Илл. 18. Алексеевский и Благовещенский храмы Чудова монастыря. Вид со двора, с северовосточного угла. Начало XX в.
В 1680 г. царь Федор Алексеевич разработал весьма оригинальный проект новой Алексеевской церкви на месте разобранной постройки архиепископа Геннадия. Событие это экстраординарное, – не царское это дело, но выполнять его следовало буквально, несмотря на явные противоречия в функциональной организации и композиции комплекса. По царскому чертежу предполагалось построить сразу две церкви, одинаковые по плану, стоящие вплотную друг к другу, с одной общей стеной, в которой был устроен арочный проем, и с общей кровлей. В арочном проеме, соединявшем две церкви, по примеру некоторых новгородских храмов была поставлена серебряная рака с мощами свт. Алексия. Южная церковь, выходившая на Кремлевскую площадь, была освящена во имя свт. Алексия и предназначалась только для мужчин, а северная – в честь Благовещения Богородицы – выходила на площадь монастыря и была отведена для женщин, что создавало немалые трудности для организации отдельных независимых входов в каждый храм. При этом Благовещенская церковь считалась придельной. Поэтому ее пять глав с куполами, идентичных по архитектурному решению деталей главам Алексеевской церкви, существенно меньше последних по высоте, что выглядит несколько странно, хотя логика такого решения понятна и заметно это только из монастырского двора, при взгляде на комплекс с запада (илл. 8, цв. вкладка).
Первой в 1686 г. была закончена церковь свт. Алексия, на торжественном освящении которой присутствовали патриарх Иоаким и архимандрит Адриан, впоследствии, в 1690 г., избранный патриархом, другие священнослужители и члены царской фамилии. Накануне освящения храма, 19 мая, мощи свт. Алексия, хранившиеся во время строительства в старом храме Чуда Архангела Михаила, после совершения молебна патриархом, царями Иваном и Петром и архиереями, вынесены из храма через южные двери на паперть, откуда с хоругвями, крестами и иконами, с колокольным звоном на Иване Великом и монастырской колокольне перенесены в новый храм. Мощи святителя пронесли по главной южной лестнице мимо алтарей церкви на приготовленное место. На следующий день, 20 мая, день памяти Обретения мощей Святителя, произошло освящение храма, на котором присутствовал царь Иван Алексеевич. Осенью того же года после завершения внутренних отделочных работ были освящены патриархом Благовещенская церковь и небольшой храм во имя апостола Андрея Первозванного, предназначенный только для монахов и примыкавший к западным стенам Алексеевской и Благовещенской церквей (23, с. 293).
Возникновение Андреевской церкви исторически связывается со стрелецким бунтом 1682 г. и династической борьбой между родственниками престолонаследников скончавшегося царя Федора Алексеевича – Милославскими и Нарышкиными. По старшинству за Федором шел его болезненный брат Иван, сын Милославской, как и царевна Софья, но родственники второй жены царя Алексея Михайловича – Натальи Кирилловны Нарышкиной, которых поддерживали патриарх Иоаким и многие бояре, прочили на престол самого младшего сына царя Алексея, здорового и умного Петра. Царевна Софья, преследуя личные цели, поддерживала своего болезненного, но единокровного брата царевича Ивана и сумела привлечь в свою партию стрелецкого воеводу князя Хованского. Стрельцы подняли бунт, к которому присоединились старообрядцы. Принятое компромиссное решение, провозгласившее царями обоих братьев – и Ивана, и Петра, а царевну Софью – правительницей, не решило проблемы. Бунт разрастался, и усмирить его поручили патриарху Иоакиму. Патриарх призвал представителей всех стрелецких полков в Успенский собор на примирительное богослужение и вынес им драгоценную святыню – мощи левой руки св. Андрея Первозванного, почитавшегося первым проповедником христианства на Руси, и после молебна прочитал им царские грамоты с призывом о прекращении смуты и обещанием всеобщего прощения. Мятежники покорились, а для священной реликвии был устроен особый храм во имя св. ап. Андрея, полностью расположенный внутри здания, не имеющий наружных стен и проявленный в архитектуре комплекса одной позолоченной главкой, выведенной над коньком кровли.