знаниями, не навязывая советов; свою же критику он высказывал до того искренне и просто, что это не могло ни обидеть, ни озлобить. В чисто художественных вопросах он опять-таки искренно интересовался всякими «поисками нового», предлагаемыми современными теоретиками, и если не давал особенно убедительных ответов на эти вопросы, то умел в других возбудить к ним внимание. Наконец, покоряюще продолжала действовать и вся талантливость его натуры, все та же изумительная легкость карандаша, та же аппетитная сноровка «заливать акварелью и тушью». Ныне характерные для него приемы могли бы показаться устарелыми, но кому давалось видеть самое применение этих приемов, получали огромное удовольствие с примесью большого уважения к подобному мастерству.
Даже после воцарения большевиков Леонтий, бывший любимец великого князя Владимира Александровича и великой княгини Марии Павловны, бывший архитектор высочайшего двора, продолжал профессорствовать, хотя уже ректором он не состоял (да и самая эта должность как будто была упразднена). Популярность же Леонтия в академической среде получила особенно внушительное выражение в момент его кончины, в 1928 году. Ему были устроены от Академии такие похороны, которые вообще не допускались для «пережитков буржуазии» в пролетарском государстве. Его тело было выставлено в круглом Конференц-зале, в котором он когда-то был чествуем как самый талантливый из учеников, у гроба его дежурили академисты, а до кладбища его провожала тысячная толпа.
В профессорской деятельности Леонтия и во время революции все оставалось по-старому. Его преподавания не коснулись те бредовые реформы всяких полоумных ораторов, которые внесли полную неразбериху в академическое обучение. Но не так счастливо обстояло в его интимной жизни. Свое разорение после октябрьского переворота он пережил легко — как это было почти со всеми тогда. Когда гибнет целый корабль, то мысль об утрате каких-то личных ценностей почти теряет свою значительность. Более чувствительным ударом было то, что сгорела от несчастного случая та прелестная дача, которую он себе построил в Петергофе и которая каким-то чудом оставалась в его пользовании первое время при большевиках. Еще печальнее было то, что большую часть своей уютной квартиры в собственном доме (на 3-й линии Васильевского острова), ему пришлось отдать совершенно чужим людям, и этот насильственный симбиоз повлек за собой для моего бедного, избалованного роскошью и комфортом брата ряд величайших неудобств. Затем начались болезни и более тяжелые горести. Дважды за последние десять лет ему пришлось подвергаться операции, и это отозвалось на всем его мироощущении. Он как-то поник, завял, утратил в значительной степени свою жизнерадостность. Но, разумеется, всего трагичнее было то, что трое его детей, спасаясь от нужды и всяких угроз, покинули Петербург и Россию. (Одна из его дочерей, Надежда — ныне известна в Англии как художница Надя Бенуа, сохранившая для выставок свою девичью фамилию, хотя ее настоящая фамилия по мужу Устинова. Переселилась она за границу не вследствие нужды, голода и опасности для жизни, а потому, что вышла замуж по любви за одного молодого человека, приехавшего в Россию в поисках своей матери. Единственный сын их, Питер Устинов, ныне приобрел мировую славу как автор необычайно остроумных комедий и как первоклассный актер.) Младший же сын, милейший юноша и блестящий гвардейский офицер, Шура, бежавший, как и старший брат, во Францию, поступил затем в Добровольческую армию и был заколот штыками под Киевом.