Наконец, и в келье св. Константина стало тесно жить умножившейся братии. Тогда с общего совета и согласия отец Паисий выпросил у монастыря Пантократора ветхую и пустую келью святого пророка Божия Илии и приступил к устроению скита. При помощи некоторых жертвователей и собственноручным тяжелым трудом братия устроила церковь, ограду, трапезу, пекарню, поварню, странноприимницу и шестнадцать келий – все каменное. Провели и воду в скит. Отец Паисий предполагал не иметь в скиту более 15 братии, почему и число келий ограничил 16. От келий святого Константина Ильинский скит находился на расстоянии получаса ходьбы, а от монастыря Пантократора на часовом расстоянии. Ильинский скит удален от больших дорог. В нем царит постоянная тишина и безмолвие. Воздух здесь всегда свежий и здоровый. Почва земли и теплый климат дают полную возможность к разведению всех пород плодовых деревьев. Виноград дает обильный урожай, и церковные вина из него выходят очень хорошие. И старец, и братия надеялись совершенно успокоиться на новом месте своего жительства, но не то оказалось в действительности.
Слух о доброй жизни подвижников распространился по святой Горе, и многие, приходя в скит и видя здесь во всем особенное благоустройство, скромное, благоговейное и со страхом Божиим предстояние братии в церкви, тихость чтения и пения, воздержанность в словах, благолепие церковных служб, вне же церкви рукоделие со смирением и молчанием, всегдашний искренний мир между братиями, взаимную любовь и отсечение своей воли, послушание старцу, соединенное с верою и любовью, а со стороны старца отеческое милосердие к своим духовным детям, в службах благорассмотрительное определение, в немощах душевных и во всяких нуждах телесных, нелицемерное ко всем сострадание и любовь, сами начинали чувствовать желание присоединиться к братству. Они молили старца с горячими слезами не отталкивать их от себя, на что он, хотя и против воли, соглашался, и полагаясь на божественный промысл, даже радовался такой горячей ревности о спасении. А так как келий уже в скором времени не стало хватать для всех вновь поступающих братий, то иные, собравшись по двое и трое вместе, пристраивали себе келейки, как ласточки, внизу к каменной стене, счастливые уже тем, что старец не отстранял их от своего общества. Вся братия усердно занималась рукоделием, и сам старец трудился над изготовлением ложек, а ночи проводил в чтении и списывании святоотеческих книг, уделяя сну не более трех часов в сутки.
Так росло и крепло около старца Паисия иноческое братство и распространялось его доброе влияние и добрая слава по святой горе Афонской. Но одновременно с этим появлялись и враги старца, завидовавшие его славе или подозревавшие его в нарушении церковных правил. В числе таковых был проживавший в скиту Капсокаливе со своими учениками некоторый старец Афанасий из молдаван, муж благочестивый и ревнитель веры, но недостаточно осведомленный об учении и образе жизни Паисия. Обвинения старца Афанасия, взводимыя им на Паисия, заключались в следующем: Паисий нарушает и сокращает установленное Церковью для монахов молитвенное правило; неправильно толкует писания святого Григория Синаита, неправильно относится к своему духовному отцу, уподобляется римскому папе, который на словах признает заповеди церкви, а делами их нарушает; устанавливает вместо церковного собственное молитвенное правило, не имеет смирения; доверчиво относится к рукописным греческим книгам, предпочитает философию покаянию и плачу, запрещает проклинать еретиков, заменяет церковное правило молитвою Иисусовою. Все эти обвинения старец Афанасий изложил в обширном послании, отправленном им Паисию. Он убеждает Паисия покаяться и не отделяться от общего обычая св. Горы. Получив письмо Афанасия, Паисий прочитал его перед братией и затем показал его своему духовному отцу. Вместе со своим духовным отцом он пошел к старейшим соборным духовникам, которые, рассмотрев письмо Афанасия, повелели Паисию написать на него ответ и обличить несправедливые обвинения Афанасия; и если последний не сознает своей вины и не раскается в ней, они решили открыто обличить его на соборе всей святой Горы.
Исполняя повеления духовников, старец Паисий написал в 14 главах ответ Афанасию, в котором опроверг все его обвинения. В своем письме Паисий между прочим писал следующее о чтении святоотеческих книг: «прошу тебя, отче, оставь суетное и напрасное твое помышление не читать отеческих книг. Я похваляю ваше житие и ублажаю ваши подвиги и получаю пользу от пребывания вашего. Но ко всем вашим подвигам необходим и разум, необходимо рассуждение, дабы не напрасен был весь ваш труд. Поэтому, если хочешь сам спастись и ученикам твоим показать путь царский, делание заповедей Христовых, ведущих к Царствию Небесному, то прилепись всею твоею душою к чтению книжному. Оно с вопрошением опытных духовных отцов будет и тебе и ученикам твоим неложным учителем, наставляя вас на путь спасения. Иначе спастись невозможно. Святой Иоанн Златоуст говорит: невозможно спастись никому, если он не будет часто наслаждаться духовным чтением. И святой Василий Великий говорит: старец да поучает братию по разуму Святого Писания, а если не так, то он будет лжесвидетелем Божиим и святотатцем. И великий Анастасий Синаит говорит: во всем, что мы говорим и делаем, мы должны иметь удостоверение от Священного Писания, иначе обманываемые человеческими измышлениями, отпадем от истинного пути и впадем в пропасть погибели. И еще: нам необходимо со страхом и любовью поучаться Божественному писанию и возбуждать себя и друг друга напоминанием слова Божия. Так учат нас и все святые, побуждая к прилежному и усердному книжному чтению. И не говори, отче, что достаточно одной или двух книг для наставления душевного. Ведь и пчела не от одного или двух, но от многих цветов мед собирает. Так и читающий книги святых отцов одною наставляется о вере или о правом мудровании, другою о безмолвии и молитве, иною в послушании и смирении и терпении, иною о самоукорении и о любви к Богу и ближнему и, сказать кратко, от многих святоотеческих книг научается человек житию евангельскому».