Илл. 17. Северная апсида верхнего яруса собора Чуда Михаила Архангела Чудова монастыря. Фото 1920-х гг.
В западной части территории монастыря, обнесенной каменным забором, видна надвратная одноглавая церковь с покрытием из декоративных кокошников, выходящая на Чудовскую улицу и близкая по формам к надвратному храму Симонова монастыря 1593 г. В южной части западного двора монастыря, у ограды, там, где позднее располагалась трапезная, изображена массивная двухэтажная постройка неустановленного назначения. У западного угла монастырской территории, за ее пределами, уже на Ивановской площади, на плане «Кремленаград» показана небольшая одноглавая церковь во имя мученика Христофора. У храма изображена «колокольница» древнейшей формы на одном столбе, звонили в которую при помощи веревок непосредственно из церкви. Храм по местности назывался, «что у Чудова монастыря», до 1651 г. он был деревянным, а затем перестроен в камне.
В 1556 г. по случаю рождения дочери, царевны Евдокии, Иван Грозный по своему обычаю крестил ее в Чудовом монастыре и тогда же повелел построить над задними вратами монастыря обетную церковь во имя св. Иоанна Лествичника с приделом св. Евдокии, освященную в том же году митрополитом Макарием. Этот небольшой храм в середине XVII в. был переосвящен во имя св. Елевферия по мирскому имени свт. Алексия, а в XVIII в. при митрополите Платоне – во имя свв. Платона и Романа, еще позднее – во имя Всех Святых.
Монастырь много раз опустошали пожары, но он всякий раз возобновлялся и в XVI–XVII вв., несмотря на разрушения Смутного времени, достиг высшего процветания и носил почетное название Великой Лавры.
К концу XVII в. относится храмозданная надпись, исполненная по типу широко распространенных в этом столетии летописей с указанием имен живописцев, подписывавших храм, и содержащая имя зодчего – автора, условно говоря, архитектурного проекта. Эта надпись располагалась на стене Алексеевской церкви Чудова монастыря. Она гласила: «Лета 7188 (1680) месяца августа начаты быти созидатися святые храмы первый храм в честь святого Благовещения, вторый св. Первозванного Апостола Андрея, третий св. Алексия митрополита Всероссийского повелением государя царя и великого князя Феодора Алексиевича по его Государскому чертежу и указной мере, каков чертеж от него Государя прислан в Чудов монастырь» (2; Московский кафедральный Чудов монастырь. Сергиева лавра, 1896. С. 16–17). Надпись несомненно поновлялась (Чудов монастырь пострадал в 1812 г.), но текстологические особенности надписи сомнения не вызывают: они соответствуют указанной дате.
Алексеевский храм Чудова монастыря, содержавший гробницу митрополита Алексия, имел необычное устройство. Фактически это были два пятиглавых бесстолпных храма – митрополита Алексия и Благовещения (илл. 7, цв. вкладка). Эти храмы имели общую стену, прорезанную аркой, под которой и размещалась гробница. Алексеевская церковь предназначалась только для мужчин, Благовещенская – для женщин (Андреевская – для монахов). Казалось бы, логично было отвести мужчинам тот храм, который выходил во внутренний двор монастыря (напоминаем, что Чудов монастырь был мужским), однако устроители поступили как раз наоборот. Очевидно, отдавая женскому полу северную, то есть левую от входа часть двойного храма, стремились соблюсти обычай греческой церкви (до никоновских времен у нас неизвестный) разделять молящихся, ставя мужчин справа, а женщин слева от центральной оси храма. Особенностью постройки являлся арочный проход, соединяющий алтари обоих храмов. В данном случае он был необходим, поскольку, когда литургия служилась в Алексеевской церкви, то Св. Дары через арку-проход выносились для женщин в алтарь Благовещенского храма. Любопытно также расположение дверных проемов. В Благовещенскую церковь можно было попасть только через трапезную Алексеевского храма, со стороны монастыря входа не было; в церковь апостола Андрея, предназначенную для монахов, наоборот, можно было пройти лишь из монастыря (илл. 18). Столь нетривиальное решение, вероятно, действительно явилось плодом упражнений благочестивого монарха. Федор Алексеевич скончался в 1682 г., и мощи святителя Алексия перенесли в новый храм его наследники – Иван и Петр.