Собор, построенный Иваном Калитой, был полностью благоустроен, богато украшен иконами, оснащен церковной утварью, хотя вряд ли был расписан (илл. 1). Князь любил в нем уединяться для молитвы, но храм был очень небольшим, вероятно, трехапсидным, четырехстолпным, однокупольным и вряд ли мог вместить даже немногочисленную братию для общей молитвы, которая в обычное время размещалась в каких-то помещениях дворца, здания которого на некотором расстоянии окружали храм, создавая таким образом традиционный монастырский двор.
Илл. 1. План дворцового комплекса Кремля. В центре двора план Спасского собора. Обмерные чертежи команды Д. В. Ухтомского (копия середины XVIII в.)
Облик храма Ивана Калиты неизвестен, но при разборке в 1932 г. уже второго собора, построенного на его месте, были найдены несколько фрагментов блоков с белокаменным резным орнаментом, относящихся к XIV в. (45, с. 28, рис. 4б; с. 264, рис. 3б, 3в) (илл. 2, 3, 4).
Уже при Симеоне Гордом производится расширение и дальнейшее украшение храма. В 1345 г. иждивением первой его супруги Анастасии мастером Гайтаном, с греческими и русскими учениками, из которых известны Семен и Иван, производится роспись собора. В 1350 г. с западной стороны собора пристраивается каменный притвор или трапеза, по площади равная храму без алтарной части, в котором совершались княжеские захоронения (64, с. 7).
Монастырь был великокняжеским, и собор стоял посреди обширного двора, обстроенного по периметру зданиями княжеских покоев и служебных помещений, часть которых была отведена под монашеские кельи и игуменские покои. Таким образом, планировочная структура монастыря являла собой тип монастыря с центральным размещением собора – один из ведущих планировочных типов в русском монастырском строительстве, несмотря на уникальное функциональное сочетание дворца правителя и монашеской обители. Эта структура сохранилась и в дальнейшем – и когда собственно монастырь был переведен в другое место, и когда перестраивался дворец, занимая все большую площадь. Уменьшалась лишь площадь двора, в центре которого по-прежнему стоял собор.
Илл. 2, 3, 4. Фрагменты белокаменных деталей фриза собора Спаса на Бору в Кремле. 1330 г. Археологические находки 1930-х гг.
В 1382 г., во время нашествия на Москву Тохтамыша, обитель была разграблена, ее архимандрит Симеон убит, но вскоре усилиями великого князя Дмитрия Донского (1363–1389) и его сына, великого князя Василия I Дмитриевича (1389–1425), монастырь был восстановлен.
В 1488 г. здания монастыря сильно пострадали от пожара, и великий князь Иван III, желая расширить дворцовые помещения, решил перевести его из Кремля на новое место за Яузу, на Васильевский стан, где он стал называться «Спас Новый» или Новоспасский. Кремлевский дворцовый монастырь был обращен в собор и назывался Верховою или Спасскою церковью на Царском Дворе; иногда назывался «Спасскою церковью за Двором Великого Князя» или «Придворным собором». По поводу конкретной даты перевода монастыря существуют разные мнения. В Синодальном справочнике указывается, что это произошло около 1466 г. Такой же даты придерживается М. И. Александровский (1, № 65), Машков (50, с. 162–164), а также М. Ильин и Т. Моисеева (27, с. 469–470), которые называют еще более раннюю дату – 1462 г. Однако Л. И. Денисов (17, № 450), И. К. Кондратьев (32, с. 64) и ряд других авторов считают, что это произошло в 1490 г., основываясь на сведениях И. Снегирева, который еще в 1853 г., обращаясь к оппонентам своего времени, приводил следующие аргументы в пользу датировки 1490 г.: «Хотя перемещение Спасопреображенского монастыря без оснований полагают в 1462 г., когда Иоанн III только вступил на престол; но свидетельством же тому, что еще в 1482 и в 1488 годах эта обитель пребывала на прежнем месте, служит: “данная Архимандриту Елисею в дом Всемилостивого Спаса, что на Москве в городе, за двором Великого Князя” (Грамота на тряпичн. бумаге, схороненная в Моск. Государ. Архиве старых дел, № 238) и жалованная Великокняжеская грамота 1488 года (там же, по указанию Г. Строева)» (64, с. 11).