Кампанию, которую испанские священники развернули в 1876 году против населения острова Холо, манильская пресса охарактеризовала как «священную войну». Одним из самых коварных способов воздействия на сознание в духе, враждебном филиппинским мусульманам, во второй половине XIX века были инспирированные манильским духовенством так называемые «моро-моро» — пьесы, в которых изображались «зверства» мусульман. Цель их — посеять раздор, и небезуспешно, между мусульманами и все более христианизирующимся населением севера.
Так и продолжалась столетиями эта изнурительная для мусульман борьба за независимость. Испанские колонизаторы силой вербовали на военную службу рекрутов на острове Лусон, а затем принуждали их совершать «карательные экспедиции» против мусульман на юге. Мусульмане в отместку устраивали походы на север. На винтах — легких парусниках — они доходили даже до берегов Лусона.
С приходом на Филиппины колониализма обстановка в стране не стала спокойнее. Хотя американские методы господства были более эффективны, чем испанские, тем не менее здесь продолжались те же тенденции: на административных должностях на юге американцы использовали филиппинцев с севера.
Филиппинцы-мусульмане юга доверчиво заключали с американцами всевозможные договоры, и США управляли ими теперь при помощи филиппинцев-католиков. Одновременно начался незаконный захват земель при посредничестве крупных филиппинских помещиков, которые фантастически обогащались, обирая в союзе с колонизаторами южан.
Из сказанного выше понятно, что в так называемой проблеме Минданао главное — вовсе не религиозный конфликт, а классовая проблема, завуалированная религиозными разногласиями. Суть проблемы еще более обнажилась после 1946 года, то есть после достижения страной независимости, когда положение на юге стало крайне напряженным в связи с захватом земель на Минданао крупными землевладельцами и махинациями буржуазии. Режим, господствовавший на Филиппинах в 60-х годах, использовал Минданао в качестве отдушины для накопившегося недовольства и организовал переселение на «райские» южные острова безземельных филиппинцев с севера. Столкновения оказались неизбежными, тем более что разница в социально-экономическом развитии севера и юга Филиппин становилась все более явственной.
На южные острова прибывало все больше народу с островов Лусон и Бисайских. Доля мусульманского населения на юге сокращалась. Многие мусульмане опасались, что будут насильственно изгнаны с земли своих предков.
Когда в 1972 году в Маниле был объявлен закон о чрезвычайном положении, атмосфера на юге уже так сильно накалилась, что возникла опасность взрыва. Под влиянием злостной пропаганды, направленной против реформ президента Маркоса, целью которой было создание дополнительных трудностей для правительства, на юге стихийно вспыхнули многочисленные мятежи; в отдельных случаях это были акты откровенного бандитизма. Поводом для волнений послужил декрет президента о сдаче огнестрельного оружия. Были распространены слухи, что, когда у мусульман отнимут оружие, христиане начнут «священную войну» и станут насильственно обращать мусульман в свою веру.
В 1972–1973 годах волнения достигли своего апогея и охватили значительную часть как мусульманского, так и католического населения на юге. Более миллиона человек покинули родные места. Их жилища были разрушены. Многие примкнули к повстанцам. Причиненный этими волнениями ущерб был весьма серьезным, понадобится время, чтобы полностью ликвидировать последствия. Кризис, ощутимый во всей стране, на Минданао принял форму религиозных конфликтов. Противники президента, конечно, воспользовались недовольством широких масс исламского населения.
Наиболее радикальные повстанцы-мусульмане призывали к полному отделению от Филиппин, более умеренные выдвинули следующие требования: землю безземельным крестьянам; амнистию для повстанцев, готовых вести переговоры; стипендию для студентов-мусульман; строительство мечетей; введение ислама в программу обучения в мусульманских школах; участие мусульман в административных органах управления островами.