Папа и император начали строительство комплекса религиозных зданий на Ватиканском холме Рима. Происхождение слова Vaticanus неизвестно. Возможно, это слово происходило от vaticinia – предсказаний, произносившихся на Ватиканском холме. По преданию, на Mona Vaticanus в 64 году был распят святой Петр. Именно у могилы святого Петра излечился император Константин Великий, построивший на Ватиканском холме базилику в честь апостола. Первоначально римская кафедра находилась вне городских стен на Аппиевой дороге, позднее папы жили на Латеранском холме.
В 848-852 году весь затибрский Рим был окружен мощной стеной. На Ватиканском холме была построена мощная крепость высотой более десяти метров. На протяжении столетий римский папа был для христиан не только наместником Господа на земле, но и могущественным государем. Могущество римских пап никогда не зависело только от материальной силы Папской области. Во второй половине XI века положение римских первосвященников вновь изменилось.
В 1073 году папский престол занял Григорий VII, ставший духовным вождем Западной Европы. Папа хотел утвердить «царство Бога на земле». Он писал: «Сам царь Славы поставил святого апостола Петра, а значит, и его наместника, папу, главного царств мира. Папа настолько превышает императора, насколько солнце превосходит луну, а поэтому власть апостольского трона стоит намного выше могущества королевского престола». Он имел право так сказать. В 843 году империя Карла Великого распалась и на карте Европы стали появляться новые государства. Государственная власть ослабела, постоянно на европейских землях шли междоусобные войны.
При ослаблении королевской власти герцоги, графы, бароны стали наследными землевладельцами, получили от короля право содержать свое войско, воевать, собирать налоги и вводить подати в своих землях, судить и карать. В Европе началась эпоха феодализма. Передача прав государя феодалам называлась immunitas – иммунитетом. Феодалами стали и светские и духовные лица, некоторые из которых в IX, X, XI веках часто были могущественнее королей.
В 962 году германский король Оттон I Великий (936-973) был коронован в Риме императорской короной папой Иоанном XII. Это событие вошло в историю, как восстановление империи Каролингов, как Священной Римской империи германской нации. В состав империи вошли Германия, большая часть Италии, Богемия, Бургундия, Моравия, Венгрия, Польша, Дания. Оттон I ввел присягу папы императору, однако император получал корону из рук папы. Во второй половине XI века часть германских феодалов отказались подчиняться императору. В этот момент папа Николай II провел общецерковный собор, который постановил, что отныне избрание римских пап зависело от коллегии кардиналов, собрания высших церковных иерархов. Прекратилось вмешательство светских властей в избрание римских первосвященников.
Папа Григорий VII выдвинул концепцию, по которой римский папа, наместник Господа на земле был выше светских монархов. Император Священной Римской империи Генрих IV также утверждал, что получил свою власть от Бога. Епископов империи назначал император. Папа Григорий VII требовал у Генриха IV передать это право римскому первосвященнику. В 1076 году император объявил папу «недостойным носить папский сан» и заявил о его низложении. Григорий VII отлучил Генриха IV от церкви, лишил его императорского сана и освободил подданных империи от присяги.
Отлучение императора от церкви потрясло империю, в которой начались восстания. Страна отвернулась от Генриха IV, который в 1077 году, зимой, босой, в монашеской одежде пришел в замок Каносса просить прощения папы. Через три дня собравшаяся в Каноссе элита Европы стала свидетелями необыкновенного зрелища, когда самый могущественный государь Запада лежал у ног духовного главы Церкви и умолял простить его.
Григорий VII простил Генриха IV, за что обновленный император изгнал папу из Рима. Конфликт папства и империи закончился в 1122 году подписанием Вормского конкордата «О разделении полномочий». Весь христианский мир признал верховенство римского папы над светскими государями. Выражение согласия римского папы на коронование европейских монархов означало их международное признание, включение государства в «сонм цивилизованных народов». Помазание на царство означало право на суверенное управление территорией государства. Духовная власть стала признаваться выше светской. Римские папы стали пользоваться исключительным международным авторитетом. Во многом это произошло благодаря активной позиции пап по отношению к светским властям. Постепенно это стало основой и принципом международного порядка.