Накануне открытия IV Государственной думы ожидались беспорядки, и в ночь на 14 ноября группа активных членов ПК была «подвергнута обыску и аресту»64. Наряд полиции нагрянул на квартиру в два часа ночи, но Скрябин был в редакции и его успели предупредить. По официально-партийной версии, он в тот день скрылся от полиции, выпрыгнув в окно, выходившее во двор. Батрак излагает более изящный сценарий: Скрябин в котелке под ручку с сотрудницей редакции Диной Гертик, на которой была шикарная шляпка, вышел через парадную дверь на улицу. Обойдя шпиков, парочка наняла первого попавшегося извозчика и рванула прочь65.
На извозчике - до Финляндского вокзала, там на поезд - и в Пункахарью, а оттуда - в Гельсингфорс (Хельсинки). Он бежал без денег и уже через две недели вынужден был вернуться. Теперь Скрябин был на нелегальном положении. Поселился на Выборгской стороне и прописался по паспорту Николая Смирнова (благо фотографий в паспортах тогда не было, главное, чтобы возраст подходил). Время предпочитал проводить в одиночестве, по большей части в Публичной библиотеке. Там же писал статьи для «Правды», где они выходили под псевдонимом А. Званов. Тогда он главным образом ругал ультрапатриотизм, который охватил страну в связи с Балканской войной66.
Формально Скрябин оставался секретарем редакции вплоть до совещания членов ЦК и думской фракции, которое прошло в Кракове накануне нового, 1913 года и было посвящено во многом вопросам партийной печати. От Ленина досталось прежде всего Сталину и Молотову. Как замечала секретарь французской академии Элен Каррер д’Анкосс, «их назвали “рохлями” и заменили на Свердлова, который вновь направил газету в направлении, указанном Лениным»67. Секретарем редакции была назначена Конкордия Самойлова. Скрябин же продолжал сотрудничать с «Правдой» в роли журналиста и члена Петербургского комитета.
В декабре 1912 года в вестибюле политеха была организована большая сходка, на которой он, не утерпев, выступил с пламенной речью. Импровизированную трибуну окружали студенты покрепче, и ораторам удалось благополучно затеряться от полиции в толпе. Но, засветив свое пребывание в Петербурге, Скрябин предпочел не испытывать судьбу и отправился в Казань в компании Аросева68. По возвращении в Петербург чуть сразу же не попался - отследили на вокзале. Пришлось переселиться за город, где продолжал писать в «Правду». Газета переживала тяжелые времена. 10 февраля по наводке Малиновского арестовали Свердлова. 23 февраля взяли и приехавшего из Кракова Сталина, которого ждали четыре года в ТУруханском крае. Аресты обеспечили приход к руководству «Правдой» самого Малиновского и другого провокатора - Мирона Черномазова.
По инициативе Скрябина был создан Объединенный студенческий социал-демократический комитет. Первой его акцией стала забастовка студентов в знак протеста против устава Военно-медицинской академии, по которому ее слушатели приравнивались по статусу к нижним армейским чинам. Записка охранного отделения 15 марта 1913 года извещала, что в Петербургском политехническом институте «в 2 ч. дня студен! Вячеслав Михайлов Скрябин открыл сходку речью... от своего имени предложил начать забастовку сегодня же, что было тут же принято. После сего толпа студентов начала ходить взад и вперед по коридору с пением “Вставай, поднимайся, рабочий народ” и других революционных песен... На сходке присутствовало до 1200 человек»69. Почин подхватили другие столичные вузы. А 1 апреля состоялось то, что в большевистской печати называлось разгромом Объединенного социал-демократического студенческого комитета. Скрябина разыскали. Распоряжением петербургского градоначальника его подвергли «аресту при полиции на 3 месяца с воспрещением по отбытии наказания жительства в Петербурге на основании п. 4 ст. 16 Положения об усиленной охране»70.
Сидел он сначала в «предварилке» - доме предварительного заключения СДПЗ) на Шпалерной улице, а затем в Спасской части. ДПЗ пользовался у завсегдатаев тюрем неплохой репутацией: в камерах был даже ватерклозет. Репутация Спасской части, куда потом перевели Скрябина, была гораздо хуже: деревянные нары, параша на этаже и, что особенно возмущало политических, плохая библиотека.