В последние же 10 лет своей жизни он возложил на себя еще новую заботу о содержании и благоустройстве многолюдной женской Шамординской общины, которую он основал в 12 верстах от Оптиной пустыни и в которой кроме 1000 сестер, большею частью не имевших никаких личных средств, а иногда и совершенно больных и престарелых, содержались еще детский приют, школа, богадельня на 60 старух и больница. При помощи преданных, духовных детей, из которых нельзя не упомянуть семьи Ключаревых, Перловых и Бахрушиных, старец не только содержал эту огромную обитель, но и устроил в ней величественный храм и трапезную, редкие по своей красоте. Среди такого многолюдства и таких забот старец не прекращал и дела книжного издательства и вел еще огромную переписку. Когда в 1891 году старец Амвросий скончался, то все почувствовали, что рухнула огромная нравственная и материальная опора для великого множества обездоленных и несчастных людей и непритворны были всеобщая великая скорбь и громкие рыдания, которыми сопровождалось его погребение.
Настоятелем Оптиной пустыни при старце Амвросий был Архимандрит Исаакий. Он был родом из богатой, курской купеческой семьи Антимоновых. В молодости он торговал скотом и ездил по ярмаркам. Задумавши поступить в монастырь, он потихоньку от отца уехал в Оптину пустынь и явился к старцу Льву. Старец, по обыкновению, сидел окруженный народом, плел свое обычное рукоделие – пояски и беседовал. Молодой Антимонов поместился сзади всех. Вдруг он слышит громкий окрик старца: «Ванюшка!» Не думая, что этот окрик относится к нему, неизвестному старцу модному губернскому франтику, Антимонов продолжал преспокойно сидеть. Однако народ засуетился, стали толкать его и говорили: «Иди, это тебя старец зовет». Пораженный прозорливостью старца, Антимонов подошел к нему, и после беседы с ним навсегда остался в монастыре. Сначала он был учеником отца Льва, потом отца Макария и, наконец, старца Амвросия, по указанию которого, совершенно неожиданно для себя, был по смерти отца Моисея, назначен настоятелем монастыря. Отец Исаакий отличался глубоким смирением, глубоким благоговейным настроением и молчаливостью. Скончался он в глубокой старости в 1894 году.
Из других замечательных оптинцев могут быть еще названы: иеродиакон Палладий, перешедший в Оптину пустынь из Площанской еще при Авраамии в 1815 году и проживший в Оптиной пустыни 46 лет; иеродиакон Мефодий, 22 года лежавший разбитый параличом. Мог говорить «да, да» и «Господи помилуй». Его знал Лев Ник. Толстой и любил указывать на него, как на пример великого страдания и великого терпения, воспитываемого христианскою верою; слепой схимник Карп, о котором старец Лев сказал: «Карп слеп, а видит свет»; иеросхимонах Гавриил, основатель и старец Белокопытовской женской общины; иеросхимонах Феодот, духовник и старец Гефсиманского скита и Параклитовой пустыни при Троице-Сергиевой лавре; иеросхимонах Иларион, духовник и скитоначальник, был келейником старца Макария, а потом разделял со старцем Амвросием труды старчества, Елисей – послушник, лесной сторож, проживший в Оптиной пустыни 52 года, отказывался от повышений и был любимым гостем старца Амвросия; иеромонах Климент (Зедергольм) – ученик, письмоводитель и сотрудник старца Амвросия по книгоиздательству. Судьба Климента особенно замечательна. Он был сын главного Московского лютеранского пастора суперинтенданта, человека очень ученого и серьезного, глубоко преданного лютеранскому учению. Отец Климент блестяще окончил филологический факультет Московского университета и готовился к профессорскому званию. Не найдя удовлетворения в лютеранстве, он сблизился через своих московских православных друзей со старцем Макарием, почувствовал красоту и правду Православия, принял православную веру, а потом и монашество и поселился в скиту при Оптиной пустыни, где жили самые строгие подвижники, сделался самым преданным учеником старца Амвросия и помогал ему в письмоводстве и книгоиздательстве. Замечательна его переписка с отцом по поводу его перехода в православие. Очень интересное жизнеописание Климента составлено известным русским писателем и философом, духовным сыном старца Амвросия, К. Н. Леонтьевым.