Досадный инцидент на острове Крите несколько омрачил, однако, этот успех римского оружия. На Крите уже второй год находился Квинт Метелл, занимавшийся завершением достигнутого им уже в основном покорения этого острова, когда в восточных водах появился Помпей. Возможность столкновения была налицо, так как на основании Габиниева закона власть Помпея параллельно с властью Метелла распространялась на весь растянутый в длину, но нигде не достигающий более 20 миль в ширину остров. Однако Помпей был настолько деликатен, что не назначил на этот остров своего полководца. Но сопротивлявшиеся еще критские общины, видевшие, с какой жестокостью наказывал Метелл их покоренных соотечественников, и слыхавшие, какие мягкие условия предлагал Помпей сдававшимся ему областям южной части Малой Азии, предпочли отправить к нему послов с единогласным изъявлением своей покорности, которое и было принято им в Памфилии, где он находился в то время. Вместе с критскими послами он отправил своего легата Луция Октавия, чтобы уведомить Метелла о заключении договоров и чтобы принять города. Разумеется, это был не товарищеский образ действий, но формальное право было целиком на стороне Помпея, и Метелл поступил безусловно неправильно, когда он, не признавая договор критских городов с Помпеем, продолжал обращаться с ними, как с врагами. Напрасны были протесты Октавия, напрасно он вызвал из Ахайи — так как сам он прибыл без войска — Луция Сизенну, стоявшего там с отрядом войск Помпея. Метелл, не обращая внимания ни на Октавия, ни на Сизенну, осадил Элевферну и взял штурмом Лаппу, где захватил самого Октавия, который был затем с позором отпущен, взятые же вместе с ним критяне были казнены. Так дело дошло до настоящих боев между войсками Сизенны, во главе которых после его смерти стал Октавий, и Метелла; даже после того, как войска его были отправлены обратно в Ахайю, Октавий продолжал войну совместно с критянином Аристионом, и Гиерапитна, где они оба укрылись, была взята Метеллом только после упорнейшего сопротивления.
Таким образом, ярый оптимат Метелл начал на собственный страх настоящую междоусобную войну против демократического главнокомандующего. Насколько расстроены были римские государственные дела, видно из того факта, что эти столкновения привели только к язвительной переписке между обоими полководцами, несколько лет спустя опять мирно и даже «по-дружески» восседавшими друг около друга в сенате.